genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86323922--86324031	18	6.5	15	82	17	87	37	10	15	36	1.83
86323920--86324045	35	3.5	36	87	11	195	37	11	15	36	1.83
86323920--86324045	54	2.3	54	100	0	252	37	11	15	36	1.83
86323920--86324045	19	6.9	19	89	10	210	37	11	15	36	1.83
86323920--86324068	19	7.8	22	86	11	103	36	10	15	37	1.81
86324528--86324587	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
86324529--86324587	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
86324564--86324613	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
86325727--86325765	20	1.9	21	89	5	62	30	20	5	43	1.73
86325788--86325837	25	2.1	22	82	10	55	36	12	0	52	1.39
86326044--86326092	21	2.3	22	89	3	73	30	0	8	61	1.25
86326475--86326509	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
86328113--86328143	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
86329736--86329776	21	2.0	21	90	0	64	63	2	2	31	1.20
86330059--86330108	19	2.6	19	79	14	59	78	0	8	14	0.97
86331575--86331662	45	2.0	45	90	0	140	37	11	31	19	1.87
86331966--86331997	15	2.1	15	100	0	64	46	0	0	53	1.00
86332202--86332244	16	2.7	16	88	0	68	27	30	0	41	1.56
86332523--86332566	16	2.6	18	82	7	56	38	2	2	56	1.24
86335365--86335412	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
86337140--86337197	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
86338262--86338345	26	3.2	26	94	0	141	33	3	25	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86339806--86339858	26	2.0	26	82	7	63	39	20	13	26	1.89
86342594--86342622	11	2.6	11	100	0	58	0	58	0	41	0.98
86343211--86343247	13	2.8	14	80	12	51	29	0	10	59	1.31
86343713--86343741	15	1.9	15	100	0	58	13	6	0	79	0.93
86343877--86343913	19	1.9	19	88	0	56	40	5	5	48	1.49
86344165--86344189	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
86345961--86346004	17	2.5	17	81	7	52	77	2	9	11	1.08
86354421--86354469	22	2.3	21	80	16	57	32	0	4	63	1.13
86354456--86354521	29	2.3	30	80	15	77	45	1	3	50	1.26
86364743--86364781	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
86364833--86364895	24	2.6	24	94	0	108	44	1	36	17	1.59
86377365--86377439	34	2.2	34	85	2	107	25	21	25	28	1.99
86383506--86383539	17	2.1	16	88	5	50	0	29	0	70	0.87
86384679--86384764	40	2.2	40	81	10	104	29	19	22	29	1.98
86386864--86386899	19	1.9	19	88	5	56	36	8	19	36	1.82
86386862--86386905	18	2.4	19	80	3	54	45	6	15	31	1.73
86390193--86390255	29	2.2	29	97	0	117	23	20	26	28	1.99
86390969--86391025	26	2.2	26	87	0	78	42	10	0	47	1.38
86390976--86391027	26	2.0	26	92	0	86	38	11	0	50	1.39
86396379--86396440	19	3.3	19	86	0	70	32	14	14	38	1.86
86396389--86396447	6	9.5	6	78	7	55	37	13	15	33	1.86
86413869--86414155	137	2.1	137	97	0	538	31	24	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86415938--86416045	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
86420284--86420316	17	2.0	17	88	5	50	24	3	9	63	1.38
86421086--86421509	137	3.1	137	95	0	758	32	23	18	25	1.97
86423293--86423400	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
86424135--86424270	25	5.5	25	70	15	77	36	19	25	18	1.94
86428459--86428516	28	2.1	28	80	3	64	29	15	1	53	1.52
86429168--86429597	131	3.3	131	76	6	350	26	19	19	34	1.96
86431488--86431534	22	2.2	21	82	17	53	53	6	4	36	1.46
86436883--86436918	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
86450155--86450945	105	7.5	105	82	3	876	37	15	15	31	1.89
86452791--86452849	29	2.0	29	100	0	118	32	20	3	44	1.68
86457858--86457895	19	2.0	19	100	0	76	15	5	21	57	1.57
86460880--86460936	26	2.3	24	82	11	71	59	3	5	31	1.36
86461475--86461513	20	1.9	21	89	5	62	74	5	0	20	1.01
86466173--86466197	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
