genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68435497--68435548	20	2.5	20	84	3	68	26	13	9	50	1.72
68435506--68435558	20	2.7	20	85	5	63	28	9	9	52	1.64
68437431--68437476	24	2.0	23	83	12	58	41	0	10	47	1.38
68440080--68440129	17	2.9	17	79	5	57	40	22	18	20	1.92
68441251--68441297	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
68442271--68442310	8	5.0	8	82	11	55	47	25	22	5	1.71
68442723--68442823	28	3.6	29	80	5	109	19	22	22	34	1.96
68442723--68442836	27	4.1	28	82	8	119	18	21	22	36	1.95
68449508--68449645	40	3.5	40	89	1	197	24	28	23	23	2.00
68452100--68452202	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
68460166--68460267	29	3.6	29	90	1	143	26	32	15	25	1.96
68464257--68464447	39	4.8	40	88	0	208	24	31	21	22	1.98
68464293--68464455	39	4.2	39	91	0	254	23	32	20	23	1.98
68472263--68472457	39	4.9	39	87	0	255	23	31	21	23	1.98
68474240--68474374	66	2.0	67	95	1	245	38	20	8	31	1.84
68475526--68475550	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
68475992--68476041	22	2.4	21	77	9	57	34	0	2	64	1.05
68475996--68476039	22	2.0	23	86	4	63	31	0	2	65	1.05
68475988--68476039	14	3.9	14	72	7	54	32	0	1	65	1.04
68482369--68482600	49	4.7	50	81	4	272	24	15	27	32	1.95
68482368--68482605	101	2.4	97	83	4	289	24	15	27	32	1.95
68482879--68482936	30	1.9	30	82	6	73	51	3	12	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68484645--68484705	30	2.0	30	83	0	77	39	4	24	31	1.77
68485371--68485585	64	3.3	66	81	8	217	30	15	26	26	1.96
68485443--68485585	64	2.2	64	91	0	232	30	15	27	26	1.96
68485440--68485657	64	3.4	65	85	3	219	30	16	28	24	1.96
68492130--68492205	37	2.1	37	83	14	95	43	22	7	26	1.80
68495647--68495679	14	2.4	14	94	0	57	24	27	12	36	1.91
68509670--68510008	24	14.1	24	97	0	615	20	17	24	36	1.94
68516228--68516394	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
68516228--68516394	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
68517220--68517265	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
68524200--68524366	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
68524200--68524366	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
68525191--68525236	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
68528966--68529280	24	13.1	24	97	0	567	20	17	25	36	1.94
68539551--68539594	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
68541854--68541892	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
68548219--68548513	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
68549159--68549287	29	4.4	29	88	0	159	30	15	30	24	1.95
68555309--68555603	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
68556247--68556348	29	3.5	29	91	0	159	29	14	29	26	1.95
68556247--68556368	29	4.2	29	89	1	156	31	15	27	24	1.96
68564892--68564930	14	2.8	13	85	11	51	71	0	2	25	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68566760--68566946	48	3.9	48	88	2	286	24	17	32	26	1.97
68566760--68567030	48	5.8	48	79	7	254	25	18	30	25	1.98
68568183--68568222	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
68575319--68575469	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
68575356--68575485	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
68583302--68583452	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
68583339--68583468	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
68591265--68591414	40	3.8	40	77	6	146	27	24	26	22	1.99
68591301--68591430	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
68594602--68594825	124	1.8	123	83	2	297	30	10	24	34	1.89
68594820--68594949	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
68597532--68597688	43	3.7	43	76	4	156	30	23	16	29	1.96
68605486--68605631	42	3.4	43	84	2	195	30	24	17	26	1.97
68605474--68605634	86	1.9	84	87	2	232	31	25	16	26	1.97
68607931--68608011	24	3.3	23	73	19	67	71	0	22	6	1.08
