genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33334711--33335066	44	8.0	44	65	12	113	31	15	25	27	1.96
33334827--33335025	88	2.3	88	89	0	301	27	15	26	31	1.96
33335032--33335169	44	3.1	43	68	12	118	29	19	27	23	1.98
33335038--33335241	88	2.3	88	90	0	318	29	21	25	24	1.99
33335048--33335263	88	2.5	88	87	1	308	30	20	25	23	1.99
33340784--33340881	19	5.2	19	87	7	146	36	11	16	35	1.84
33340784--33340881	36	2.6	37	87	9	135	36	11	16	35	1.84
33344826--33344875	25	2.0	25	100	0	100	44	8	20	28	1.79
33346513--33346580	1	68.0	1	73	0	55	86	0	11	1	0.63
33346515--33346580	27	2.5	27	87	2	98	86	0	12	1	0.64
33346513--33346580	19	3.6	20	78	9	81	86	0	11	1	0.63
33347536--33347637	44	2.3	44	89	1	152	29	19	21	29	1.98
33347695--33348706	220	4.6	220	91	1	1537	33	17	21	27	1.96
33348475--33348657	87	2.1	89	82	10	216	33	18	21	26	1.96
33349035--33349110	19	3.8	19	84	8	98	34	10	18	36	1.85
33355370--33355441	28	2.7	26	78	15	76	31	0	1	66	1.00
33355390--33355442	22	2.4	22	78	15	63	33	0	1	64	1.05
33355393--33355454	26	2.3	26	78	15	65	33	3	1	61	1.22
33355480--33355522	12	3.4	12	83	6	50	39	2	0	58	1.11
33355502--33355528	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
33366695--33366760	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
33367718--33367804	43	2.0	43	90	0	138	28	11	31	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33367761--33367978	87	2.5	87	91	0	346	27	14	27	30	1.95
33367836--33368229	213	1.8	213	81	3	488	30	17	24	27	1.97
33385540--33385572	16	2.1	16	88	11	50	63	6	21	9	1.45
33396955--33397630	334	2.0	334	95	0	1226	34	20	11	32	1.89
33399992--33400065	27	2.7	27	82	0	94	27	29	24	18	1.98
33400461--33400524	30	2.1	30	85	5	85	46	14	1	37	1.53
33402648--33402694	18	2.5	19	80	13	53	61	6	0	31	1.21
33408171--33408201	9	3.4	9	100	0	62	41	0	0	58	0.98
33411533--33411557	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
33415597--33415631	18	1.9	18	94	0	61	37	0	0	62	0.95
33415597--33415640	18	2.2	22	84	15	60	34	0	2	63	1.07
33416088--33416136	25	2.0	25	83	0	62	57	18	4	20	1.57
33419658--33419932	46	6.0	46	93	0	433	40	15	22	22	1.91
33424084--33424135	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
33428482--33428534	24	2.2	24	93	0	88	37	1	9	50	1.46
33428489--33428545	24	2.4	24	88	5	80	36	3	10	49	1.55
33428935--33428978	22	2.0	23	86	13	65	36	20	2	40	1.65
33429286--33429312	13	2.1	13	100	0	54	55	29	0	14	1.40
33431658--33431711	14	3.7	14	71	9	54	31	5	1	61	1.30
33433649--33433688	21	1.9	21	84	0	53	15	7	7	70	1.33
33447154--33447195	18	2.3	19	83	4	50	19	7	19	54	1.66
33448813--33448861	25	2.0	25	83	0	62	34	18	16	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33448994--33449050	25	2.3	25	84	0	78	31	24	21	22	1.98
33453518--33453618	44	2.3	44	85	0	139	35	18	19	25	1.95
33453518--33453648	44	3.0	44	82	3	138	34	19	19	25	1.96
33454014--33454041	13	2.2	13	100	0	56	50	28	0	21	1.49
33454387--33454425	10	4.1	10	87	6	55	2	23	0	74	0.94
33455876--33455903	13	2.2	13	100	0	56	78	7	14	0	0.95
33456683--33456722	2	20.5	2	84	5	55	52	0	0	47	1.00
33456722--33456769	2	24.0	2	95	0	87	2	0	47	50	1.12
33456925--33456981	15	3.9	15	81	2	71	35	1	10	52	1.46
33456921--33456979	30	2.0	28	90	6	91	32	1	10	55	1.43
33457281--33457355	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
33457516--33457556	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
33458691--33458751	22	2.7	21	80	12	68	14	4	8	72	1.26
33459720--33459792	23	3.2	23	80	1	94	43	41	2	12	1.56
33462474--33462498	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
33469240--33469264	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
33471471--33471505	16	2.3	16	90	9	56	48	0	2	48	1.16
