genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10952613--10952638	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
10977983--10978016	4	8.5	4	93	0	50	26	5	23	44	1.76
10979102--10979164	31	2.0	31	100	0	126	30	19	9	41	1.83
10985567--10985614	20	2.5	19	81	18	55	52	2	0	45	1.12
11003141--11003192	26	2.0	26	96	0	95	53	0	25	21	1.45
11007117--11007249	65	2.0	65	100	0	266	37	17	12	33	1.86
11007754--11007963	81	2.7	78	82	4	267	24	10	35	29	1.89
11009937--11010864	230	4.0	231	94	0	1601	21	13	30	34	1.92
11009937--11010864	461	2.0	461	94	0	1617	21	13	30	34	1.92
11011349--11011373	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
11012811--11012867	19	2.9	19	73	2	51	64	1	1	31	1.13
11016952--11016978	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
11018649--11018727	24	3.1	24	73	14	70	46	2	1	49	1.23
11018828--11018865	17	2.3	17	90	4	60	55	0	5	39	1.23
11030352--11030386	17	2.1	17	100	0	70	48	0	0	51	1.00
11033789--11033845	24	2.4	24	96	0	105	24	22	14	38	1.91
11043172--11043209	20	1.9	20	88	0	58	60	5	5	28	1.40
11045112--11045222	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
11046152--11046188	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
11047979--11048083	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
11048721--11048794	37	1.9	39	81	10	91	36	0	8	55	1.30
11050045--11050086	15	2.9	15	92	3	68	38	0	11	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11050459--11050545	21	4.0	23	79	10	83	16	21	24	37	1.93
11056656--11056696	21	2.0	21	85	9	57	31	0	2	65	1.05
11065734--11065775	14	2.9	14	80	13	50	52	2	4	40	1.35
11066453--11066486	10	3.3	10	87	4	50	26	0	0	73	0.83
11084331--11084362	5	6.4	5	100	0	64	21	0	0	78	0.76
11099077--11099130	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
11099067--11099135	30	2.3	30	100	0	138	27	52	5	14	1.64
11099619--11099744	25	5.0	26	68	12	84	36	5	3	54	1.40
11099748--11099823	25	3.2	23	75	14	64	30	6	6	56	1.50
11099744--11099849	48	2.2	49	81	8	119	30	6	5	57	1.47
11099978--11100012	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
11102948--11102985	19	2.0	20	85	10	53	34	18	13	34	1.89
11104000--11104042	19	2.3	19	95	0	77	23	30	18	27	1.98
11107154--11107179	13	2.0	13	100	0	52	0	7	23	69	1.14
11112252--11112276	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
11112989--11113018	7	4.4	7	91	8	53	70	0	0	30	0.88
11112989--11113018	13	2.2	14	94	5	53	70	0	0	30	0.88
11114390--11114466	36	2.2	36	97	2	147	36	22	14	27	1.92
11117826--11117857	6	5.3	6	96	0	55	53	15	31	0	1.43
11118762--11118838	38	2.0	38	94	0	136	25	5	5	63	1.36
11120146--11120177	13	2.4	14	85	15	50	28	6	0	65	1.16
11149161--11149235	13	5.8	13	72	12	55	33	20	9	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11152694--11152720	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11161628--11161661	15	2.2	16	89	5	52	67	2	0	29	1.05
11163386--11163448	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
11163529--11163569	17	2.3	19	80	16	52	21	0	9	68	1.18
11166250--11166294	23	2.0	22	82	4	54	33	2	15	48	1.57
11166545--11166650	26	4.2	25	76	7	101	16	25	23	33	1.96
11166670--11166763	24	3.8	25	74	4	84	21	25	19	34	1.96
11170754--11170785	16	2.0	16	100	0	64	37	0	12	50	1.41
11172874--11173008	67	2.0	67	92	0	225	25	21	11	40	1.87
11174929--11174953	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
11191089--11191147	24	2.5	23	78	13	66	45	1	8	44	1.44
11191703--11191793	18	5.1	18	68	22	57	65	6	2	25	1.28
11191704--11191793	20	3.8	22	69	30	69	66	6	2	24	1.27
11191888--11191920	14	2.2	15	89	10	50	36	18	0	45	1.49
11205208--11205236	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
11205750--11205813	31	2.0	32	88	8	96	43	0	7	48	1.32
11206731--11206777	15	3.1	15	78	0	58	34	2	14	48	1.56
