genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70625210--70625301	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
70625325--70625403	31	2.5	31	95	0	140	30	18	24	26	1.98
70632422--70632614	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
70632452--70632614	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
70638533--70638694	39	4.2	39	89	1	236	25	30	19	24	1.98
70646474--70646606	49	2.7	49	89	6	198	27	23	29	20	1.99
70648374--70648621	40	6.2	40	88	1	338	23	20	28	27	1.99
70657731--70657776	6	7.3	6	83	16	58	21	0	0	78	0.76
70657731--70657776	13	3.7	12	86	13	58	21	0	0	78	0.76
70667420--70667537	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70667388--70667587	71	2.8	71	100	0	400	34	17	28	20	1.95
70675041--70675158	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70675009--70675238	71	3.3	71	96	3	425	34	17	28	19	1.95
70674976--70675238	138	1.9	136	87	6	388	33	17	28	20	1.95
70684639--70684805	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
70688630--70688663	14	2.4	14	100	0	68	41	0	17	41	1.50
70699400--70699647	40	6.2	40	89	1	347	23	20	28	26	1.99
70708753--70708798	6	7.3	6	83	16	58	21	0	0	78	0.76
70708753--70708798	13	3.7	12	86	13	58	21	0	0	78	0.76
70724861--70724920	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
70727116--70727275	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
70733665--70733831	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70741663--70741829	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
70748371--70748404	14	2.4	14	100	0	68	41	0	17	41	1.50
70760318--70760425	40	2.7	40	88	5	155	34	25	14	25	1.94
70762838--70762943	53	2.0	53	96	0	194	31	16	12	40	1.85
70765449--70765480	13	2.3	15	89	10	50	18	34	9	37	1.83
70766715--70766753	14	2.6	16	88	8	55	41	2	20	35	1.66
70766950--70767061	45	2.5	45	81	5	138	21	16	28	33	1.95
70767030--70767114	44	1.9	44	87	0	125	22	17	29	30	1.97
70777083--70777133	25	2.0	26	85	14	70	13	15	3	66	1.39
70778237--70778287	12	4.6	11	75	15	52	74	1	0	23	0.92
70780373--70780441	29	2.4	28	95	2	120	28	11	26	33	1.91
70780373--70780471	28	3.5	29	86	5	132	28	12	27	32	1.92
70784143--70784286	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
70799250--70799422	46	3.8	46	96	0	301	23	32	9	34	1.87
70799449--70799571	22	5.3	22	64	24	65	26	28	10	34	1.89
70799446--70799592	47	3.1	47	97	0	276	25	27	10	36	1.88
70799446--70799617	94	1.9	91	83	9	224	29	26	8	35	1.86
70806072--70806191	42	2.9	42	76	0	123	28	24	16	30	1.96
70813172--70813329	76	2.1	76	86	2	230	29	4	15	50	1.64
70813692--70813819	41	3.1	41	86	8	172	39	21	20	18	1.93
70813990--70814072	21	3.6	21	71	20	67	31	3	22	42	1.71
70814597--70814669	36	2.0	36	100	0	146	36	10	2	49	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70818164--70818225	31	2.0	31	100	0	124	41	9	29	19	1.83
70818578--70818605	8	3.5	8	100	0	56	0	10	0	89	0.49
70818913--70818945	12	2.8	12	100	0	66	48	6	9	36	1.60
70819613--70819747	46	3.0	45	90	7	213	20	21	34	23	1.96
70819605--70819750	43	3.3	43	88	7	222	19	21	32	26	1.97
70826001--70826176	40	4.5	39	85	5	214	25	22	27	24	2.00
70833971--70834147	40	4.5	39	87	6	225	24	23	27	24	2.00
70833971--70834147	79	2.2	79	86	5	234	24	23	27	24	2.00
70835503--70835694	45	4.4	44	73	12	171	25	15	28	30	1.96
70836356--70836388	16	2.1	16	88	11	50	15	3	24	57	1.52
70837417--70837454	19	2.0	19	94	0	67	18	5	23	52	1.65
70841008--70841064	26	2.2	27	87	12	84	45	22	17	14	1.84
70841113--70841173	26	2.3	26	91	0	95	40	18	18	22	1.91
70844187--70844498	49	6.4	49	96	0	545	28	8	33	29	1.88
70844600--70844721	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
70846535--70846619	40	2.1	40	86	0	116	28	21	27	23	1.99
70846817--70846951	29	4.7	29	98	0	252	25	16	33	24	1.96
