genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37415828--37415955	41	3.1	42	89	2	195	28	22	18	30	1.98
37416463--37416554	43	2.1	44	84	6	116	25	26	21	27	2.00
37428629--37428727	3	35.0	3	69	9	57	65	2	6	26	1.26
37428629--37428727	11	9.6	10	73	17	53	65	2	6	26	1.26
37428669--37428706	19	2.0	19	94	0	67	73	2	2	21	1.07
37429432--37429488	3	19.0	3	96	0	105	68	0	0	31	0.90
37431537--37431587	15	3.4	15	76	15	52	25	33	5	35	1.80
37443112--37443154	13	3.5	13	81	9	54	9	0	9	81	0.88
37443369--37444209	177	4.8	175	81	6	898	28	22	17	31	1.97
37444103--37444371	147	1.8	147	88	1	414	29	24	15	30	1.96
37444322--37444578	133	1.9	133	89	1	399	27	26	17	28	1.98
37444810--37444969	64	2.4	67	81	7	195	43	12	16	28	1.84
37445972--37446024	14	3.8	13	80	11	52	11	3	3	81	0.96
37445955--37446018	21	3.2	20	75	16	60	10	4	4	79	1.02
37445974--37446046	35	2.1	34	82	12	87	12	8	2	76	1.10
37455599--37455642	13	3.4	13	77	0	52	36	22	2	38	1.67
37455725--37455860	46	3.0	46	85	2	175	22	22	14	40	1.90
37456164--37456366	23	8.6	24	65	13	73	34	22	25	16	1.95
37456251--37456366	23	5.0	23	70	12	92	31	23	27	17	1.97
37458824--37458874	13	3.8	13	72	12	50	1	31	0	66	1.03
37461494--37461565	29	2.5	27	72	18	65	45	4	0	50	1.21
37464829--37464943	51	2.3	50	90	1	176	60	2	13	22	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37464850--37464939	26	3.4	27	66	10	78	57	3	15	23	1.53
37464925--37464967	13	3.0	14	80	12	52	69	6	2	20	1.23
37464829--37464971	51	2.8	51	84	6	121	61	4	11	22	1.47
37466082--37466127	17	2.7	17	80	9	58	10	0	13	76	1.03
37483244--37483295	25	2.1	25	100	0	104	7	15	26	50	1.71
37483703--37484410	143	5.0	142	86	2	911	27	21	20	30	1.98
37483687--37484410	285	2.5	286	87	2	1021	28	21	20	30	1.98
37484700--37484761	30	2.1	30	96	0	115	33	19	11	35	1.87
37485010--37485133	65	1.9	65	90	3	196	51	8	19	20	1.72
37485588--37485694	12	8.9	12	74	15	87	2	14	1	81	0.89
37485587--37485685	7	13.7	7	71	26	66	2	15	2	80	0.89
37485589--37485696	20	5.4	22	74	14	76	3	13	1	80	0.93
37485587--37485685	15	6.8	15	68	26	70	2	15	2	80	0.89
37494007--37494044	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
37495591--37495629	8	4.9	8	90	0	60	48	23	23	5	1.70
37496006--37496040	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
37500145--37500292	39	3.7	39	82	5	179	35	27	13	24	1.93
37502406--37502451	20	2.3	20	96	0	83	13	32	23	30	1.93
37503861--37503942	3	27.3	3	100	0	164	67	0	0	32	0.91
37504802--37504863	30	2.0	31	82	14	76	62	0	16	20	1.32
37508616--37508753	68	2.0	68	88	2	206	27	18	31	22	1.97
37511127--37511155	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37514636--37514681	15	2.9	16	84	9	58	45	2	0	52	1.13
37516751--37516813	31	2.1	31	87	3	92	61	11	3	23	1.43
37518685--37518741	28	2.1	27	87	6	80	70	3	21	5	1.22
37521501--37521620	64	1.9	64	85	0	168	21	20	23	35	1.96
37521501--37521648	64	2.3	64	82	0	161	18	23	23	33	1.97
37535834--37535891	6	9.7	6	98	0	107	51	17	17	13	1.76
37539251--37539276	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
37544448--37544593	42	3.5	42	80	1	150	19	21	16	43	1.88
37549879--37549998	24	5.0	24	69	10	93	18	22	20	38	1.93
37549772--37549998	73	3.1	72	77	9	183	18	22	20	38	1.94
37556697--37556776	31	2.5	31	84	6	99	23	25	17	33	1.96
37556991--37557133	23	6.1	23	92	0	214	32	20	19	27	1.97
37557180--37557250	20	3.5	20	92	0	115	32	19	11	36	1.87
37557287--37557334	25	1.9	25	82	0	60	27	16	22	33	1.96
37558622--37558847	27	8.3	27	75	6	107	31	8	20	39	1.82
37558799--37558979	27	6.8	27	85	3	226	39	8	23	28	1.83
37565634--37565753	42	2.8	42	78	9	129	19	22	15	42	1.89