68607939--68608017	17	4.6	16	71	17	52	72	0	21	6	1.07
68607940--68608022	34	2.4	36	78	13	93	72	0	21	6	1.06
68613212--68613257	5	9.6	5	97	2	78	41	0	0	58	0.98
68617661--68617703	15	2.8	16	83	16	56	32	11	20	34	1.89
68617656--68617716	20	3.0	20	87	0	95	32	11	19	36	1.88
68617765--68617896	25	5.4	24	92	3	194	29	18	22	29	1.97
68617766--68617896	49	2.7	48	89	5	201	29	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68618103--68618162	31	1.9	31	89	0	93	35	15	21	28	1.93
68625776--68625842	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
68625897--68626042	23	6.0	24	84	9	147	29	19	21	29	1.98
68625892--68626033	24	6.0	24	86	8	166	29	19	21	28	1.98
68626227--68626289	31	2.0	31	87	0	90	38	12	23	25	1.90
68640216--68640332	61	1.9	61	82	0	144	42	8	14	34	1.76
68643922--68644083	82	2.0	82	84	4	211	28	11	25	34	1.91
68646706--68646760	27	2.0	27	96	0	101	20	3	27	49	1.65
68649166--68649228	28	2.2	28	85	2	81	31	12	31	23	1.92
68656264--68656303	21	1.9	21	84	0	53	30	10	25	35	1.88
68656560--68656595	16	2.2	16	100	0	72	52	16	19	11	1.73
68656807--68656881	28	2.7	28	89	0	114	25	14	33	26	1.94
68658139--68658172	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
68661879--68662139	39	6.7	39	93	0	441	23	29	20	26	1.99
68661879--68662139	117	2.2	117	97	0	495	23	29	20	26	1.99
68670015--68670167	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
68669984--68670166	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
68674458--68674493	17	2.1	17	94	0	63	16	27	27	27	1.97
68677285--68677509	40	5.6	40	81	1	245	23	26	23	26	2.00
68677249--68677509	80	3.3	80	82	3	285	24	25	23	26	2.00
68677249--68677509	120	2.2	120	80	6	289	24	25	23	26	2.00
68685419--68685641	40	5.6	40	83	4	272	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68685383--68685641	80	3.3	80	82	5	294	23	26	23	25	2.00
68685383--68685641	119	2.2	118	81	7	301	23	26	23	25	2.00
68690563--68690593	15	2.1	15	100	0	62	25	6	19	48	1.72
68695937--68695985	20	2.5	20	90	6	73	28	14	14	42	1.84
68695947--68695990	20	2.4	19	85	11	56	27	15	13	43	1.85
68698424--68698498	33	2.3	33	97	0	141	20	6	22	50	1.71
68698695--68698760	33	2.0	33	82	5	80	36	6	24	33	1.80
68699895--68699960	23	2.9	22	77	18	55	34	0	6	59	1.22
68706817--68706984	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
68713787--68713954	40	4.2	40	77	3	151	23	26	22	27	2.00
68718070--68718104	18	1.9	18	88	0	52	54	11	28	5	1.59
68723671--68723715	21	2.1	21	95	0	81	26	8	22	42	1.83
68724335--68724500	48	3.5	46	84	4	181	28	19	28	23	1.98
68725723--68725761	21	1.9	21	89	5	62	10	35	30	23	1.88
68741064--68741124	28	2.2	28	100	0	122	18	6	27	47	1.73
68765971--68766157	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
68765994--68766157	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
68765994--68766191	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
68768901--68769016	46	2.6	44	80	9	126	28	18	30	23	1.97
68778123--68778165	22	2.0	21	81	4	50	25	2	9	62	1.37
68782697--68782916	47	4.7	45	77	12	180	21	27	21	29	1.99
68782557--68782913	94	3.8	93	77	7	348	22	27	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68796739--68796841	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
68803518--68803574	30	1.9	30	96	0	105	26	38	17	17	1.92
68804745--68804883	57	2.4	57	82	4	156	30	19	16	33	1.94
68805183--68805222	17	2.4	17	86	0	53	20	17	17	45	1.86
68809407--68809438	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
68818975--68819007	17	1.9	17	88	11	50	48	24	3	24	1.65
68825720--68825871	40	3.8	40	82	3	171	28	22	26	22	1.99
68836451--68836528	23	3.2	25	66	23	76	29	28	10	32	1.90
68836429--68836572	47	3.1	47	89	2	191	28	28	9	34	1.87
68839362--68839418	30	1.9	30	85	7	80	24	29	26	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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