genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30282429--30282991	281	2.0	281	97	0	1054	32	13	17	36	1.88
30284891--30284920	15	1.9	16	93	6	53	20	13	0	66	1.24
30286059--30286091	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
30288918--30288962	19	2.3	19	84	3	54	8	8	8	73	1.26
30289507--30289539	17	1.9	17	93	0	57	42	15	18	24	1.88
30291029--30291087	29	2.0	30	86	3	84	50	11	5	32	1.61
30293384--30293414	7	4.3	7	95	4	53	0	25	0	74	0.82
30295378--30295464	38	2.2	40	85	4	115	52	3	2	41	1.31
30295839--30295957	55	2.1	55	86	6	159	42	11	3	42	1.58
30296572--30296642	31	2.4	29	81	9	81	43	11	9	35	1.74
30303416--30303450	15	2.3	15	90	0	52	37	20	8	34	1.83
30303692--30303790	46	2.2	45	83	10	121	56	2	8	33	1.40
30322421--30322475	26	2.2	24	81	12	58	67	0	0	32	0.91
30323450--30323549	49	2.0	49	98	0	191	36	18	9	37	1.82
30326021--30326046	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
30331907--30331945	11	3.5	11	86	6	60	30	0	0	69	0.89
30335516--30335558	22	2.0	22	81	9	52	27	4	4	62	1.35
30337977--30338019	19	2.2	20	87	4	61	37	0	2	60	1.10
30337973--30338044	30	2.4	29	79	18	78	38	0	2	58	1.13
30341276--30341372	39	2.5	40	80	8	96	26	29	23	19	1.98
30341353--30341466	39	2.9	39	88	0	156	27	28	20	24	1.99
30349744--30349787	18	2.5	17	77	3	52	31	0	6	61	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30353718--30353809	47	2.0	47	87	8	134	31	18	10	39	1.85
30356766--30356811	23	2.0	23	91	0	74	58	4	0	36	1.18
30359290--30359372	42	2.0	43	85	2	114	20	27	36	15	1.93
30360920--30360977	20	2.7	22	75	17	59	53	1	5	39	1.33
30368142--30368191	23	2.1	23	85	3	64	78	2	16	4	1.00
30371060--30371179	23	5.1	23	87	4	177	26	21	23	28	1.99
30371058--30371179	47	2.6	47	93	0	208	26	22	22	28	1.99
30371058--30371180	24	5.2	24	88	3	187	26	21	22	29	1.99
30371238--30371294	9	5.9	9	73	15	51	35	21	7	36	1.80
30371226--30371296	20	3.5	20	94	0	124	32	21	9	36	1.86
30371231--30371285	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
30373624--30373817	39	5.0	39	83	5	214	29	28	20	21	1.98
30377566--30377696	70	1.9	70	95	0	235	32	29	14	24	1.94
30381116--30381371	39	6.6	39	89	1	363	28	26	21	23	1.99
30384355--30384404	20	2.5	20	93	0	82	24	16	30	30	1.96
30384483--30384509	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
30385633--30385799	54	3.1	54	84	0	217	30	23	7	38	1.82
30385658--30385803	27	5.4	27	89	0	220	28	22	7	41	1.81
30385633--30385824	54	3.6	54	81	1	197	33	22	7	36	1.82
30385807--30385962	27	5.8	27	83	3	197	37	21	10	30	1.87
30385917--30386113	27	7.3	27	86	1	207	37	18	18	25	1.94
30385809--30386094	54	5.3	54	75	7	199	37	19	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30385836--30386094	81	3.2	80	80	8	206	37	19	15	27	1.92
30385940--30386108	81	2.1	80	85	5	232	37	16	20	25	1.93
30386314--30386383	25	2.8	25	89	6	106	28	25	21	24	1.99
30386313--30386408	25	3.9	24	79	9	86	29	23	21	25	1.99
30386314--30386408	50	1.9	50	80	8	113	29	24	22	24	1.99
30387281--30387341	18	3.4	18	75	8	70	42	11	13	32	1.79
30390244--30390278	18	1.9	18	88	0	52	54	20	25	0	1.45
30391399--30391476	4	20.0	4	72	15	56	26	3	1	67	1.15
30391403--30391500	12	7.5	13	68	15	51	25	6	1	67	1.20
30391402--30391476	29	2.5	30	77	12	91	28	4	1	66	1.17
30394983--30395007	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
30396985--30397036	21	2.5	21	90	0	77	21	38	28	11	1.88
30399820--30399932	58	1.9	57	82	7	138	25	24	13	36	1.92
30410646--30410708	28	2.2	28	91	0	99	31	28	9	30	1.89
30410827--30410890	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
30411964--30411997	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
