Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  199  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
22
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100
0
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0
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1.22
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100
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27
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2.1
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1.55
Indices
Period
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Number
Consensus
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Indels
Score
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59718855--59718904
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Indels
Score
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16
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17
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1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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76
7
5
9
1.14
59756711--59756762
23
2.3
23
93
3
88
76
7
5
9
1.14
59763249--59763296
14
3.4
14
88
0
69
18
29
6
45
1.74
59763621--59763687
30
2.2
30
89
5
100
26
13
29
29
1.94
59763634--59763699
30
2.2
30
81
10
73
25
13
34
25
1.93
59769943--59769981
19
2.1
19
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0
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59770041--59770087
10
4.8
10
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0
19
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1.41
59770037--59770081
11
4.4
11
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11
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28
0
15
55
1.41
59770041--59770087
20
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19
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3
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23
0
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1.41
59777276--59777329
19
3.0
17
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1.75
59777276--59777309
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1.66
59780418--59780527
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0
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5
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36
1.78
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27
5.2
27
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4
165
17
23
23
35
1.96
59782146--59782284
54
2.6
54
86
4
183
17
23
23
35
1.96
59785045--59785126
30
2.8
30
71
1
76
28
17
26
28
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59787349--59787431
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2.7
30
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9
80
13
20
1
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1.34
59787407--59787431
12
2.1
12
100
0
50
8
16
0
76
1.02
59787434--59787464
12
2.6
12
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0
53
29
16
9
45
1.79
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5
11.0
5
75
20
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1
17
3
77
1.00
59787512--59787568
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14
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1
17
3
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1.00
59787512--59787579
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21
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2
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4
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1.10
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12
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1.21
59788490--59788551
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12
4
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1.21
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2
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26
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1.97
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324
2.0
319
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2
1090
27
27
16
28
1.97
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3.3
15
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29
0
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1.55
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14
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14
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27
0
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1.57
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29
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14
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1.77
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15
3.3
15
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5
53
29
0
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43
1.55
59805496--59805539
14
3.1
14
74
6
52
27
0
34
38
1.57
59805496--59805555
29
2.1
29
93
0
102
28
0
30
41
1.56
59808791--59808847
30
2.0
28
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78
14
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1.58
59812885--59812932
20
2.4
20
75
0
60
20
29
18
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59814387--59814457
12
5.6
12
83
9
88
71
5
5
16
1.24
59814387--59814457
13
5.5
13
81
5
81
71
5
5
16
1.24
59815370--59815426
11
5.5
10
73
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1
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3
1.00
59815370--59815426
5
11.0
5
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1
17
3
1.00
59815370--59815426
16
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14
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17
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17
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1.00
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12
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0
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0
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18
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1.27
59815495--59815576
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1.98
59819903--59819959
27
2.1
27
96
0
105
24
10
28
36
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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