genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58336322--58336490	25	7.0	24	88	9	213	28	20	22	27	1.99
58336684--58336744	31	2.0	31	90	0	95	34	14	24	26	1.94
58339376--58339628	68	3.9	63	77	12	194	31	16	27	24	1.96
58342172--58342249	25	3.2	25	66	23	76	28	8	32	30	1.88
58342171--58342553	47	8.1	47	90	2	559	32	11	29	26	1.92
58342527--58342617	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
58342767--58342875	37	2.9	37	91	0	173	23	19	31	25	1.98
58345379--58345572	50	3.9	49	80	6	203	27	28	19	25	1.98
58345390--58345576	101	1.9	99	85	4	259	27	28	18	25	1.98
58348566--58348696	65	2.0	65	96	0	244	42	17	14	25	1.87
58348699--58348755	26	2.2	26	83	3	69	24	19	17	38	1.93
58355513--58355679	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
58363520--58363687	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
58366215--58366259	11	4.0	11	81	13	56	42	0	0	57	0.98
58366248--58366279	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
58366279--58366337	28	2.2	28	85	8	79	47	18	1	32	1.59
58366553--58366580	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
58367154--58367187	14	2.4	14	90	9	52	44	23	0	32	1.54
58367352--58367489	41	3.4	41	92	3	226	19	22	22	35	1.96
58367351--58367529	41	4.4	41	86	6	195	18	21	22	36	1.95
58367673--58367858	92	2.0	92	100	0	372	32	6	20	40	1.78
58368501--58368673	46	3.7	46	73	13	174	22	21	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58368498--58368668	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
58376032--58376102	6	11.8	6	80	16	85	50	14	15	19	1.77
58376032--58376099	24	2.8	24	86	8	111	50	14	16	19	1.79
58376037--58376124	18	4.8	18	73	13	81	48	14	17	19	1.81
58376254--58376318	27	2.4	27	82	5	69	35	18	24	21	1.96
58376483--58376541	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
58376603--58376685	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
58376884--58377071	27	7.0	27	86	0	241	25	20	19	35	1.95
58377088--58377655	27	21.0	27	85	2	647	40	8	22	28	1.83
58379569--58379775	40	5.2	39	82	1	216	25	26	22	25	2.00
58387526--58387733	40	5.2	39	81	2	209	25	26	22	25	2.00
58387526--58387731	80	2.6	81	81	7	233	25	27	22	24	2.00
58392296--58392374	26	2.9	26	72	7	68	37	16	15	30	1.89
58394267--58394330	33	2.0	33	84	9	87	34	26	14	25	1.94
58394637--58394694	26	2.2	26	81	3	62	25	18	17	37	1.93
58402287--58402318	17	1.9	17	93	6	57	0	21	0	78	0.76
58406449--58406483	13	2.8	13	91	4	54	34	0	0	65	0.93
58411873--58412042	46	3.7	46	76	4	189	30	28	19	21	1.97
58419743--58419924	40	4.6	40	92	2	296	23	23	26	27	2.00
58426203--58426250	25	1.9	25	91	0	78	31	27	14	27	1.95
58426293--58426331	10	3.8	10	93	6	69	30	20	17	30	1.96
58426376--58426445	25	2.9	24	87	4	95	28	25	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58426402--58426458	24	2.4	23	77	11	62	35	21	19	24	1.96
58434141--58434191	25	2.0	25	92	0	84	31	23	19	25	1.98
58434230--58434269	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
58434256--58434295	18	2.2	18	100	0	80	35	15	10	40	1.80
58434231--58434269	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
58434332--58434401	25	2.9	24	87	4	104	27	27	20	25	1.99
58449987--58450057	36	2.0	36	85	0	97	28	14	28	29	1.95
58450277--58450316	21	1.9	21	85	10	55	32	12	12	42	1.80
58453273--58453419	72	2.1	70	88	3	222	38	21	9	30	1.86
58457811--58457888	34	2.3	34	80	8	97	26	24	25	23	2.00
58471063--58471149	37	2.3	36	92	5	138	27	33	18	20	1.96
58471218--58471565	49	7.1	49	91	1	536	29	29	8	31	1.88
58475452--58475673	40	5.6	40	90	1	340	23	22	25	28	1.99
58477554--58477751	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
58477620--58477737	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58477588--58477751	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58485123--58485320	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