70850197--70850568	49	7.4	49	88	7	530	28	8	32	30	1.86
70850190--70850568	157	2.5	150	90	5	577	28	8	32	30	1.86
70850670--70850754	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
70854652--70854693	21	2.0	21	95	0	75	33	7	9	50	1.62
70873784--70873980	43	4.7	43	93	1	337	25	19	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70873791--70874017	43	5.5	40	89	3	197	25	19	28	26	1.99
70880493--70880576	42	2.0	42	92	0	141	30	17	20	30	1.96
70884982--70885510	27	19.6	27	87	3	717	27	24	9	38	1.85
70886836--70886878	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
70886843--70886886	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
70886933--70887098	24	7.0	24	88	4	230	28	22	21	26	1.99
70886933--70887099	47	3.5	48	88	4	232	29	22	21	26	1.99
70886933--70887098	71	2.3	71	89	3	244	28	22	21	26	1.99
70887292--70887355	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
70891923--70891999	23	3.3	23	66	20	68	41	5	9	44	1.58
70891916--70892015	48	2.1	48	100	0	200	42	7	10	41	1.65
70900317--70900382	34	1.9	34	93	0	114	31	19	18	30	1.96
70900676--70900757	34	2.4	34	80	9	89	28	20	19	31	1.97
70900694--70900772	34	2.3	34	80	8	81	26	24	24	25	2.00
70910107--70910136	15	2.0	15	100	0	60	33	6	13	46	1.69
70912355--70912408	25	2.2	23	83	9	63	55	1	3	38	1.28
70920785--70920887	28	3.7	28	88	0	143	24	13	33	28	1.93
70920785--70920904	28	4.2	28	86	1	141	27	13	33	25	1.93
70931211--70931261	24	2.2	24	89	3	77	25	13	37	23	1.92
70934206--70934273	20	3.4	19	74	15	57	66	10	2	20	1.35
70940107--70940188	42	2.0	42	82	0	101	20	20	14	43	1.87
70944274--70944422	55	2.7	55	82	6	178	34	17	24	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70946826--70947212	47	8.3	47	93	0	616	34	8	29	27	1.86
70950095--70950163	29	2.4	29	95	4	124	42	5	10	42	1.62
70965290--70965487	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
70965356--70965473	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70965324--70965487	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
70966896--70967075	55	3.3	55	76	7	154	34	16	24	24	1.95
70966903--70967103	108	1.8	110	84	4	273	33	16	24	24	1.96
70969570--70969602	14	2.3	14	94	5	57	33	3	18	45	1.65
70971048--70971110	32	2.0	32	90	3	101	55	12	3	28	1.52
70975887--70976004	43	2.8	42	80	2	137	30	16	24	28	1.96
70977339--70977497	44	3.6	44	80	5	180	27	16	26	30	1.97
70978150--70978183	16	2.1	16	100	0	68	35	0	29	35	1.58
70986320--70986428	43	2.6	42	82	2	128	30	13	26	29	1.94
70986522--70986560	20	2.0	20	84	0	51	41	2	23	33	1.68
70989019--70989206	100	1.9	101	91	3	308	29	23	19	28	1.98
70989030--70989215	50	3.7	50	81	6	216	30	23	18	27	1.98
70989028--70989244	50	4.3	49	79	7	161	31	24	17	26	1.97
70992137--70992179	15	2.9	15	82	0	50	51	13	20	13	1.76
70995153--70995226	29	2.5	29	86	2	76	25	31	14	28	1.95
70996385--70996438	21	2.8	20	81	10	58	5	14	1	77	1.03
71003049--71003121	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
71004283--71004336	21	2.8	20	81	10	58	5	14	1	77	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71011859--71011903	21	2.1	21	95	0	81	15	17	24	42	1.88
71021179--71021252	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71021236--71021310	28	2.6	29	77	8	82	22	21	34	21	1.97
71031157--71031328	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
71031150--71031325	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
71039699--71039915	79	2.7	80	83	8	282	27	27	20	24	1.99
71039699--71039922	40	5.7	40	83	7	269	26	27	21	24	1.99
71041835--71041927	23	4.0	23	92	1	141	30	19	23	26	1.98
71041981--71042047	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
71041981--71042036	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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