genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71397177--71397462	146	2.0	145	87	0	410	29	26	16	27	1.97
71398050--71398109	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
71401791--71401853	24	2.6	24	87	0	81	26	30	19	23	1.98
71403129--71403167	20	1.9	21	89	5	62	17	7	2	71	1.21
71404822--71404923	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71412675--71412776	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71419699--71419768	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71427721--71427788	28	2.6	25	93	6	109	29	27	14	27	1.95
71429900--71430099	39	5.1	39	85	7	253	23	21	29	26	1.99
71429896--71430103	78	2.7	78	90	2	319	24	21	28	26	1.99
71437981--71438184	40	5.1	40	87	1	266	22	21	28	27	1.99
71437977--71438188	80	2.7	80	87	2	293	23	21	27	27	1.99
71439630--71439955	166	2.0	165	87	0	472	30	28	15	25	1.96
71441457--71441490	5	6.6	5	86	6	50	20	0	2	76	0.92
71447861--71447924	31	2.1	31	96	0	119	35	9	20	34	1.85
71452672--71452835	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
71452672--71452869	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
71465644--71465673	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
71471347--71471395	12	4.1	12	74	10	55	24	10	14	51	1.73
71472856--71472882	9	3.0	9	100	0	54	0	44	33	22	1.53
71474029--71474074	23	2.1	23	84	8	60	28	4	15	52	1.61
71474395--71474436	15	2.7	15	79	20	50	57	0	2	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71474414--71474482	29	2.3	29	82	7	77	47	2	0	49	1.16
71474414--71474482	31	2.3	30	80	11	72	47	2	0	49	1.16
71475603--71475638	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
71480058--71480132	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
71480116--71480189	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
71492500--71492780	48	5.9	48	88	0	400	27	31	16	24	1.96
71492500--71492781	144	2.0	144	90	1	449	27	31	16	24	1.96
71493735--71493781	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
71494288--71494471	101	1.8	101	95	0	332	26	17	24	30	1.97
71494130--71494463	50	6.6	50	76	4	348	26	17	25	30	1.97
71494129--71494463	151	2.2	151	90	0	526	26	17	25	30	1.97
71497070--71497170	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71497099--71497170	29	2.5	28	91	6	110	30	13	26	29	1.94
71503524--71503886	24	15.1	24	96	0	654	36	25	17	20	1.95
71506602--71506648	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
71506997--71507894	101	8.9	100	73	9	520	26	18	25	30	1.98
71506998--71507582	151	3.9	151	80	5	459	25	17	25	30	1.97
71506997--71507824	252	3.3	251	91	0	1251	25	18	25	30	1.98
71507502--71507892	151	2.6	151	88	0	584	26	19	24	28	1.99
71518992--71519026	15	2.3	15	90	0	52	20	34	20	25	1.96
71522579--71522789	103	2.1	103	91	0	343	39	23	11	25	1.88
71524174--71524225	23	2.2	24	82	6	61	36	3	0	59	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71542926--71543045	55	2.2	55	80	3	134	23	25	30	20	1.98
71551603--71551641	17	2.3	17	100	0	78	30	12	20	35	1.90
71556392--71556595	40	5.1	40	87	1	266	22	21	29	26	1.99
71556388--71556599	80	2.7	80	88	2	302	23	21	28	26	1.99
71564475--71564676	40	5.1	40	89	3	284	22	20	29	27	1.98
71566114--71566439	166	2.0	165	87	0	472	30	28	15	25	1.96
71567941--71567974	5	6.6	5	86	6	50	20	0	2	76	0.92
71573878--71574026	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71573919--71574026	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71577104--71577178	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
71577162--71577235	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
71587782--71587820	12	3.2	12	82	7	51	82	0	0	17	0.68
71589027--71589151	38	3.4	35	72	14	92	37	1	0	60	1.12
71589010--71589107	28	3.4	29	77	5	92	35	5	2	57	1.33
71589112--71589171	27	2.1	29	84	6	79	43	0	1	55	1.10
71589072--71589160	37	2.3	38	81	11	94	38	1	1	59	1.12
71589241--71589420	87	2.1	87	87	4	265	33	7	22	36	1.83
71589849--71589896	26	2.0	24	88	12	71	64	6	0	29	1.18
71590112--71590141	16	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
71590479--71590519	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
71600268--71600465	93	2.1	93	93	0	333	21	14	18	45	1.85
71602701--71602741	12	3.5	11	90	6	55	26	17	0	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71603235--71603261	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
71603338--71603379	17	2.4	17	80	11	50	30	2	2	64	1.19
71604511--71604568	30	2.0	29	89	3	89	56	12	5	25	1.56
71619478--71619608	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
71619478--71619608	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
71627432--71627562	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
71627432--71627562	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
71628941--71628996	23	2.4	23	81	0	76	39	10	16	33	1.83
71630800--71630845	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
71630807--71630851	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
71637128--71637156	9	3.2	9	100	0	58	31	41	13	13	1.84
71638412--71638457	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
71638419--71638463	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
71650917--71651126	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71659041--71659249	40	5.2	40	87	2	296	25	23	28	22	1.99
71666161--71666329	40	4.2	40	78	4	164	23	25	21	28	1.99
71676557--71676850	154	1.9	155	92	2	493	22	28	14	33	1.94
71680412--71680455	21	2.1	21	100	0	88	47	9	0	43	1.35
71689010--71689160	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
71696341--71696491	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
71698469--71698507	17	2.3	17	86	0	51	12	20	46	20	1.83
71709116--71709145	14	2.2	14	94	5	53	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71709547--71709576	12	2.5	12	94	0	51	10	10	40	40	1.72
71714714--71714756	21	2.0	21	91	8	70	32	13	13	39	1.85
71717782--71717811	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71718723--71718767	17	2.6	17	89	0	63	20	42	24	13	1.87
71718735--71718768	17	2.0	17	100	0	68	17	47	23	11	1.81
71723510--71723541	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
71725234--71725281	21	2.3	21	88	0	69	16	27	27	29	1.97
71725211--71725290	21	3.7	21	76	3	61	16	20	25	38	1.92
71730314--71730356	23	1.9	23	85	4	61	41	18	13	25	1.88
71730687--71730711	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71733194--71733220	14	1.9	14	100	0	54	29	3	0	66	1.09
71740793--71740825	16	2.0	17	88	5	50	48	3	3	45	1.33
71740934--71741071	50	2.8	48	83	7	179	33	8	5	52	1.54
71742036--71742068	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
71742655--71742692	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
71746116--71746625	126	4.0	126	92	0	815	28	19	17	35	1.94
71747164--71747232	19	3.8	19	83	11	99	43	21	0	34	1.53
71748949--71749000	14	3.6	14	78	16	52	65	1	0	32	1.04
71748968--71749000	15	2.3	15	89	5	50	69	3	0	27	1.03
71752848--71752905	30	1.9	30	93	6	100	44	0	22	32	1.53
71758432--71758505	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71758489--71758564	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71758432--71758564	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
71766272--71766345	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71766329--71766404	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
71766272--71766404	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
71769183--71769353	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
71769178--71769350	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
71769770--71769829	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
71776704--71776877	47	3.7	46	79	13	212	28	28	21	21	1.99
71778939--71779012	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71778996--71779071	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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