58485189--58485306	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58485157--58485320	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58487049--58487166	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58487017--58487180	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58494543--58494740	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58494609--58494726	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58494577--58494740	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58507148--58507293	75	1.9	75	84	0	193	26	19	24	29	1.99
58507502--58507549	24	2.0	24	95	0	87	50	8	6	35	1.58
58509024--58509058	18	1.9	18	94	0	61	57	14	14	14	1.66
58516503--58516545	20	2.2	20	83	8	52	46	6	6	39	1.58
58516853--58516955	23	4.5	23	78	14	106	28	22	15	33	1.94
58516853--58516954	45	2.2	46	81	11	120	28	22	14	34	1.94
58519473--58519636	46	3.5	46	79	9	138	26	19	29	23	1.98
58519519--58519673	46	3.4	46	76	14	133	26	19	30	23	1.98
58521529--58521639	23	4.8	23	71	13	84	34	24	25	16	1.95
58521529--58521660	71	1.9	71	90	0	210	34	22	24	18	1.97
58523788--58523866	8	11.6	7	70	24	62	69	0	2	27	1.01
58523790--58523869	3	28.3	3	76	16	82	70	0	2	27	1.01
58523796--58523865	11	6.5	11	88	6	108	70	0	2	27	1.02
58523789--58523857	14	4.9	14	77	21	72	69	0	2	27	1.02
58523804--58523867	31	2.1	31	96	0	119	73	0	1	25	0.92
58523839--58523914	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
58524481--58524571	41	2.2	42	92	1	125	23	23	39	14	1.91
58530650--58530899	40	6.3	41	87	2	291	27	27	22	23	1.99
58537574--58537797	24	9.3	24	91	1	333	31	21	19	27	1.97
58545640--58545787	23	6.2	24	74	12	83	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58545650--58545776	45	2.7	46	82	10	134	25	22	19	32	1.98
58545979--58546031	20	2.6	20	80	14	56	39	7	9	43	1.65
58546022--58546060	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
58547946--58547989	21	2.1	21	83	8	54	40	0	13	45	1.44
58561613--58561644	16	2.0	16	93	0	55	56	0	9	34	1.32
58561682--58561722	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
58564091--58564132	18	2.3	18	80	8	50	52	9	0	38	1.34
58564084--58564127	19	2.3	20	81	14	58	52	9	0	38	1.33
58565477--58565510	15	2.3	15	89	0	50	44	41	2	11	1.56
58566229--58566338	43	2.6	42	75	5	123	26	23	17	32	1.96
58567356--58567394	20	2.0	20	90	5	62	33	0	5	61	1.18
58567703--58567775	9	8.6	9	71	25	61	24	0	19	56	1.42
58567722--58567775	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
58569561--58569614	7	7.6	7	78	12	56	38	1	1	57	1.20
58570278--58570427	75	2.0	75	82	2	185	42	21	8	28	1.81
58582141--58582207	14	4.7	14	92	3	107	35	8	19	35	1.83
58582141--58582207	29	2.4	28	94	2	116	35	8	19	35	1.83
58582298--58582348	16	3.6	16	68	29	51	49	0	0	50	1.00
58583764--58583805	21	2.0	21	86	9	59	52	16	0	30	1.44
58583774--58583839	25	3.0	21	75	16	78	54	15	1	28	1.50
58583813--58583873	32	1.9	32	86	0	86	57	16	1	24	1.48
58589463--58589493	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58594327--58594407	40	2.0	40	95	0	144	41	11	27	19	1.85
58595787--58595833	23	2.0	23	100	0	94	40	4	34	21	1.73
58597348--58597395	21	2.2	21	77	3	51	58	4	8	29	1.46
58601348--58601382	8	4.4	8	92	0	52	68	0	0	31	0.90
58613812--58613983	46	3.7	46	75	13	165	21	19	27	31	1.97
58613809--58613978	92	1.8	93	87	3	254	21	19	28	31	1.97
58623750--58623774	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
58624475--58624842	48	7.8	46	78	8	298	26	18	30	24	1.98
58630007--58630074	30	2.3	30	85	7	86	39	14	11	33	1.83
58631427--58631459	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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