genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57228995--57229094	42	2.4	42	100	0	200	21	35	15	29	1.93
57236910--57237066	30	5.5	30	83	12	186	26	25	14	33	1.94
57245130--57245329	40	5.1	40	86	4	257	27	29	21	22	1.99
57245130--57245333	79	2.6	78	86	6	288	27	28	21	23	1.99
57259800--57259832	14	2.3	15	89	5	50	45	48	3	3	1.33
57260566--57260693	48	2.7	47	83	7	161	21	30	19	28	1.98
57262460--57262622	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
57269993--57270156	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
57281712--57281763	25	2.1	25	89	3	79	26	17	21	34	1.95
57281719--57281775	25	2.3	25	87	0	87	26	19	28	26	1.99
57281990--57282207	27	8.0	27	86	2	276	25	22	18	33	1.96
57282224--57282413	27	7.0	27	80	6	179	30	8	21	39	1.83
57282233--57282402	81	2.1	81	85	2	225	30	8	20	40	1.82
57282224--57282415	54	3.6	54	82	4	217	30	8	21	39	1.83
57282394--57282683	27	10.7	27	94	0	481	40	8	22	28	1.83
57282352--57282683	81	4.1	81	90	0	432	38	8	22	30	1.84
57284248--57284373	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
57284187--57284373	80	2.3	80	78	12	195	22	26	24	26	2.00
57292321--57292446	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
57292260--57292446	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
57298995--57299398	49	8.3	49	93	2	665	32	7	29	29	1.86
57301522--57301820	40	7.5	40	94	0	499	24	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57304284--57304688	49	8.3	49	93	1	647	32	7	30	29	1.86
57306512--57306719	40	5.2	40	80	5	215	26	25	22	25	2.00
57306498--57306719	80	2.8	80	83	4	254	26	24	22	26	2.00
57314607--57314814	40	5.2	40	80	3	222	26	26	22	25	2.00
57321032--57321069	18	2.2	18	86	13	53	60	15	2	21	1.47
57321351--57321389	20	2.0	19	90	5	60	43	12	17	25	1.85
57322773--57322802	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
57323513--57323728	78	2.7	78	81	9	233	25	20	27	26	1.99
57323513--57323702	40	4.8	40	80	8	194	24	20	28	26	1.99
57331704--57331925	79	2.8	79	81	9	263	25	21	27	26	1.99
57331704--57331911	40	5.2	40	84	7	262	24	21	27	25	1.99
57335272--57335437	40	4.2	40	79	3	183	25	27	21	25	1.99
57339056--57339239	55	3.4	54	70	5	147	19	22	19	38	1.93
57344037--57344105	31	2.2	31	97	0	129	27	33	20	18	1.96
57346350--57346552	55	3.8	54	79	2	212	19	22	20	38	1.94
57349605--57349689	44	1.9	44	90	0	134	21	17	28	32	1.96
57354545--57354722	46	3.8	46	77	11	202	29	28	20	21	1.98
57354552--57354723	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	21	1.98
57361270--57361305	18	2.0	18	100	0	72	27	11	38	22	1.88
57363361--57363439	28	2.8	28	86	3	106	34	11	26	27	1.91
57364744--57364862	44	2.6	46	80	6	136	22	31	20	25	1.98
57364704--57365015	47	6.6	47	75	9	203	21	31	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57364704--57365015	94	3.3	94	77	11	302	21	31	20	27	1.98
57373079--57373227	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57373120--57373227	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57381196--57381344	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57381237--57381344	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57390146--57390362	40	5.4	40	84	2	240	25	20	26	28	1.99
57398368--57398579	40	5.3	40	84	3	232	25	20	26	27	1.99
57410234--57410353	43	2.8	42	77	12	118	30	25	15	28	1.95
57410217--57410353	42	3.2	42	74	8	116	31	26	13	28	1.94
57414063--57414132	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57426591--57426667	28	2.7	29	86	4	95	37	31	12	18	1.88
57426967--57427072	56	1.9	56	90	1	169	25	25	16	33	1.96
57434389--57434516	42	3.0	42	98	0	247	24	29	11	34	1.91
57437125--57437728	48	12.4	48	93	1	1001	30	26	6	36	1.82
57437125--57437728	146	4.1	144	92	2	1001	30	26	6	36	1.82
57444341--57444577	39	6.1	39	90	0	366	23	29	23	23	1.99
