genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90051577--90051620	15	2.9	15	90	6	63	45	20	2	31	1.64
90052554--90052605	19	2.7	20	84	6	70	26	38	1	32	1.68
90052623--90052676	19	2.8	19	91	0	90	24	29	24	22	1.99
90056135--90056183	23	2.1	23	92	7	82	32	14	16	36	1.89
90056227--90056277	10	5.4	10	72	13	54	47	0	17	35	1.48
90056231--90056284	27	2.0	27	100	0	108	44	0	14	40	1.46
90056343--90057254	241	3.8	241	98	0	1745	35	18	13	32	1.90
90056343--90057254	481	1.9	482	97	0	1745	35	18	13	32	1.90
90057298--90057410	9	12.2	9	79	5	118	46	21	0	30	1.57
90057315--90057392	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
90057311--90057422	57	2.0	57	89	0	170	46	23	0	29	1.58
90063413--90063663	43	5.8	43	94	0	376	25	34	20	20	1.96
90063416--90063663	86	2.9	86	93	0	415	24	34	20	20	1.96
90064913--90064947	13	2.7	13	86	0	52	45	25	2	25	1.67
90064938--90064983	13	3.5	13	84	0	65	39	21	8	30	1.84
90064907--90064983	26	3.0	26	72	11	68	37	23	5	33	1.77
90070835--90070891	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
90083803--90083884	29	2.8	29	83	0	83	21	32	21	23	1.98
90086451--90086504	20	2.6	21	75	16	51	42	1	5	50	1.36
90086613--90086811	107	1.9	108	81	6	244	40	8	9	42	1.66
90091648--90091691	22	2.0	22	82	13	54	68	0	2	29	1.02
90104326--90104361	16	2.2	16	90	0	54	63	5	0	30	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90107729--90107766	19	2.1	18	85	14	51	55	10	7	26	1.61
90107959--90108090	60	2.2	60	80	6	144	28	25	18	28	1.98
90109356--90109389	16	2.1	17	88	5	52	70	0	26	2	1.01
90114821--90114852	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
90122941--90123056	18	6.5	18	90	4	173	38	11	12	37	1.80
90122932--90123056	35	3.5	36	92	3	191	38	10	13	37	1.79
90122941--90123056	53	2.2	53	92	4	189	38	11	12	37	1.80
90123537--90123596	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
90123538--90123596	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
90123573--90123622	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
90127518--90127542	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
90128598--90128628	15	2.1	15	100	0	62	25	25	41	6	1.79
90132032--90132115	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
90135833--90135869	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
90138851--90138918	22	3.1	21	91	4	100	67	14	5	11	1.39
90149690--90149724	2	17.5	2	87	0	52	51	2	0	45	1.16
90153165--90153235	18	3.9	18	79	0	79	30	16	11	40	1.84
90157288--90157332	11	4.2	11	82	5	56	17	44	6	31	1.75
90161227--90161286	27	2.3	27	97	2	113	30	0	13	56	1.37
90166521--90166556	15	2.4	15	95	0	63	41	5	22	30	1.76
90166537--90166629	31	2.9	32	66	13	84	32	12	19	35	1.90
90171575--90171623	24	2.0	24	100	0	98	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90177930--90177977	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
90178021--90178079	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
90178130--90178248	47	2.5	48	87	8	163	27	21	24	26	1.99
90178130--90178248	24	5.0	24	82	9	145	27	21	24	26	1.99
90178440--90178503	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
90180609--90180649	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
90187884--90188014	51	2.5	51	91	3	201	36	4	9	49	1.55
90190871--90190898	12	2.3	12	100	0	56	50	7	0	42	1.30
90190993--90191023	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
90191600--90191683	17	4.5	17	72	21	60	5	1	23	69	1.18
90191617--90191670	23	2.4	22	81	6	72	3	1	25	68	1.16
90191583--90191670	45	2.0	44	84	8	115	5	2	26	65	1.26
90191583--90191683	42	2.4	43	80	11	118	5	1	24	67	1.24
90192326--90192360	13	2.7	13	90	0	52	62	2	11	22	1.41
90192507--90192568	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