86466205--86466234	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
86471210--86471264	8	6.6	9	83	6	55	54	0	1	43	1.10
86473214--86473259	23	2.0	23	100	0	92	30	39	8	21	1.84
86475344--86475383	21	1.9	21	100	0	80	30	12	7	50	1.68
86476613--86476667	27	2.0	27	100	0	110	32	10	29	27	1.91
86480848--86480883	18	2.0	18	94	0	63	27	25	16	30	1.97
86482178--86482233	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86483722--86483774	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
86490626--86490761	26	5.2	26	91	0	218	33	4	25	36	1.76
86492544--86492829	136	2.1	137	95	0	511	24	17	24	32	1.97
86495014--86495052	20	2.0	19	85	5	51	43	7	7	41	1.62
86496550--86496588	20	2.0	20	90	5	62	17	2	10	69	1.28
86498331--86498397	3	22.7	3	96	3	127	32	0	0	67	0.91
86498446--86498480	9	3.8	9	88	7	52	42	0	2	54	1.15
86498492--86498521	12	2.4	13	94	5	53	36	0	6	56	1.26
86498515--86498556	18	2.3	19	83	4	50	40	4	0	54	1.21
86499329--86499362	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
86502882--86502988	26	4.2	26	91	2	180	36	24	6	32	1.81
86502882--86502988	51	2.1	52	94	1	189	36	24	6	32	1.81
86509935--86510042	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
86511068--86511112	21	2.2	21	84	11	58	31	6	0	62	1.21
86511153--86511207	3	18.0	3	96	3	101	32	0	1	65	1.03
86511406--86511444	15	2.5	15	87	4	51	33	2	2	61	1.23
86511427--86511502	26	3.0	25	73	23	68	32	5	6	55	1.48
86524175--86524383	54	3.9	54	89	3	303	31	15	16	37	1.90
86526200--86526325	3	41.0	3	77	7	110	30	5	2	61	1.32
86526524--86526562	15	2.5	15	87	4	51	33	2	2	61	1.23
86526545--86526620	26	3.0	25	73	23	68	32	5	6	55	1.48
86530580--86530638	29	2.0	30	86	3	84	25	3	15	55	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86533513--86533569	27	2.2	26	83	3	69	45	29	1	22	1.63
86533790--86533823	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
86541262--86541295	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
86541588--86541638	25	2.0	26	84	7	68	21	0	7	70	1.12
86543583--86543643	27	2.2	27	80	11	70	19	6	32	40	1.77
86547353--86547381	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
86547450--86547485	14	2.6	14	100	0	72	27	0	16	55	1.42
86550246--86550284	19	2.0	20	90	5	62	20	20	0	58	1.39
86552455--86552528	30	2.5	28	82	8	85	51	4	2	41	1.35
86552466--86552535	29	2.3	30	87	4	97	51	4	2	41	1.36
86556939--86557093	83	1.9	83	88	1	238	35	13	25	25	1.93
86558380--86558534	83	1.9	83	91	1	256	34	13	27	23	1.93
86559816--86559970	83	1.9	83	91	1	256	34	13	27	23	1.93
86560725--86560764	21	1.9	21	89	0	62	40	7	5	47	1.54
86561681--86561738	29	2.0	29	100	0	116	37	20	6	34	1.80
86565673--86565711	20	2.0	20	100	0	78	25	10	25	38	1.87
86572173--86572348	42	4.0	42	82	12	205	28	27	15	28	1.96
86572243--86572432	47	4.0	48	82	5	181	30	25	14	28	1.95
86572448--86572596	31	4.8	31	88	0	226	27	26	18	27	1.98
86572572--86572748	50	3.5	50	92	0	291	25	22	16	36	1.94
86578587--86578632	24	1.9	24	100	0	92	21	15	23	39	1.92
86581977--86582119	20	7.3	19	73	17	78	60	4	1	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86581992--86582159	30	5.7	29	72	12	119	61	4	0	33	1.21
86581956--86582087	38	3.5	39	75	19	111	59	1	1	37	1.16
86582004--86582066	9	6.8	9	80	18	67	63	0	1	34	1.04
86582014--86582097	9	8.6	10	75	12	50	59	2	1	36	1.18
86582082--86582127	19	2.3	20	92	3	76	65	10	0	23	1.24
86582094--86582159	31	2.1	31	88	5	98	65	9	0	25	1.22
86584441--86584558	24	4.7	26	75	11	79	35	22	24	16	1.95
86584469--86584539	25	2.8	26	83	8	94	35	21	26	16	1.95
86584469--86584558	24	3.7	25	82	10	98	36	21	26	15	1.93
86584518--86584577	24	2.5	24	86	8	77	38	23	23	15	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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