genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28890078--28890205	18	6.8	18	78	7	121	32	0	19	46	1.55
28890078--28890205	39	3.4	38	75	17	122	32	0	19	46	1.55
28890093--28890205	9	12.2	9	77	8	111	31	0	20	46	1.57
28890082--28890205	57	2.2	57	88	0	176	31	0	20	47	1.56
28890894--28890922	10	2.9	10	100	0	58	31	20	0	48	1.50
28891111--28891442	183	1.8	183	97	0	637	42	14	16	27	1.86
28892452--28892748	148	2.0	148	97	0	558	35	16	14	33	1.89
28894767--28894924	86	1.8	86	83	2	210	29	20	12	37	1.90
28895796--28895852	27	2.1	28	83	9	73	38	36	0	24	1.56
28895938--28895980	14	2.9	15	79	6	61	46	27	0	25	1.53
28895938--28895985	14	3.4	14	82	2	60	47	25	0	27	1.52
28896143--28896326	41	4.5	41	86	5	239	22	23	20	33	1.97
28896142--28896348	41	5.1	42	83	8	223	20	23	20	35	1.96
28904500--28904540	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
28908988--28909026	7	5.4	7	84	6	51	33	0	17	48	1.48
28911504--28911564	26	2.3	26	80	5	70	36	3	3	57	1.31
28911832--28911875	16	2.8	16	78	0	52	72	2	0	25	0.96
28911823--28911866	22	2.0	23	86	4	63	70	0	2	27	0.99
28924734--28924792	25	2.4	24	81	10	66	67	5	0	27	1.11
28925862--28925941	31	2.6	30	84	5	106	22	16	15	46	1.84
28930449--28930478	12	2.5	12	94	0	51	30	43	16	10	1.81
28932670--28932725	27	2.1	26	86	3	76	19	25	35	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28932734--28932794	27	2.3	27	97	0	113	9	37	22	29	1.87
28932726--28932800	27	3.0	24	83	11	96	12	40	20	28	1.87
28932953--28932990	3	12.3	3	88	5	58	65	0	31	2	1.06
28932943--28932981	19	2.1	18	86	13	53	64	0	35	0	0.94
28933122--28933158	19	2.0	19	89	5	58	16	0	16	67	1.23
28934486--28934515	14	2.1	14	93	0	51	63	0	10	26	1.26
28934521--28934560	14	2.9	14	88	0	62	72	0	2	25	0.97
28934850--28934899	15	3.4	16	76	18	63	64	0	6	30	1.18
28936123--28936610	135	3.6	134	89	2	730	26	22	20	30	1.98
28936123--28936607	268	1.8	268	89	2	758	27	22	20	30	1.98
28939688--28939766	33	2.4	33	85	4	97	20	44	8	26	1.80
28941284--28941369	18	4.7	18	80	1	73	39	12	10	37	1.78
28941284--28941372	36	2.4	37	79	1	108	38	13	11	37	1.81
28941491--28941597	47	2.3	47	90	0	160	41	21	19	17	1.91
28941483--28941603	47	2.4	51	77	13	151	42	20	19	17	1.90
28941773--28941809	20	1.9	20	94	5	67	37	2	0	59	1.12
28942321--28942354	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
28942350--28942381	15	2.0	17	88	11	50	50	3	3	43	1.33
28946451--28946499	14	3.5	14	81	13	57	28	2	24	44	1.65
28950663--28951149	241	2.0	241	96	0	893	34	18	13	33	1.90
28951330--28951496	9	17.6	9	75	10	145	46	21	1	31	1.59
28951347--28951463	39	3.0	39	97	0	216	45	22	0	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28951386--28951494	57	1.9	57	90	0	173	44	23	1	29	1.64
28951330--28951481	39	4.1	37	88	6	193	46	21	1	30	1.60
28951341--28951496	48	3.3	47	79	3	177	44	22	1	31	1.61
28957338--28957626	43	6.8	42	78	8	255	29	19	20	31	1.97
28957422--28957627	86	2.4	86	89	3	299	26	19	21	32	1.97
28958545--28958602	27	2.1	27	90	0	89	25	24	27	22	2.00
28966359--28966449	35	2.6	35	98	0	173	28	9	27	34	1.89
28966370--28966486	40	3.1	39	83	10	129	31	11	24	32	1.90
28966359--28966529	75	2.4	75	82	7	194	32	11	23	32	1.91
28970517--28970575	25	2.4	25	85	5	75	25	20	3	50	1.63
28973052--28973504	46	9.8	46	89	0	593	41	14	23	20	1.89
28973060--28973504	139	3.2	138	88	2	640	41	14	23	20	1.89
28973052--28973504	185	2.4	185	90	1	692	41	14	23	20	1.89
28978751--28978796	24	2.0	23	86	4	65	34	26	23	15	1.94
28980243--28980277	11	3.3	10	88	11	52	77	0	0	22	0.78
28981275--28981318	12	3.2	15	75	18	51	31	4	2	61	1.28
28981546--28981608	33	1.9	32	87	3	90	34	6	0	58	1.23