33474364--33474393	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
33474785--33474854	31	2.3	31	85	2	88	47	24	8	20	1.78
33474860--33474935	30	2.5	30	82	0	98	35	21	7	35	1.82
33476301--33476389	45	1.9	46	86	13	130	37	3	50	8	1.51
33482503--33482529	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33482608--33482656	22	2.2	23	92	3	82	59	12	2	26	1.44
33483246--33483276	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
33484293--33484320	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
33486914--33487055	3	47.7	3	77	9	121	59	2	5	31	1.35
33487456--33487510	3	18.3	3	85	7	76	63	0	3	32	1.12
33487475--33487557	26	3.2	24	77	11	76	59	3	9	27	1.46
33490280--33490321	21	2.0	21	85	0	57	26	14	2	57	1.50
33490347--33490417	30	2.4	28	80	15	81	25	16	5	52	1.66
33491955--33492082	42	3.0	42	85	3	159	28	25	13	32	1.93
33492137--33492285	31	4.8	31	82	3	192	27	25	18	28	1.98
33492261--33492389	50	2.5	51	89	2	197	25	24	15	34	1.94
33492375--33492444	34	2.1	34	97	0	131	21	27	12	38	1.90
33500280--33500309	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
33520123--33520160	17	2.2	18	85	4	51	65	13	0	21	1.26
33529175--33529402	3	76.3	3	83	7	270	31	4	0	64	1.13
33531089--33531165	38	2.0	38	94	0	136	36	16	16	29	1.92
33533523--33533555	16	2.1	16	88	11	50	60	12	6	21	1.53
33534786--33534815	15	1.9	16	93	6	53	10	3	33	53	1.51
33535187--33536141	205	4.7	205	93	0	1522	29	23	17	29	1.97
33539240--33539311	37	2.0	36	86	5	101	34	13	20	30	1.92
33546621--33546708	35	2.5	35	98	0	167	28	7	28	35	1.85
33548307--33548377	36	2.0	36	88	2	108	33	14	21	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33552168--33552208	19	2.2	19	100	0	82	34	21	24	19	1.97
33552259--33552424	24	7.0	24	83	4	203	27	19	22	30	1.98
33552259--33552424	47	3.5	48	84	7	187	27	19	22	30	1.98
33552476--33552540	20	3.2	20	88	0	94	30	21	13	33	1.92
33552577--33552624	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
33560346--33560511	24	7.0	24	89	5	241	27	21	21	28	1.99
33560367--33560510	47	3.1	47	91	6	229	28	20	21	29	1.98
33560561--33560627	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
33560561--33560614	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
33567220--33567252	16	2.1	16	88	11	50	60	12	6	21	1.53
33568011--33568041	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
33572419--33572444	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
33580000--33580060	27	2.3	27	94	0	104	36	11	9	42	1.74
33580453--33580490	3	12.7	3	88	0	58	63	0	0	36	0.95
33580449--33580483	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
33583973--33584035	31	2.0	31	96	0	117	38	9	4	47	1.57
33598410--33598460	7	7.3	7	100	0	102	15	54	0	29	1.41
33610893--33610954	32	1.9	32	96	0	115	33	20	9	35	1.86
33615293--33615362	3	23.0	3	85	8	97	30	4	0	65	1.11
33615505--33615561	3	18.7	3	85	3	78	31	3	0	64	1.10
33615533--33615634	37	2.9	35	74	10	91	22	8	3	64	1.38
33618575--33619041	42	11.1	42	88	1	643	20	17	24	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33619828--33620115	145	2.0	144	84	7	375	46	5	7	40	1.54
33629414--33629449	19	1.9	18	88	5	54	63	0	2	33	1.08
33631668--33631705	17	2.2	18	85	4	51	65	15	0	18	1.27
33634018--33634071	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
33634295--33634380	29	3.0	27	72	24	79	63	2	5	27	1.29
33634295--33634333	15	2.7	15	92	4	62	64	0	5	30	1.15
33634895--33634959	6	12.0	5	81	12	51	72	1	6	20	1.14
33634905--33634959	6	9.8	6	83	11	55	72	1	7	18	1.16
33634895--33634959	10	6.5	10	77	20	57	72	1	6	20	1.14
33634895--33634959	21	3.0	21	76	17	69	72	1	6	20	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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