genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75434807--75434988	96	1.9	96	90	0	292	26	17	28	27	1.98
75434817--75435041	96	2.3	96	83	1	281	30	18	26	24	1.98
75441476--75441651	50	3.5	49	77	13	187	26	17	24	32	1.96
75441471--75441657	101	1.9	101	91	0	311	26	17	24	31	1.97
75447883--75447984	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
75449551--75449771	48	4.6	48	73	10	179	28	18	28	23	1.98
75449551--75449771	96	2.3	96	87	1	309	28	18	28	23	1.98
75458777--75458856	39	2.1	39	97	0	151	43	11	20	25	1.84
75459557--75459648	40	2.4	38	85	3	121	23	17	23	34	1.96
75459635--75459707	28	2.6	28	86	0	110	23	13	30	32	1.93
75461192--75461275	42	2.0	42	83	6	107	29	26	17	26	1.98
75468302--75468396	41	2.3	41	89	3	138	21	28	24	26	1.99
75468385--75468479	25	3.8	25	71	10	70	27	23	23	26	2.00
75472246--75472346	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
75474341--75474458	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
75474276--75474472	71	2.8	71	96	3	357	34	17	28	19	1.94
75482889--75482989	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
75490019--75490049	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
75492180--75492233	27	2.0	27	85	7	74	29	18	20	31	1.96
75500769--75500795	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
75507662--75507869	40	5.2	40	82	4	215	25	21	25	26	2.00
75515784--75515990	40	5.2	40	84	3	249	25	21	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75517485--75517533	21	2.5	20	90	9	82	51	4	20	24	1.65
75524245--75524411	40	4.2	40	84	2	194	23	26	22	26	2.00
75526910--75526938	14	2.1	14	100	0	58	17	41	6	34	1.76
75533334--75533595	46	5.6	47	78	11	256	23	30	19	27	1.98
75535208--75535263	27	2.1	27	100	0	112	17	39	10	32	1.84
75538469--75538501	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
75538467--75538501	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
75538553--75538589	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
75539581--75539605	8	3.1	8	100	0	50	52	12	12	24	1.72
75539620--75539645	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
75540822--75540856	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
75540982--75541041	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
75540995--75541169	25	7.0	25	70	13	110	56	4	6	32	1.46
75541022--75541084	26	2.4	25	84	5	72	58	6	4	30	1.43
75541049--75541090	22	1.9	22	90	0	66	61	7	2	28	1.35
75541018--75541236	50	4.4	49	73	10	151	56	4	5	33	1.43
75541715--75541800	30	2.9	30	96	0	154	17	5	50	26	1.69
75541735--75541790	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
75542433--75542682	87	2.8	88	83	5	301	35	18	17	28	1.94
75542470--75543138	91	7.6	88	72	10	455	38	17	16	27	1.91
75542687--75542719	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
75542942--75542974	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75542785--75543119	183	1.8	180	84	4	458	35	19	17	28	1.94
75543045--75543799	73	10.3	73	84	5	918	33	19	16	30	1.94
75543056--75543866	148	5.4	148	88	4	1053	33	19	16	30	1.94
75543969--75544013	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
75543797--75544085	100	2.9	101	90	3	442	39	19	17	23	1.92
75543993--75544158	73	2.3	74	89	1	244	33	19	18	28	1.95
75551232--75551266	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
75551384--75551443	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
75551397--75551631	25	9.5	25	70	13	121	56	4	6	33	1.44
75551399--75551631	48	4.7	49	73	12	156	56	4	6	33	1.44
75551586--75551637	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
75552119--75552150	12	2.4	14	90	10	50	21	3	50	25	1.64
75552127--75552208	30	2.7	30	96	0	146	17	6	50	26	1.69
75552143--75552198	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
75553019--75553043	13	1.9	13	100	0	50	32	0	24	44	1.54
75553016--75553094	39	2.0	39	82	4	97	36	6	20	36	1.78