28986808--28986837	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28990464--28990539	33	2.3	33	84	8	93	39	0	1	59	1.06
28990468--28990539	21	3.7	21	75	17	66	38	0	1	59	1.06
28991223--28991349	9	13.7	9	67	14	71	59	1	3	35	1.23
28991210--28991271	25	2.3	28	78	8	76	62	3	3	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28991202--28991333	46	2.8	47	78	15	146	60	2	2	34	1.22
28991223--28991359	48	2.9	48	83	11	160	58	1	2	37	1.22
28991364--28991413	25	2.0	26	84	4	66	64	4	0	32	1.12
28991930--28991960	16	1.9	16	93	0	53	19	3	0	77	0.90
28994160--28994211	25	2.1	25	85	7	70	0	28	3	67	1.08
28999071--28999137	29	2.3	30	78	2	82	38	8	11	40	1.74
28999976--29000050	30	2.5	30	85	6	107	36	18	5	40	1.74
29001331--29001362	16	2.0	16	93	0	55	28	18	18	34	1.95
29019479--29019505	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
29022275--29022311	17	2.1	17	90	5	56	43	8	0	48	1.32
29022359--29022401	9	4.4	9	81	16	50	46	0	0	53	1.00
29035451--29035483	15	2.2	15	94	0	57	39	21	21	18	1.93
29037946--29037984	17	2.3	17	95	0	69	7	0	76	15	0.99
29047622--29047665	23	2.0	22	81	4	52	34	2	9	54	1.44
29048761--29048816	28	2.0	28	100	0	112	39	3	17	39	1.67
29050500--29050546	13	3.7	13	86	11	62	0	17	0	82	0.66
29050500--29050547	17	2.9	16	81	9	60	0	18	0	81	0.70
29050690--29050744	19	2.9	19	79	10	69	0	50	0	49	1.00
29051266--29051296	12	2.6	12	94	0	53	35	9	0	54	1.33
29051438--29051468	14	2.2	14	94	0	53	29	0	3	67	1.06
29051504--29051540	19	1.9	19	88	0	56	32	10	2	54	1.49
29052104--29052152	25	2.0	25	83	0	62	32	10	4	53	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29052133--29052181	23	2.2	22	86	10	73	36	6	0	57	1.24
29052138--29052181	23	1.9	23	100	0	88	36	4	0	59	1.18
29052261--29052306	24	1.9	24	86	0	65	34	6	4	54	1.46
29052384--29052418	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07
29058261--29058317	14	4.3	13	78	17	55	29	3	1	64	1.20
29060760--29060955	67	2.9	67	92	0	311	30	15	19	34	1.93
29065368--29065397	15	2.1	14	93	6	51	63	0	0	36	0.95
29065522--29065572	20	2.4	21	80	9	68	56	3	0	39	1.18
29067030--29067077	13	3.6	13	77	2	51	37	0	0	62	0.95
29068499--29068551	20	2.7	19	80	8	61	66	1	0	32	1.03
29069101--29069130	7	4.1	7	95	4	51	60	0	0	40	0.97
29072096--29072236	33	4.3	33	82	5	178	15	35	12	36	1.86
29078949--29078988	3	13.7	3	94	5	73	67	0	0	32	0.91
29080457--29080489	12	2.8	12	100	0	66	45	15	0	39	1.46
29081294--29081318	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
29081488--29081535	21	2.3	21	85	0	69	33	2	18	45	1.61
29082069--29082388	128	2.5	128	84	3	385	36	19	16	26	1.93
29087868--29087897	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
29088753--29088799	21	2.2	21	88	0	67	46	8	2	42	1.46
29092336--29092531	91	2.2	91	85	1	268	27	15	23	33	1.95
29092427--29093045	132	4.8	132	88	6	901	24	15	26	34	1.95
29092769--29093016	118	2.1	118	93	0	424	24	16	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29093335--29093401	22	2.9	24	72	14	61	16	0	29	53	1.43
29093344--29093421	37	2.1	37	85	0	102	15	0	32	52	1.43
29093355--29093436	37	2.2	37	82	4	94	14	0	32	52	1.42
29093383--29093431	22	2.2	22	88	0	71	20	0	26	53	1.46
29093544--29093602	22	2.7	22	86	5	66	25	3	27	44	1.70
29093605--29093637	14	2.3	15	89	5	50	12	3	30	54	1.52
29096904--29096947	6	6.8	6	89	2	52	31	0	2	65	1.05
29097055--29097381	37	8.9	37	71	11	152	25	22	13	38	1.91
29097053--29097479	36	11.6	35	74	11	250	25	21	14	38	1.91
29097094--29097479	73	5.3	73	77	8	356	25	22	14	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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