30417362--30417394	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
30418461--30418522	28	2.2	28	91	0	97	32	27	9	30	1.89
30418643--30418723	28	2.9	28	90	1	126	22	23	20	33	1.97
30420560--30420593	17	2.0	17	88	0	50	52	0	20	26	1.46
30424259--30424363	43	2.4	43	80	0	138	31	18	21	28	1.97
30426727--30426751	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30429432--30429482	5	10.2	5	95	0	75	39	0	25	35	1.56
30429588--30429614	10	2.7	10	100	0	54	29	11	40	18	1.85
30429898--30430024	57	2.2	57	91	0	200	18	19	22	40	1.92
30430011--30430042	6	5.3	6	96	0	55	15	28	18	37	1.92
30429945--30430105	75	2.1	75	90	0	250	18	20	19	41	1.90
30430032--30430295	45	5.3	45	73	18	179	19	19	19	41	1.90
30430020--30430199	57	3.2	57	90	0	279	18	20	19	41	1.90
30429898--30430156	132	2.0	132	92	1	430	17	20	21	40	1.91
30430275--30430318	6	7.2	6	79	5	52	20	15	13	50	1.78
30430275--30430316	18	2.3	19	87	4	59	21	16	14	47	1.82
30431010--30431065	28	2.0	29	82	10	71	37	0	26	35	1.57
30431432--30431580	74	2.1	71	93	3	253	46	5	18	29	1.71
30431773--30431834	30	2.1	30	100	0	124	50	3	25	20	1.64
30435379--30435419	18	2.3	18	86	0	55	48	7	12	31	1.68
30435593--30435664	20	3.5	20	79	7	74	62	2	5	29	1.32
30439914--30439971	7	8.4	7	98	1	109	0	13	0	86	0.58
30441785--30441843	31	1.9	31	82	6	75	27	6	5	61	1.43
30441964--30442017	13	4.0	13	73	7	54	27	0	0	72	0.85
30441936--30442013	27	2.9	27	80	3	68	28	2	1	67	1.11
30442998--30443057	30	2.0	30	96	0	111	35	10	1	53	1.44
30443010--30443054	21	2.1	22	83	4	56	33	8	2	55	1.43
30443195--30443262	36	1.9	36	84	3	93	47	4	0	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30443642--30443683	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
30444129--30444181	19	2.7	19	82	5	70	30	16	3	49	1.64
30444249--30444291	16	2.8	15	80	13	52	39	0	2	58	1.11
30444259--30444297	15	2.4	18	76	24	50	41	0	2	56	1.13
30445163--30445198	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
30447082--30447169	42	2.1	42	93	0	149	30	9	18	42	1.81
30449437--30449470	18	1.9	17	88	5	50	55	0	8	35	1.31
30451516--30451701	51	3.6	52	97	2	340	32	5	24	37	1.78
30451516--30451701	26	7.2	26	93	2	313	32	5	24	37	1.78
30451516--30451701	77	2.4	77	95	0	327	32	5	24	37	1.78
30457374--30457494	45	2.5	48	84	12	142	33	4	24	37	1.77
30457370--30457497	26	5.2	25	85	11	160	33	4	24	37	1.76
30460101--30460230	25	5.2	25	87	7	194	34	5	24	35	1.78
30463850--30463899	16	3.4	16	70	30	56	28	10	24	38	1.87
30463851--30463907	28	2.0	28	100	0	114	28	7	24	40	1.81
30463894--30464002	54	2.0	54	100	0	218	31	15	14	38	1.88
30467538--30467563	12	2.2	12	100	0	52	0	26	0	73	0.84
30471476--30471537	30	2.1	30	96	0	115	27	0	11	61	1.30
30471623--30471661	18	2.0	20	85	9	55	25	0	10	64	1.25
30502622--30502669	23	2.2	21	85	7	60	35	8	18	37	1.81
30505700--30505736	18	2.1	18	89	0	56	2	18	2	75	1.04
30510192--30510277	32	2.7	32	82	5	95	44	8	1	46	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30510180--30510277	32	3.1	31	75	11	92	44	9	1	44	1.42
30510683--30510713	14	2.3	14	94	5	55	64	0	0	35	0.94
30512846--30513208	43	8.4	43	89	2	505	31	26	17	24	1.97
30513410--30513443	12	2.8	12	95	0	59	44	2	5	47	1.42
30517892--30517925	15	2.3	15	94	0	59	23	0	2	73	0.97
30517891--30517945	21	2.6	20	77	11	65	25	1	1	70	1.06
30518770--30518859	22	4.2	22	65	13	62	21	1	32	45	1.59
30519618--30519765	39	3.8	38	76	13	131	28	20	23	27	1.99
30519497--30519874	194	1.9	197	84	8	515	31	20	20	27	1.97
30521937--30521988	3	17.7	3	84	4	70	71	0	0	28	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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