Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  273  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82825881--82825946
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1
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2.1
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2.5
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40
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2.0
22
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368
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0
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0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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18
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19
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82873175--82873237
19
3.3
18
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56
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15
20
1.49
82873215--82873274
20
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3.7
37
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1.98
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2.2
12
100
0
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29
33
11
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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(0-2)
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173
23
26
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28
1.99
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2.2
18
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56
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25
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1.95
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1.95
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25
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1.99
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1.99
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1.02
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23
4.3
23
80
1
90
30
8
18
42
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83007996--83008021
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2.0
13
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16
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95
0
139
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14
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27
1.95
83026481--83026556
29
2.6
29
77
4
82
22
21
35
21
1.96
83029704--83029777
26
2.8
26
87
0
103
37
25
20
16
1.93
83031827--83031861
15
2.3
15
95
0
61
0
11
20
68
1.20
83031825--83031860
10
3.6
10
92
0
54
0
11
19
69
1.18
83033601--83033640
19
2.1
19
90
0
62
30
15
2
52
1.55
83040197--83040275
27
2.9
27
78
0
104
36
26
8
27
1.86
83040197--83040277
9
9.0
9
73
0
63
35
27
8
28
1.86
83040197--83040290
18
5.4
18
89
3
122
37
25
8
28
1.85
83045558--83045626
21
3.3
21
87
2
95
11
24
8
55
1.64
83056418--83056514
40
2.5
40
78
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110
58
8
14
18
1.60
83056415--83056514
20
5.1
19
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13
69
59
8
14
19
1.59
83056425--83056493
19
3.5
20
76
7
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62
7
10
20
1.50
83058360--83058384
1
25.0
1
100
0
50
100
0
0
0
0.00
83059759--83059788
15
2.0
15
100
0
60
33
0
20
46
1.51
83068067--83068106
19
2.1
19
90
0
62
30
12
12
45
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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17
1.9
18
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5
52
17
32
32
17
1.94
83092742--83092831
41
2.2
41
88
4
128
21
17
6
54
1.65
83092842--83092933
46
2.0
45
82
2
112
23
19
14
42
1.88
83093764--83093812
21
2.3
20
80
13
53
26
18
4
51
1.64
83093803--83093849
12
3.8
12
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14
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2
57
1.49
83094877--83095015
68
2.0
68
98
0
269
46
7
13
31
1.72
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39
4.5
39
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1
174
22
23
16
38
1.93
83097933--83098107
78
2.2
77
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2
197
22
23
16
38
1.93
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6.2
6
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0
1.41
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2.0
20
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43
0
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2.2
64
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2
205
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1.52
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12
2.2
12
100
0
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15
0
38
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19
2.1
20
90
9
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60
12
2
25
1.45
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2.3
25
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0
0
50
1.00
83112309--83112367
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0
0
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1.00
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0
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2.0
114
92
0
374
34
8
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38
1.82
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2.3
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3
100
30
18
24
26
1.98
83118049--83118172
46
2.7
45
80
13
137
20
20
29
29
1.97
83121942--83121987
21
2.2
21
84
0
56
15
21
15
47
1.81
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20
2.0
20
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0
53
47
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1.80
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20
2.0
20
84
0
51
25
10
5
58
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83128574--83128623
20
2.5
19
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15
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42
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16
28
1.86
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28
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27
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14
77
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1
2
32
1.16
83131113--83131228
10
12.3
9
67
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62
0
2
34
1.15
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19
6.1
19
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1
2
31
1.17
83131152--83131256
9
11.6
9
73
13
74
65
0
2
30
1.13
83131169--83131257
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4.8
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90
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1
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28
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2
1
63
1.17
83131555--83131607
26
2.0
26
89
7
81
45
0
0
54
0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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