genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17031966--17032450	238	2.0	243	91	2	782	30	20	20	29	1.97
17032792--17032823	9	3.6	9	91	0	55	0	31	9	59	1.29
17044714--17044920	107	1.9	108	94	1	364	44	6	8	40	1.59
17045628--17045664	14	2.5	15	83	16	51	67	0	10	21	1.21
17045661--17045703	22	2.0	22	81	9	52	46	6	0	46	1.30
17050939--17050964	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
17059380--17059436	24	2.3	25	81	6	71	56	7	1	35	1.37
17060161--17060204	2	23.0	2	86	9	65	0	45	0	54	0.99
17068321--17068378	26	2.3	24	82	11	64	17	5	8	68	1.33
17071295--17071423	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
17074816--17074877	21	3.0	21	72	9	56	64	9	3	22	1.38
17083899--17083948	18	2.9	17	77	17	59	58	0	2	40	1.10
17092059--17092130	31	2.3	31	85	0	90	41	11	13	33	1.80
17092445--17092476	15	2.1	15	100	0	64	6	12	18	62	1.50
17098098--17098134	18	2.1	18	94	0	65	64	21	2	10	1.37
17098098--17098128	15	2.1	15	93	0	53	67	22	0	9	1.19
17113079--17113125	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
17139195--17139221	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
17153461--17153497	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
17154708--17154755	24	2.0	24	100	0	96	54	16	8	20	1.68
17160067--17160238	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
17160059--17160234	46	3.8	46	82	7	230	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17160110--17160253	46	3.1	45	75	11	148	29	28	20	21	1.98
17162578--17162620	21	1.9	22	86	13	61	46	0	2	51	1.13
17169925--17170054	48	2.7	48	96	0	233	34	25	13	26	1.93
17183595--17183646	21	2.5	21	83	0	68	26	7	32	32	1.85
17183755--17183813	27	2.2	28	78	9	68	44	1	1	52	1.21
17189679--17189731	3	17.7	3	96	0	97	66	1	32	0	1.03
17192687--17192931	125	1.9	126	95	1	438	31	18	20	29	1.96
17196336--17196412	29	2.7	29	84	15	90	27	6	11	54	1.61
17198670--17198771	31	3.5	31	75	15	126	63	0	0	36	0.94
17198701--17198781	25	3.0	25	74	19	90	65	0	0	34	0.93
17198734--17198765	13	2.5	13	95	5	57	56	0	0	43	0.99
17198669--17198796	56	2.3	56	94	0	220	62	0	0	36	1.01
17203147--17203175	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
17206260--17206292	15	2.1	16	88	5	50	30	3	0	66	1.06
17209314--17209347	18	1.9	18	88	5	52	41	11	0	47	1.40
17214919--17214952	17	1.9	17	94	5	59	58	0	0	41	0.98
17236320--17236347	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17240896--17241164	46	5.8	46	77	14	293	21	20	29	29	1.98
17240893--17241157	93	2.8	93	97	0	494	21	20	29	28	1.98
17246503--17246678	46	3.8	46	78	15	193	21	19	29	30	1.97
17249141--17249181	19	2.2	18	87	12	57	63	0	0	36	0.95
17249257--17249299	21	2.0	21	86	8	61	69	2	0	27	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17249268--17249306	15	2.7	15	88	4	53	74	0	0	25	0.82
17249934--17249978	21	2.2	21	84	11	58	46	0	8	44	1.34
17258630--17258717	43	2.0	43	97	0	167	46	15	10	27	1.78
17259424--17259460	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
17263395--17263619	40	5.6	40	85	3	290	23	22	28	25	2.00
17263399--17263619	83	2.7	80	86	5	277	23	23	28	25	1.99
17266466--17266515	20	2.4	21	80	6	57	34	8	6	52	1.55
17270353--17270387	17	2.1	17	88	0	52	65	5	25	2	1.28
17272108--17272157	21	2.5	19	72	27	50	50	0	2	48	1.12
17272213--17272260	19	2.6	18	78	18	62	62	8	4	25	1.41
17275481--17275524	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
17276164--17276203	19	2.2	18	86	13	55	47	0	22	30	1.52
17282524--17282698	46	3.8	46	74	15	171	29	28	20	22	1.98
17282532--17282702	93	1.8	93	88	5	265	29	28	20	22	1.98
17285401--17285578	52	3.5	51	84	6	220	29	14	28	28	1.95
17285396--17285578	51	3.6	51	79	8	205	28	14	28	28	1.95
17288391--17288566	46	3.8	45	76	10	185	21	19	28	29	1.98
17288387--17288558	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