57444336--57444577	117	2.1	117	92	0	403	23	29	22	24	1.99
57446298--57446324	14	1.9	14	100	0	54	44	14	0	40	1.46
57446409--57446467	27	2.2	27	81	0	64	37	18	15	28	1.91
57446911--57446982	32	2.2	32	85	0	90	31	15	23	29	1.95
57449127--57449411	40	7.2	40	91	1	439	27	26	22	23	1.99
57453989--57454049	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57458700--57458787	25	3.6	24	80	7	88	27	22	20	29	1.99
57458835--57458883	21	2.3	21	89	0	71	34	22	8	34	1.84
57458926--57458973	25	2.0	24	83	4	60	27	20	22	29	1.99
57464461--57464668	40	5.2	40	79	3	222	26	26	22	25	2.00
57470986--57471020	13	2.6	13	86	4	52	11	2	14	71	1.25
57474612--57474686	28	2.7	28	85	4	98	24	14	32	29	1.95
57481963--57482001	16	2.4	16	86	0	51	48	17	17	15	1.81
57488907--57489007	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
57496760--57496860	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
57498829--57498958	64	2.0	65	92	1	217	43	19	14	23	1.87
57498961--57499017	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
57500248--57500348	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
57502322--57502451	64	2.0	65	92	1	217	43	19	14	23	1.87
57502454--57502510	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
57502761--57502794	6	5.5	6	93	6	59	17	0	0	82	0.67
57503366--57503403	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
57505025--57505079	27	2.0	28	96	3	103	47	23	10	18	1.80
57509210--57509247	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
57510876--57510933	28	2.1	28	96	3	109	46	22	12	18	1.82
57513339--57513769	43	10.0	43	81	1	470	27	15	25	31	1.96
57513339--57513769	86	5.0	86	84	3	530	27	15	25	31	1.96
57513343--57513769	129	3.3	129	83	3	522	27	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57514046--57514072	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
57516410--57516471	28	2.2	28	88	0	88	19	17	38	24	1.93
57516789--57517127	27	12.6	26	78	6	236	39	19	9	30	1.84
57516789--57517127	54	6.3	54	81	4	294	39	19	9	30	1.84
57516789--57517127	81	4.2	80	78	5	308	39	19	9	30	1.84
57517056--57517169	27	4.2	27	80	2	104	39	16	14	28	1.89
57517056--57517169	54	2.1	54	83	3	140	39	16	14	28	1.89
57517081--57517171	27	3.4	27	85	0	110	38	14	17	29	1.89
57521866--57521910	21	2.1	21	95	0	81	40	8	2	48	1.47
57521898--57521945	2	24.5	2	82	4	53	45	4	0	50	1.21
57521877--57521945	29	2.5	28	92	4	113	43	5	1	49	1.35
57522095--57522212	26	4.5	26	84	5	130	29	3	3	63	1.27
57522095--57522212	53	2.2	53	80	7	132	29	3	3	63	1.27
57524753--57524797	19	2.4	19	85	7	56	22	20	13	44	1.85
57528123--57528197	18	4.2	18	76	20	77	76	6	1	16	1.07
57528131--57528197	19	3.7	18	77	15	68	76	5	1	16	1.06
57528132--57528204	8	8.5	8	72	24	60	78	4	1	16	0.98
57528123--57528204	17	4.9	16	75	16	69	76	6	1	15	1.04
57529437--57529592	44	3.5	44	81	6	217	27	17	28	26	1.98
57537008--57537193	40	4.7	40	86	5	202	25	21	26	26	1.99
57537008--57537193	80	2.3	82	82	9	240	25	21	26	26	1.99
57539970--57540047	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57547799--57547876	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
57549532--57549635	23	4.3	23	71	13	84	25	24	17	33	1.96
57549487--57549647	73	2.2	74	87	6	247	24	20	19	36	1.95
57549519--57549623	24	4.3	24	66	11	70	25	19	18	37	1.94
57549555--57549673	45	2.5	47	81	11	136	25	21	18	34	1.96
57549544--57549673	23	5.5	24	72	15	101	26	22	18	33	1.97
57557777--57557952	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
57557773--57557944	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
57561346--57561531	80	2.3	82	83	9	249	26	21	25	26	1.99
57561346--57561531	40	4.7	40	86	5	218	26	21	25	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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