genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25231626--25231682	29	1.9	30	85	3	80	36	3	0	59	1.14
25237401--25237471	28	2.5	29	81	6	83	53	5	0	40	1.24
25238525--25238571	22	2.1	22	85	14	62	51	4	0	44	1.21
25243673--25243703	6	5.2	6	100	0	62	0	48	0	51	1.00
25246637--25246680	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
25249328--25249378	22	2.3	22	96	0	93	13	17	15	52	1.74
25255113--25256188	72	15.2	72	76	6	883	15	30	12	41	1.84
25255113--25256952	144	12.8	144	75	9	1196	15	30	12	41	1.84
25255115--25256771	216	7.7	216	73	12	668	15	30	12	41	1.84
25255707--25255826	60	2.0	60	96	0	222	20	27	14	38	1.91
25255638--25255885	132	1.9	132	87	1	363	17	29	12	39	1.87
25256208--25256952	72	10.4	72	78	6	645	14	29	13	42	1.84
25256212--25256764	141	3.9	141	81	7	584	15	31	12	40	1.84
25256859--25260398	117	30.0	117	73	12	2277	15	28	15	41	1.87
25256856--25258741	111	16.3	111	77	10	1614	15	28	15	41	1.87
25256859--25260395	234	15.0	234	79	9	3016	15	28	15	41	1.87
25257204--25260393	240	13.5	236	76	12	2039	15	28	14	41	1.86
25258640--25258862	105	2.1	107	86	6	308	15	29	14	40	1.87
25258918--25258943	6	4.3	6	100	0	52	15	34	15	34	1.89
25260520--25260577	24	2.4	24	80	8	64	1	22	18	56	1.50
25262797--25263040	126	1.9	126	91	0	398	38	15	17	28	1.90
25263394--25263478	14	6.1	14	81	8	102	62	2	0	35	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25263407--25263496	41	2.1	41	87	8	126	63	2	1	33	1.14
25263906--25263941	18	2.0	18	100	0	72	16	0	61	22	1.35
25263918--25264017	37	3.1	30	73	19	85	20	2	47	31	1.61
25263924--25263994	37	1.9	37	94	0	124	19	1	50	28	1.56
25275003--25275056	6	7.9	7	78	15	51	59	0	0	40	0.98
25275215--25275271	22	2.6	21	76	13	60	49	1	0	49	1.11
25275299--25275379	26	2.9	29	78	17	91	32	2	0	65	1.06
25275312--25275379	18	3.7	20	72	23	60	30	1	0	67	0.99
25275312--25275382	19	3.8	20	70	17	55	32	1	0	66	1.01
25276788--25276830	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
25286206--25286260	25	2.2	26	78	12	62	14	20	5	60	1.54
25290892--25290923	15	2.1	15	100	0	64	37	0	18	43	1.51
25296156--25296291	51	2.7	51	75	4	148	38	6	13	41	1.70
25305390--25305428	4	9.8	4	100	0	78	25	0	0	74	0.82
25321198--25321234	18	2.1	18	100	0	74	21	10	21	45	1.82
25322883--25323854	200	4.9	200	89	2	1289	20	29	18	30	1.97
25322883--25323854	395	2.4	393	87	3	1302	20	29	18	30	1.97
25322847--25323865	201	5.1	200	88	3	1288	20	29	18	30	1.97
25323714--25324168	161	2.8	162	87	3	641	21	31	20	26	1.98
25329397--25329464	16	4.3	15	85	7	91	41	5	25	27	1.78
25329393--25329464	32	2.3	32	88	7	103	41	5	25	27	1.77
25330347--25330380	13	2.6	13	90	0	50	44	2	0	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25330410--25330444	17	2.1	17	88	0	52	74	5	14	5	1.19
25331942--25332076	39	3.4	39	75	6	121	23	20	27	28	1.99
25337471--25337578	54	2.0	54	96	0	198	42	20	3	33	1.70
25340247--25340301	26	2.1	26	83	6	67	30	12	18	38	1.88
25342557--25342809	25	10.7	23	70	17	137	37	18	23	19	1.94
25342557--25342776	47	4.7	47	89	2	322	39	19	22	19	1.93
25343636--25343785	22	6.4	25	81	9	140	20	25	17	37	1.94
25343660--25343784	47	2.7	47	91	3	193	20	24	16	38	1.93
25345845--25345875	14	2.2	14	94	0	53	80	0	9	9	0.90
25350559--25350642	28	3.0	29	89	5	127	17	3	32	46	1.66
25350586--25350678	23	3.8	23	74	16	80	15	3	34	47	1.61
25350847--25350890	22	2.0	23	95	4	81	18	18	25	38	1.92
25361459--25361536	30	2.7	28	73	9	75	35	1	5	57	1.29
25365208--25365236	14	2.1	14	93	6	51	62	0	10	27	1.28
25365584--25365623	21	2.0	20	85	5	53	40	0	2	57	1.12
25371644--25371679	19	1.9	18	88	5	54	63	2	2	30	1.22
25373263--25373384	46	2.7	46	97	0	226	40	12	23	23	1.89