17296257--17296284	6	4.7	6	100	0	56	35	17	28	17	1.93
17304654--17304713	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
17308670--17308700	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
17308780--17308810	12	2.6	12	94	0	53	70	0	25	3	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17312789--17312830	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
17315000--17315059	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
17317645--17317699	30	2.0	27	82	13	67	43	16	0	40	1.48
17318122--17318176	26	2.1	26	90	6	85	65	0	1	32	1.03
17319701--17319867	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
17319696--17319867	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
17327173--17327339	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
17327168--17327339	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
17330268--17330309	3	14.3	3	80	5	50	61	0	38	0	0.96
17330885--17331016	66	2.0	66	98	0	255	28	13	18	38	1.89
17345639--17345674	18	2.0	18	100	0	72	44	22	5	27	1.75
17351277--17351310	15	2.3	15	90	10	52	47	14	0	38	1.45
17352367--17352391	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
17356413--17356461	24	2.0	24	84	7	64	28	8	18	44	1.78
17356453--17356491	18	2.1	19	85	4	53	33	2	2	61	1.23
17374523--17374562	20	2.0	20	100	0	80	45	0	40	15	1.46
17379855--17380026	46	3.7	46	72	14	156	23	18	27	30	1.97
17379847--17380018	93	1.8	93	88	2	265	23	19	28	29	1.98
17382613--17382680	24	2.9	24	88	2	102	42	38	8	10	1.70
17384207--17384234	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
17387174--17387247	20	3.5	22	80	10	82	39	25	21	13	1.90
17387174--17387259	23	4.0	23	77	13	83	38	24	22	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17387625--17387682	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
17392722--17392764	22	1.9	22	85	4	59	41	9	2	46	1.48
17400547--17400791	67	3.7	66	77	4	222	37	14	20	26	1.91
17401800--17401885	31	2.6	34	75	10	83	47	2	3	46	1.32
17401909--17401984	6	12.2	6	70	13	55	73	2	22	1	1.03
17401909--17401984	26	3.0	25	75	16	77	73	2	22	1	1.03
17402642--17402681	19	2.1	19	90	9	64	37	0	22	40	1.54
17402680--17402711	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
17402926--17403027	41	2.5	39	82	4	123	28	13	23	34	1.93
17403215--17403264	16	3.1	16	77	11	57	34	4	26	36	1.75
17405461--17405568	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
17407588--17407682	25	3.8	25	71	10	77	30	17	27	24	1.97
17407661--17407725	25	2.6	25	85	0	85	33	16	24	24	1.96
17407588--17407701	50	2.3	51	80	3	124	32	18	25	23	1.97
17407679--17407732	25	2.2	25	82	0	63	38	18	25	16	1.92
17410215--17410385	94	1.8	94	89	3	274	29	28	19	21	1.98
17410207--17410379	47	3.7	47	79	13	205	30	29	18	21	1.97
17410805--17410861	30	1.9	30	85	7	80	28	26	8	36	1.86
17416544--17416721	47	3.8	48	79	15	194	29	29	20	21	1.98
17416552--17416721	94	1.8	92	93	2	295	28	29	20	21	1.98
17417140--17417199	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
17420310--17420375	23	3.0	23	75	6	82	15	18	24	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17421998--17422186	24	8.0	24	88	5	260	25	21	23	29	1.99
17421997--17422187	47	4.0	47	87	5	269	25	20	23	30	1.99
17422245--17422301	9	5.9	9	73	15	51	35	22	8	33	1.85
17422241--17422303	20	3.2	20	90	0	108	31	20	12	34	1.90
17422340--17422387	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
17423541--17423618	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
17423674--17423988	27	11.7	27	86	4	366	38	9	24	27	1.86
17423676--17423988	81	3.9	81	83	4	407	38	9	24	27	1.86
17427055--17427244	24	8.0	24	89	4	269	26	21	23	28	1.99
17427076--17427244	47	3.6	47	92	1	284	27	20	23	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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