genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38349912--38350107	69	2.8	69	89	0	293	34	9	36	19	1.85
38350549--38350600	26	2.0	26	100	0	104	34	15	15	34	1.89
38352820--38352860	18	2.2	18	86	4	55	51	12	7	29	1.66
38354360--38354403	18	2.4	18	96	0	79	11	0	34	54	1.36
38358068--38358105	14	2.9	13	88	7	51	18	7	0	73	1.06
38358446--38358692	43	5.7	43	92	1	379	24	18	32	24	1.97
38358771--38358851	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
38364788--38365004	9	23.6	9	73	10	134	38	0	12	47	1.48
38364788--38365004	18	12.3	18	75	10	162	38	0	12	47	1.48
38364764--38365035	123	2.3	120	85	6	351	38	1	12	47	1.49
38365109--38365164	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
38365341--38365408	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
38369825--38370029	113	1.8	110	79	8	234	28	16	20	34	1.95
38370138--38370163	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
38370204--38370256	28	1.9	27	81	11	63	33	5	3	56	1.41
38370422--38370454	12	2.8	12	95	0	57	45	9	0	45	1.35
38371251--38371276	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
38372489--38372534	9	5.1	9	94	0	74	28	10	15	45	1.79
38372585--38372617	9	3.7	9	100	0	66	42	24	12	21	1.86
38372753--38372781	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
38375182--38375273	31	3.0	31	70	10	80	50	2	10	36	1.50
38375534--38375909	187	2.0	187	92	2	628	36	18	22	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38376441--38376863	137	3.1	137	96	1	778	31	24	19	24	1.98
38378635--38378718	26	3.2	26	94	0	150	36	23	4	34	1.76
38379778--38379892	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
38379778--38379892	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
38381503--38381612	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
38385561--38385675	27	4.3	26	86	5	140	36	22	23	17	1.95
38385561--38385675	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
38385777--38385850	25	2.8	25	85	6	85	31	10	22	35	1.89
38387284--38387393	26	4.2	26	96	0	175	36	23	5	34	1.78
38395732--38395764	7	4.7	7	96	0	57	9	15	3	72	1.21
38397499--38397633	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
38399117--38399167	25	2.0	25	85	7	68	39	19	15	25	1.91
38403493--38403600	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
38408124--38408212	22	4.1	22	75	15	60	30	3	3	62	1.27
38408136--38408294	3	52.0	3	65	19	53	30	3	3	61	1.31
38408136--38408193	16	3.5	16	83	11	73	29	1	0	68	0.99
38408646--38408699	22	2.7	20	82	11	65	31	7	3	57	1.44
38408745--38408817	27	2.7	26	83	12	87	34	6	5	53	1.51
38408843--38408881	20	1.9	20	89	5	60	28	0	5	66	1.12
38412046--38412535	242	2.0	243	94	0	856	25	26	11	36	1.90
38421087--38421139	22	2.4	22	90	0	79	39	1	18	39	1.62
38421116--38421229	30	3.9	29	87	6	151	38	1	18	41	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38421110--38421226	60	2.0	58	89	3	180	37	1	19	41	1.62
38421040--38421199	82	1.9	84	84	5	216	38	1	17	42	1.60
38421110--38421239	58	2.2	60	86	5	167	37	1	18	42	1.60
38421284--38421531	126	2.0	124	83	4	311	39	17	14	27	1.89
38424852--38424886	18	1.9	18	94	0	61	34	11	28	25	1.91
38426571--38426678	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
38432707--38432814	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
38436015--38436046	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
38437743--38437885	69	2.1	69	89	0	214	36	10	36	16	1.83
38441584--38441620	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
38442457--38442508	16	3.4	16	82	17	74	51	1	0	46	1.12
38442523--38442553	16	1.9	16	100	0	62	61	0	0	38	0.96
38442592--38442648	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
38442883--38442959	39	2.0	39	84	0	100	28	7	22	41	1.81
38446208--38446406	27	7.4	27	86	2	238	30	23	7	39	1.82
