genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81153035--81153341	49	6.3	49	96	0	537	29	30	8	31	1.86
81155886--81156091	40	5.2	40	82	3	218	24	25	23	26	2.00
81155886--81156093	80	2.6	80	83	3	240	24	25	23	26	2.00
81168188--81168393	40	5.2	40	82	3	218	24	25	23	26	2.00
81168188--81168395	80	2.6	80	83	3	240	24	25	23	26	2.00
81173497--81173564	22	3.0	22	82	4	91	26	25	19	29	1.98
81173497--81173562	23	2.9	23	84	2	89	25	24	19	30	1.98
81179132--81179353	39	5.6	39	85	6	243	25	28	21	23	1.99
81179132--81179353	79	2.8	79	82	6	261	25	28	21	23	1.99
81179134--81179353	118	1.9	120	81	7	279	25	28	21	24	1.99
81187209--81187413	39	5.2	39	93	1	313	25	29	21	23	1.99
81187207--81187469	39	6.6	40	86	7	283	25	28	22	23	1.99
81191731--81191805	18	4.1	18	74	6	71	46	14	18	20	1.84
81192280--81192465	27	6.9	27	91	1	309	33	15	14	36	1.88
81192809--81192853	16	2.8	16	79	0	54	6	28	13	51	1.66
81196443--81196478	16	2.2	17	90	5	56	52	30	5	11	1.59
81197912--81197973	29	2.2	29	91	2	99	29	12	27	30	1.93
81199363--81199399	11	3.5	11	78	14	51	10	32	29	27	1.90
81199355--81199400	20	2.3	20	100	0	92	10	32	28	28	1.91
81199355--81199414	20	3.0	20	90	2	66	10	33	26	30	1.89
81200221--81200250	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
81202848--81203105	49	5.3	49	94	0	439	30	28	7	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81205138--81205236	41	2.4	41	79	11	105	25	23	25	26	2.00
81205967--81206247	40	7.1	40	93	0	429	25	28	20	24	1.99
81208569--81208777	49	4.3	49	96	1	377	30	29	7	33	1.85
81216518--81216561	16	2.8	16	85	0	52	52	11	20	15	1.74
81219579--81219625	19	2.5	19	86	3	60	27	17	36	19	1.93
81219698--81219809	28	4.0	28	77	10	120	29	13	29	27	1.94
81223599--81223638	18	2.2	18	86	8	55	45	15	12	27	1.82
81227372--81227415	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
81227518--81227555	13	2.9	13	81	14	51	81	2	15	0	0.80
81246332--81246450	39	3.1	39	92	1	195	24	30	24	21	1.99
81255937--81256156	111	2.0	110	89	3	334	35	11	20	31	1.88
81272828--81272879	27	2.0	26	84	3	68	17	26	19	36	1.94
81277279--81277336	30	1.9	30	85	0	80	31	12	27	29	1.92
81277673--81277891	46	4.7	47	76	8	157	27	21	30	21	1.98
81285017--81285146	40	3.2	40	83	4	165	23	24	28	23	2.00
81288766--81289015	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
81296941--81297150	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
81299931--81300060	40	3.2	40	83	4	165	23	24	28	23	2.00
81301800--81301851	25	2.0	27	92	7	90	50	5	13	30	1.65
81306081--81306161	32	2.5	32	80	4	92	22	34	22	20	1.97
81318901--81319166	27	9.8	27	79	7	171	32	22	8	36	1.85
81318966--81319098	55	2.4	54	80	8	162	38	19	9	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81318912--81319186	136	2.0	134	79	5	286	33	21	8	35	1.85
81319158--81319246	27	3.3	26	73	7	81	38	24	10	26	1.87
81319198--81319274	27	2.9	27	84	7	86	41	23	6	28	1.79
81318968--81319294	54	6.0	54	71	10	184	36	22	9	32	1.85
81319328--81319392	27	2.4	27	79	5	69	35	13	24	26	1.93
81320747--81320922	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
81320743--81320914	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
81323848--81323917	15	4.7	15	85	7	99	12	17	11	58	1.63
81323839--81323917	30	2.7	30	84	9	108	12	16	13	56	1.66
81326302--81326477	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
81326298--81326469	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
81328396--81328462	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
81328512--81328646	51	2.7	50	92	6	220	29	22	21	26	1.99
81328512--81328633	25	4.8	26	90	2	178	27	23	21	27	1.99
81328779--81328866	42	2.1	42	86	0	122	30	13	18	37	1.89
81328892--81328972	31	2.6	31	98	0	153	28	17	27	27	1.97
81331254--81331291	13	2.9	13	84	0	58	78	2	15	2	0.97