75553052--75553086	13	2.7	13	86	0	52	34	8	17	40	1.80
75554108--75554185	24	3.2	24	84	10	113	69	20	3	6	1.27
75554105--75554204	49	2.1	46	87	5	146	68	23	3	6	1.26
75554105--75554203	24	4.2	23	83	12	112	67	23	3	6	1.27
75556732--75556767	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
75556740--75556771	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75565036--75565207	70	2.5	67	85	7	222	29	14	22	33	1.94
75565276--75565300	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
75565179--75565436	138	1.9	139	90	4	414	27	16	20	36	1.94
75565417--75565590	88	2.0	89	85	5	237	28	20	18	32	1.96
75565507--75566321	75	10.7	75	77	11	500	30	16	20	32	1.95
75565670--75566326	75	8.8	74	84	5	833	30	16	20	32	1.95
75565671--75566321	147	4.4	148	87	4	857	31	16	20	32	1.95
75565671--75566321	222	2.9	222	91	3	1013	31	16	20	32	1.95
75567191--75567283	26	3.6	25	91	8	152	70	21	3	4	1.18
75567839--75567871	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
75572730--75572765	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
75573424--75573458	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
75577747--75577866	63	1.9	63	89	3	188	27	12	21	38	1.90
75580084--75580112	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
75581452--75581502	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
75581568--75581595	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
75581595--75581622	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
75587132--75587165	4	8.5	4	86	0	50	32	0	17	50	1.47
75587165--75587193	14	2.1	14	100	0	58	20	0	0	79	0.74
75596039--75596073	18	1.9	18	88	0	52	42	2	34	20	1.66
75599709--75600003	51	5.9	51	87	5	388	29	23	20	26	1.99
75602674--75602894	46	4.8	43	77	12	185	28	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75602679--75602941	140	1.9	139	80	5	305	28	20	26	23	1.99
75608021--75608162	40	3.6	39	77	8	144	23	26	27	23	2.00
75608017--75608193	79	2.2	80	82	5	207	24	27	25	23	2.00
75616136--75616379	40	6.1	40	80	4	262	24	27	25	23	2.00
75622363--75622485	39	3.1	39	84	3	149	32	30	19	17	1.95
75622558--75622639	28	2.9	28	81	0	92	30	23	9	36	1.87
75638070--75638196	46	2.7	46	81	7	123	23	27	19	29	1.98
75640003--75640166	40	4.1	40	81	4	179	25	28	21	24	1.99
75647024--75647191	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
75647024--75647191	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
75653957--75654124	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
75653957--75654124	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
75661946--75662113	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
75661946--75662113	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
75671105--75671268	40	4.1	40	83	4	188	25	28	21	24	1.99
75671091--75671268	80	2.2	80	82	3	207	24	28	21	25	1.99
75689733--75690000	46	5.7	46	73	15	194	27	19	28	23	1.98
75689738--75690000	137	1.9	140	82	7	336	28	19	28	23	1.98
75694153--75694445	50	5.8	50	84	4	358	31	25	17	25	1.97
75694153--75694445	101	2.9	100	81	4	349	31	25	17	25	1.97
75696284--75696413	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
75701141--75701171	14	2.1	15	94	5	55	29	6	6	58	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75707270--75707330	22	2.8	22	79	0	68	31	18	14	36	1.91
75708433--75708465	16	2.1	16	88	5	50	48	0	45	6	1.27
75709802--75709891	45	2.0	45	97	0	171	27	6	21	44	1.77
75712178--75712347	92	1.8	93	94	1	306	27	30	21	20	1.98
75712170--75712349	46	3.9	46	80	11	224	27	30	21	21	1.98
75713799--75713880	43	1.9	43	87	0	119	24	15	17	42	1.88
75716127--75716215	39	2.3	39	88	0	133	33	28	2	35	1.70
75719547--75719581	16	2.2	16	90	10	54	28	11	8	51	1.67
75720124--75720175	15	3.5	15	89	2	79	11	3	17	67	1.36
75720391--75720490	31	3.4	30	76	4	87	44	3	20	33	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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