90192714--90193323	75	7.7	79	78	11	393	33	18	17	30	1.94
90192340--90193323	250	4.1	242	79	9	882	35	18	16	29	1.93
90192830--90193002	94	1.8	94	86	2	249	31	18	20	28	1.96
90192924--90193304	75	5.0	75	84	5	451	32	19	16	31	1.94
90193273--90193378	54	1.9	55	83	5	135	39	18	14	27	1.89
90193358--90193391	13	2.5	13	90	4	50	61	8	8	20	1.52
90193413--90193518	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90193229--90193993	277	2.7	279	95	2	1365	37	20	16	25	1.93
90193830--90193935	54	1.9	54	87	9	153	36	18	15	29	1.92
90193229--90193993	140	5.5	140	95	1	1367	37	20	16	25	1.93
90193966--90194211	121	2.0	124	90	3	392	39	22	13	24	1.91
90194090--90194262	69	2.5	69	84	5	206	34	23	14	27	1.93
90201146--90201178	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
90201148--90201187	12	3.3	12	92	0	62	50	5	2	42	1.37
90201255--90201310	25	2.2	25	78	6	60	50	3	5	41	1.43
90201280--90201379	39	2.6	39	77	4	105	54	4	6	36	1.44
90201869--90201969	24	4.7	23	75	18	110	5	0	25	67	1.20
90201869--90201947	41	2.0	41	92	2	133	6	1	27	64	1.25
90201869--90201991	62	2.0	63	80	9	144	7	1	29	61	1.32
90208524--90208587	33	1.9	34	90	3	103	18	18	46	15	1.84
90209170--90209313	44	3.3	44	67	14	118	19	24	22	34	1.97
90209172--90209361	86	2.2	86	90	0	290	20	22	23	34	1.96
90209118--90209400	86	3.3	86	78	8	283	19	22	22	34	1.96
90209554--90209716	44	3.7	44	73	5	134	20	22	20	36	1.96
90210538--90210570	1	33.0	1	100	0	66	0	0	0	100	0.00
90223165--90223229	34	1.9	34	93	0	112	18	18	47	15	1.82
90225027--90225078	26	2.1	25	82	13	63	23	5	5	65	1.36
90230998--90231125	51	2.5	51	83	2	161	30	24	17	27	1.97
90231383--90231436	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90233600--90233636	17	2.2	17	86	13	51	21	5	2	70	1.20
90238260--90238292	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
90238559--90238598	21	2.0	20	85	5	53	52	15	5	27	1.63
90241165--90241194	12	2.5	12	94	0	51	63	0	20	16	1.31
90244637--90244666	12	2.5	12	94	0	51	63	0	20	16	1.31
90247803--90247980	89	2.0	89	100	0	356	39	22	6	31	1.80
90248981--90249031	5	9.6	5	89	2	57	72	0	9	17	1.11
90248999--90249033	6	6.2	6	96	3	56	71	0	11	17	1.14
90256270--90256452	92	2.0	92	97	0	348	41	24	8	25	1.83
90257884--90257921	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
90257884--90257962	19	4.2	19	85	9	108	39	7	16	36	1.77
90261175--90261289	27	4.3	26	85	5	140	35	23	24	16	1.95
90261175--90261289	54	2.1	54	87	3	160	35	23	24	16	1.95
90262663--90262835	46	3.7	46	77	13	201	22	21	27	28	1.99
90262660--90262830	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
90268178--90268350	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
90268175--90268345	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
90271187--90271322	26	5.2	26	97	0	227	36	25	5	33	1.80
90274237--90274410	46	3.8	46	75	10	165	22	20	28	28	1.98
90274233--90274403	93	1.8	92	88	1	261	23	20	28	28	1.99
90279693--90279862	46	3.7	45	78	13	195	21	20	29	28	1.98
90282574--90282633	30	2.0	30	96	0	111	28	30	6	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90288816--90288854	10	3.9	10	80	12	53	69	2	7	20	1.26
90290741--90290792	24	2.2	24	82	0	59	51	5	5	36	1.50
90304857--90304915	25	2.3	26	82	5	66	61	0	38	0	0.96
90304893--90304936	22	2.0	23	86	4	63	72	0	25	2	0.96
90304898--90304941	16	2.8	16	78	21	56	77	0	20	2	0.88
90327356--90327550	87	2.3	86	83	4	239	28	20	7	44	1.77
90327489--90327614	64	2.0	64	88	3	191	30	21	7	40	1.80
90341035--90341083	24	2.0	24	92	7	82	34	18	20	26	1.95
90347161--90347413	130	1.9	130	95	0	461	32	24	17	25	1.97
90347661--90347713	26	2.0	27	82	13	67	28	13	22	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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