25375486--25375513	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25377758--25377865	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
25379464--25379604	27	5.2	27	81	11	173	18	24	22	34	1.96
25379461--25379604	54	2.7	54	93	2	236	18	24	22	34	1.96
25379477--25379622	27	5.4	26	75	19	104	20	24	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25379464--25379622	81	2.0	80	83	10	200	19	24	21	34	1.96
25381212--25381267	23	2.4	23	85	5	69	50	35	3	10	1.55
25381245--25381328	28	3.0	28	82	1	105	44	28	4	22	1.73
25384157--25384298	46	3.1	45	81	3	167	43	14	23	18	1.87
25387486--25387521	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
25388509--25388582	37	2.0	37	97	0	139	28	24	14	32	1.95
25391761--25391801	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
25391976--25392000	10	2.5	10	100	0	50	48	12	8	32	1.69
25393161--25393212	25	2.1	25	85	0	68	40	13	7	38	1.73
25396583--25396668	44	2.0	44	88	4	129	31	24	22	22	1.98
25397395--25397424	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
25397437--25397469	16	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
25398242--25398278	18	1.9	18	89	10	56	40	5	0	54	1.24
25400348--25400389	21	2.0	22	86	13	61	19	4	4	71	1.22
25401852--25401960	33	3.3	33	82	6	132	33	22	11	33	1.89
25405779--25405966	80	2.3	80	81	3	209	25	22	26	26	2.00
25405779--25405978	40	5.0	40	80	2	186	25	21	26	27	1.99
25412640--25412841	80	2.5	80	82	1	226	24	20	27	27	1.99
25412638--25412841	40	5.1	40	79	2	194	24	21	26	26	1.99
25413161--25413334	54	3.2	54	90	1	260	36	22	22	17	1.95
25413176--25413335	27	5.9	27	81	7	191	35	22	23	18	1.95
25414956--25415117	26	6.2	26	95	0	270	36	24	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25414956--25415117	78	2.1	78	97	0	306	36	24	5	33	1.79
25421036--25421149	33	3.5	33	83	7	142	32	23	11	32	1.90
25422389--25422450	21	2.8	23	73	4	65	38	25	19	16	1.92
25422831--25422870	15	2.7	14	85	11	53	52	12	0	35	1.39
25423180--25423297	51	2.3	51	88	2	166	25	22	11	40	1.88
25423736--25423774	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
25425618--25425704	27	3.2	27	86	0	75	33	21	9	35	1.85
25425629--25425730	27	3.8	27	88	1	143	30	21	8	39	1.84
25425616--25425758	54	2.7	54	80	1	153	34	20	9	35	1.85
25425723--25425955	27	8.7	26	79	5	223	40	21	9	29	1.83
25425723--25425957	81	2.9	81	88	1	312	40	21	8	29	1.83
25425723--25426065	27	12.7	27	74	8	205	39	20	9	30	1.84
25426099--25426190	27	3.4	27	83	8	116	34	19	26	19	1.96
25426992--25427141	26	5.8	26	89	0	230	28	22	22	27	1.99
25426992--25427141	52	2.9	52	94	1	266	28	22	22	27	1.99
25427286--25427377	42	2.2	42	90	0	139	28	14	21	35	1.92
25427401--25427479	31	2.5	31	93	0	131	30	16	25	27	1.97
25430882--25430906	7	3.6	7	100	0	50	56	0	12	32	1.36
25431245--25431402	37	4.3	37	81	4	176	17	13	31	37	1.89
25441370--25441424	24	2.3	24	93	0	92	54	7	12	25	1.63
25466649--25466684	16	2.4	16	90	9	58	75	2	0	22	0.94
25469488--25469531	20	2.2	20	84	8	54	36	2	9	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25469927--25469959	16	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
25473722--25473790	30	2.3	29	80	14	77	47	7	1	43	1.39
25474819--25474853	7	5.0	7	100	0	70	71	0	0	28	0.86
25478237--25478295	25	2.4	25	94	0	100	40	1	1	55	1.20
25491775--25491799	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25491902--25491946	19	2.4	18	78	7	54	57	4	2	35	1.31
25492889--25492949	31	2.0	31	96	0	113	37	4	6	50	1.50
25501714--25501753	2	20.5	2	89	5	64	47	0	0	52	1.00
25501819--25501852	9	3.8	9	84	0	50	64	0	14	20	1.28
25503665--25503704	19	2.1	19	100	0	80	37	0	15	47	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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