11207295--11207335	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
11209602--11209752	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
11216127--11216159	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
11216282--11216344	30	2.1	30	96	0	117	57	9	3	30	1.46
11216375--11216405	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11218256--11218286	13	2.4	13	94	0	53	87	12	0	0	0.55
11226626--11226740	40	2.9	40	88	0	158	37	20	10	31	1.87
11228428--11228455	10	2.8	10	100	0	56	78	0	0	21	0.75
11229133--11229194	30	2.1	31	84	6	83	40	1	9	48	1.46
11229133--11229196	29	2.2	30	83	8	78	40	1	9	48	1.45
11242971--11243013	23	1.9	23	90	4	70	60	4	11	23	1.50
11243701--11243752	26	2.0	26	82	17	63	57	1	0	40	1.10
11254357--11254386	11	2.7	11	100	0	60	80	13	0	6	0.91
11271544--11271660	38	2.8	40	87	12	166	36	15	24	23	1.93
11271638--11271675	15	2.4	16	95	4	69	36	15	26	21	1.93
11271592--11271721	61	2.1	62	97	1	244	37	15	23	23	1.93
11271654--11271820	46	3.7	46	87	2	221	40	16	23	20	1.91
11271535--11271805	153	1.8	145	88	6	407	39	14	23	21	1.91
11276892--11277153	46	5.7	46	92	0	398	39	14	23	22	1.91
11276842--11277153	138	2.3	130	87	4	426	39	15	23	22	1.92
11281409--11281519	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
11284023--11284057	16	2.1	18	89	10	56	37	17	0	45	1.48
11312057--11312090	2	17.0	2	87	0	50	0	44	2	52	1.16
11312853--11312939	31	2.9	28	73	20	70	37	0	2	59	1.10
11322801--11322846	15	2.9	16	75	21	51	26	19	2	52	1.58
11326820--11327013	97	2.0	97	97	0	370	35	16	9	38	1.81
11327085--11327124	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11330565--11330780	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
11330515--11330780	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
11335858--11336119	46	5.7	46	91	0	382	40	14	22	22	1.91
11337006--11337043	18	2.1	18	95	0	67	34	7	23	34	1.84
11346171--11346268	41	2.4	41	78	14	103	47	1	2	48	1.19
11351976--11352177	43	4.7	43	83	5	241	29	23	18	28	1.98
11351973--11352177	85	2.4	85	90	2	322	29	23	18	28	1.98
11353057--11353094	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
11357403--11357453	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
11357442--11357473	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
11358278--11358327	25	2.0	26	88	11	77	40	24	4	32	1.73
11358341--11358380	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
11358524--11358784	41	6.4	41	89	0	353	20	19	24	35	1.96
11358625--11358848	41	5.5	41	79	7	140	20	23	21	34	1.96
11358554--11358825	123	2.2	123	83	4	327	20	21	22	36	1.96
11361412--11361441	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11362146--11362208	24	2.6	24	92	5	101	30	31	14	23	1.94
11362667--11362692	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
11364874--11365056	39	4.6	39	86	0	231	24	22	30	22	1.99
11370093--11370160	3	23.3	3	78	11	70	33	0	4	61	1.16
11370089--11370185	45	2.2	46	86	3	144	34	1	6	58	1.30
11370400--11370456	23	2.5	22	83	13	71	45	5	12	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11370654--11370694	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
11371440--11371471	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
11371582--11371637	21	2.5	23	77	11	71	14	16	25	44	1.84
11371894--11371929	18	2.0	18	100	0	72	33	5	33	27	1.80
11373394--11373466	35	2.1	35	97	0	137	43	16	6	32	1.74
11375102--11375141	19	2.0	20	85	4	55	52	10	0	37	1.35
11375082--11375141	23	2.9	19	78	12	57	55	6	0	38	1.27
11376388--11376427	21	1.9	21	100	0	80	30	20	5	45	1.72
11377538--11377625	26	3.3	26	88	6	115	18	65	0	15	1.27
11377609--11377667	24	2.5	24	77	0	64	27	55	3	13	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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