38446277--38446552	27	10.2	27	82	5	112	35	21	7	34	1.83
38446208--38446433	81	2.8	81	81	5	199	31	22	7	38	1.82
38446385--38446524	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
38446385--38446552	54	3.1	53	75	10	153	39	21	7	30	1.81
38446400--38446554	81	1.9	81	86	2	222	40	20	8	30	1.82
38446655--38446732	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
38447862--38447909	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38447957--38448012	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
38447946--38448012	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
38448062--38448181	23	5.1	23	92	4	204	28	21	20	29	1.98
38448061--38448188	24	5.4	23	91	3	193	28	21	21	28	1.99
38448061--38448181	47	2.6	47	97	0	224	28	21	20	28	1.98
38448395--38448455	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
38449841--38449903	31	2.1	30	87	3	90	23	23	14	38	1.92
38450097--38450262	24	7.0	24	84	4	203	26	20	23	29	1.99
38450097--38450262	71	2.3	70	84	9	226	26	20	23	29	1.99
38450097--38450262	47	3.5	48	84	4	203	26	20	23	29	1.99
38450320--38450372	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
38450312--38450378	20	3.3	20	89	0	107	34	20	10	34	1.87
38450312--38450368	11	5.5	11	74	16	59	35	19	10	35	1.86
38451617--38451704	26	3.3	26	81	12	81	23	20	19	36	1.95
38451735--38451786	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
38451822--38451950	27	4.8	27	85	2	170	30	8	20	40	1.83
38451743--38451991	27	9.1	27	79	6	137	32	8	20	38	1.82
38451822--38451975	81	1.9	81	82	0	191	32	7	21	38	1.82
38451941--38452075	27	5.0	27	85	3	182	42	8	20	28	1.82
38452032--38452113	38	2.2	38	81	0	92	40	8	28	23	1.83
38452071--38452134	27	2.4	27	94	0	110	35	7	29	26	1.85
38452142--38452231	27	3.3	27	82	3	110	32	10	16	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38452126--38452231	54	2.0	54	81	9	128	31	10	18	39	1.85
38452142--38452246	27	3.9	27	80	7	90	34	9	16	40	1.81
38467914--38467965	26	2.0	26	100	0	104	38	19	0	42	1.51
38468340--38468382	18	2.4	18	84	7	52	0	25	13	60	1.34
38468737--38468805	21	3.4	21	73	15	81	55	5	1	37	1.33
38471709--38472395	343	2.0	343	98	0	1338	29	15	21	33	1.94
38476197--38476363	43	3.9	42	79	6	124	30	13	24	31	1.93
38480814--38480867	18	3.1	18	89	2	83	14	24	48	12	1.79
38481247--38481291	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
38483498--38484926	712	2.0	711	96	0	2655	26	15	20	37	1.93
38491678--38491707	11	2.7	11	94	0	51	76	3	0	20	0.92
38498572--38498653	39	2.1	39	97	0	155	47	12	10	29	1.75
38506217--38506288	25	2.7	27	81	14	78	22	1	4	72	1.10
38506249--38506289	11	3.5	11	81	18	55	19	2	0	78	0.87
38511009--38511047	18	2.2	18	95	0	69	12	25	46	15	1.81
38513515--38513599	34	2.5	34	80	0	98	23	12	28	35	1.92
38514913--38514953	21	2.0	21	85	0	55	41	7	9	41	1.66
38516718--38516791	31	2.4	31	90	0	121	17	2	43	36	1.64
38522829--38523269	27	16.3	27	90	0	623	36	18	20	24	1.95
38523531--38523582	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
38523512--38523687	67	2.6	67	91	0	289	19	27	21	31	1.97
38523866--38523944	31	2.5	31	86	8	115	17	18	13	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38523866--38523953	6	14.3	6	71	21	67	18	18	14	48	1.81
38526142--38526176	18	1.9	18	88	0	52	57	11	0	31	1.34
38526128--38526179	27	1.9	27	84	0	68	61	11	0	26	1.30
38526894--38526965	36	2.1	35	85	10	96	27	16	5	50	1.68
38532807--38532933	64	2.0	64	92	3	211	39	11	16	32	1.85
38534061--38534121	20	2.9	21	76	16	72	11	4	4	78	1.06
38534067--38534108	18	2.3	18	84	8	50	11	4	4	78	1.06
38534061--38534124	23	3.0	22	76	19	73	14	4	4	76	1.11
38534663--38534703	20	2.0	20	86	13	57	12	9	7	70	1.33
38539780--38539814	18	1.9	18	88	0	52	57	11	0	31	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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