81331508--81331638	66	2.0	66	95	0	235	46	13	16	23	1.82
81336398--81336714	27	11.9	27	88	1	401	25	13	18	42	1.87
81336934--81337021	38	2.3	38	94	0	149	20	10	39	29	1.85
81337066--81337112	18	2.6	18	82	0	67	25	17	12	44	1.84
81345333--81345371	17	2.2	18	86	13	55	33	12	15	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81347003--81347131	44	3.0	43	84	6	179	25	15	27	31	1.96
81349520--81349669	40	3.8	39	81	3	133	24	28	22	26	1.99
81364361--81364524	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
81364361--81364558	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
81375028--81375168	40	3.5	40	80	3	149	29	22	26	21	1.99
81382618--81382785	40	4.2	40	78	3	158	26	22	25	26	2.00
81384711--81384826	27	4.2	28	82	5	112	35	21	24	18	1.96
81384711--81384826	55	2.1	56	82	7	139	35	21	24	18	1.96
81384935--81385024	28	3.2	28	93	0	153	31	6	25	36	1.82
81392569--81392658	27	3.2	27	82	4	99	33	22	23	21	1.97
81392779--81392855	28	2.8	28	100	0	154	28	7	24	38	1.83
81393102--81393133	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
81395952--81396020	33	2.1	33	97	0	129	34	23	14	27	1.94
81403618--81403893	40	6.9	40	94	0	453	19	23	30	25	1.98
81409726--81409830	38	2.8	38	79	5	106	30	20	23	25	1.98
81409858--81410133	40	6.9	40	96	0	480	18	24	31	25	1.98
81413241--81413404	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
81413241--81413438	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
81424459--81424662	40	5.1	40	82	4	223	25	21	26	26	2.00
81424459--81424662	80	2.5	80	83	3	248	25	21	26	26	2.00
81434083--81434187	28	3.8	28	97	0	201	28	7	23	40	1.82
81438114--81438299	40	4.7	40	87	3	223	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81438113--81438299	80	2.3	80	86	3	252	22	27	24	25	2.00
81438114--81438340	40	5.7	39	84	3	213	25	26	22	25	2.00
81438113--81438334	80	2.8	79	83	4	241	24	27	22	25	2.00
81438113--81438334	120	1.9	120	81	5	279	24	27	22	25	2.00
81445817--81446003	40	4.7	40	81	4	180	24	27	22	25	2.00
81445801--81446003	80	2.5	80	78	5	205	25	27	22	25	2.00
81445857--81446047	40	4.8	39	85	3	177	25	26	20	27	1.99
81449236--81449403	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
81449236--81449403	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
81462519--81462694	46	3.8	45	78	7	174	23	19	26	30	1.98
81464189--81464222	14	2.4	14	95	0	59	44	0	14	41	1.45
81468004--81468179	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
81468000--81468171	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
81469709--81469822	43	2.7	43	78	11	135	24	18	26	30	1.98
81475887--81476053	40	4.2	41	81	5	173	25	26	22	26	2.00
81475903--81476053	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
81476875--81476920	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
81478111--81478211	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
81486457--81486534	29	2.7	30	82	5	90	25	15	33	25	1.95
81494809--81494941	58	2.3	59	81	5	146	25	16	33	24	1.96
81494809--81494881	29	2.5	29	97	0	137	28	15	30	26	1.96
81494972--81494996	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81498513--81498572	29	2.1	29	87	6	86	38	5	25	31	1.77
81498987--81499112	46	2.7	46	95	0	216	22	21	26	30	1.99
81506488--81506612	46	2.7	46	93	1	207	21	21	27	29	1.99
81508326--81508391	32	2.1	32	85	0	87	21	37	19	21	1.94
81508363--81508412	23	2.2	23	96	0	91	18	32	22	28	1.97
81516447--81516495	6	7.8	6	77	8	53	73	2	22	2	1.04
81516447--81516495	13	3.9	12	86	7	53	73	2	22	2	1.04
81519837--81519951	40	2.9	40	82	7	137	24	25	23	26	2.00
81519795--81519986	80	2.4	80	81	3	208	23	26	23	26	2.00
81527836--81528024	40	4.8	39	74	12	136	23	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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