37565596--37565766	42	4.1	42	71	14	111	19	23	14	42	1.88
37568302--37568413	56	2.0	56	98	0	215	29	30	9	30	1.89
37574290--37574348	30	2.0	31	93	6	104	18	38	0	42	1.51
37574339--37574389	5	10.6	5	89	8	79	15	62	0	21	1.32
37574354--37574400	13	3.5	13	82	8	51	19	63	0	17	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37575893--37575942	10	5.0	10	81	13	59	24	8	0	68	1.16
37579645--37579704	10	6.4	9	76	19	61	21	3	0	75	0.95
37579648--37579703	19	2.9	19	80	15	71	21	3	0	75	0.96
37580792--37580966	96	1.8	97	90	3	282	28	16	25	30	1.96
37582332--37582408	31	2.5	31	95	0	136	20	27	18	33	1.96
37582613--37582720	24	4.4	25	78	9	105	25	23	21	30	1.99
37582768--37582815	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
37584021--37584068	20	2.4	20	96	0	87	50	10	14	25	1.74
37586548--37586726	99	1.8	99	80	4	218	27	16	24	31	1.96
37593902--37593951	25	2.0	25	96	0	91	34	28	22	16	1.95
37601143--37601173	14	2.2	14	100	0	62	29	45	19	6	1.75
37602278--37602310	6	5.5	6	92	0	57	66	12	0	21	1.23
37604222--37604256	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
37605436--37605551	30	3.9	30	83	4	121	43	1	22	31	1.63
37605549--37605583	16	2.2	16	89	0	52	22	0	2	74	0.95
37608701--37608734	10	3.5	10	84	8	52	61	2	0	35	1.11
37610920--37610973	25	2.1	26	86	3	74	48	0	3	48	1.19
37611020--37611108	13	6.5	13	69	15	56	55	0	0	44	0.99
37611038--37611072	16	2.1	17	94	5	63	65	0	0	34	0.93
37614351--37614416	27	2.4	27	92	0	105	39	16	10	33	1.83
37614327--37614425	27	3.7	27	81	8	96	41	19	9	30	1.82
37614430--37614549	54	2.2	53	86	4	161	30	20	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37614425--37614551	27	4.7	27	85	8	145	29	23	7	40	1.81
37614529--37614668	54	2.6	54	85	4	192	40	22	7	30	1.81
37614502--37614781	54	5.2	53	73	11	181	37	20	8	32	1.84
37614544--37614698	81	1.9	81	86	5	224	40	20	8	30	1.82
37614529--37614781	27	9.3	27	77	5	152	39	20	8	31	1.83
37614799--37614876	27	2.9	27	79	11	97	34	21	21	21	1.97
37616035--37616082	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
37616121--37616177	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
37616119--37616189	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
37616130--37616184	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
37616236--37616353	25	4.8	25	94	3	197	27	21	22	27	1.99
37616551--37616614	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
37622398--37622500	37	2.8	37	92	0	161	23	33	21	22	1.98
37622641--37623074	48	9.0	48	93	2	728	31	27	5	35	1.81
37625812--37625842	6	5.0	6	92	7	53	51	16	16	16	1.77
37625811--37625842	13	2.5	13	95	5	57	53	15	15	15	1.74
37626606--37626643	18	2.2	18	86	9	53	68	5	15	10	1.36
37644877--37644930	19	2.8	20	84	13	62	57	0	5	37	1.22
37647763--37647833	25	2.7	25	74	10	63	1	22	0	76	0.87
37657685--37657744	27	2.3	26	88	5	93	68	11	13	6	1.39
37658560--37658621	27	2.3	26	78	8	70	51	12	0	35	1.40
37667170--37667212	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37675170--37675235	33	2.0	33	96	0	123	42	13	12	31	1.81
37675615--37675677	23	2.7	23	92	4	101	36	4	14	44	1.66
37679682--37679714	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
37688086--37688111	13	2.0	13	100	0	52	7	0	53	38	1.30
37688358--37688451	30	3.1	30	86	3	127	12	15	39	31	1.86
37688949--37688980	7	4.6	7	92	0	55	56	12	3	28	1.51
37698047--37698080	17	1.9	18	88	5	52	44	5	0	50	1.26
37699145--37699178	17	1.9	18	94	5	61	67	0	2	29	1.05
37699774--37699832	23	2.7	23	80	12	61	49	3	5	42	1.41
37700105--37700132	7	4.0	7	100	0	56	42	0	14	42	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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