genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71778939--71779071	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
71781737--71781761	13	1.9	13	100	0	50	32	36	0	32	1.58
71785836--71785934	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
71795056--71795086	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
71795053--71795092	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
71795260--71795514	55	4.8	53	79	8	243	21	25	17	35	1.95
71795307--71795504	108	1.8	110	89	4	312	23	25	16	33	1.96
71797556--71797692	23	5.9	23	72	15	79	33	20	22	23	1.97
71804873--71804954	27	3.0	27	78	7	94	31	21	25	20	1.98
71805060--71805151	28	3.3	28	93	3	150	29	7	29	33	1.85
71812723--71812837	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
71812748--71812837	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
71812943--71813007	28	2.4	27	94	2	112	30	7	27	33	1.85
71813267--71813298	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
71820630--71820728	32	3.1	32	76	13	96	31	4	24	40	1.74
71820880--71820971	27	3.5	26	77	5	96	28	9	27	34	1.88
71829173--71829587	49	8.5	49	93	0	704	29	8	31	29	1.88
71829688--71829808	37	3.3	37	92	1	199	25	17	33	23	1.96
71831827--71831856	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
71834458--71834510	18	2.8	18	80	5	61	62	3	3	30	1.30
71835368--71835481	29	4.0	29	83	6	135	28	28	16	26	1.97
71835359--71835469	58	1.9	57	85	1	150	27	29	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71835552--71835663	55	2.0	54	93	6	190	25	41	12	21	1.88
71835754--71835806	16	3.3	16	89	0	79	11	22	16	49	1.78
71837750--71837793	16	2.8	16	89	3	63	52	20	18	9	1.72
71838005--71838156	29	5.3	29	77	6	150	27	13	30	27	1.94
71842420--71842453	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
71843572--71843619	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71843658--71843714	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
71843656--71843718	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
71843774--71843891	23	5.1	23	90	7	186	29	19	20	30	1.97
71843773--71843891	45	2.6	47	90	6	190	30	19	20	30	1.97
71846021--71846151	44	2.9	45	91	2	210	36	26	12	24	1.91
71846023--71846184	46	3.7	43	82	8	175	34	25	12	26	1.92
71848206--71848243	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
71863818--71863855	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
71864429--71864476	24	2.0	24	91	0	78	35	8	14	41	1.76
71867820--71867857	20	1.9	20	88	0	58	60	0	15	23	1.35
71869170--71869206	19	2.1	19	85	10	51	51	0	8	40	1.32
71871626--71871673	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
71871717--71871755	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
71871805--71871953	24	6.2	24	83	4	203	29	21	20	28	1.98
71871807--71871951	23	6.1	23	82	5	182	28	22	20	28	1.98
71871806--71871953	47	3.1	47	90	1	215	29	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71875934--71876151	40	5.5	40	92	2	334	22	22	28	26	1.99
71884209--71884426	40	5.5	40	91	2	325	24	22	27	26	2.00
71887996--71888048	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
71889874--71890081	45	4.6	45	92	1	310	24	20	27	27	1.99
71889869--71890119	90	2.8	89	85	6	305	24	20	29	25	1.99
71893573--71893632	30	2.0	30	93	0	102	26	0	13	60	1.34
71895985--71896010	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
71900923--71900964	10	4.3	10	90	3	68	30	9	0	59	1.29
71907276--71907331	5	11.4	5	78	3	51	21	5	3	69	1.24
71907287--71907334	19	2.5	20	86	3	62	22	2	4	70	1.15
71909991--71910070	4	18.8	4	77	12	79	66	3	26	3	1.26
71919636--71919815	97	1.9	97	86	2	263	25	15	27	31	1.96
71920423--71920484	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
71924326--71924453	33	3.9	33	80	2	114	46	17	18	17	1.85
71932033--71932090	21	2.7	21	74	10	55	34	22	25	17	1.96
71932702--71932759	25	2.3	24	79	5	71	74	10	15	0	1.08
71932712--71932757	13	3.6	13	77	16	51	71	13	15	0	1.14
71934424--71934461	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
71934948--71934986	18	2.2	18	86	9	53	30	20	0	48	1.50
71935088--71935180	39	2.4	39	82	5	109	25	29	21	23	1.99
71935112--71935220	38	2.8	40	72	12	93	29	26	19	24	1.98
71936124--71936154	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71938687--71938812	63	2.0	64	93	3	220	59	5	7	27	1.46
71940681--71940724	20	2.2	20	87	0	61	36	13	25	25	1.92
71940841--71940894	27	2.0	27	100	0	108	33	11	18	37	1.86
71952748--71952924	40	4.4	40	80	7	173	23	21	28	26	1.99
71952748--71952924	80	2.2	80	85	5	225	23	21	28	26	1.99
71953152--71953193	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
71962362--71962391	14	2.1	14	100	0	60	36	6	23	33	1.81
71974686--71974910	99	2.3	99	82	8	279	28	19	29	22	1.98
71974886--71974955	32	2.2	32	97	0	131	21	28	22	27	1.99
71977516--71977590	36	2.0	38	94	5	136	41	0	8	50	1.32
71978019--71978067	24	2.1	22	85	11	62	53	0	2	44	1.12
71986467--71986556	24	3.7	22	75	16	72	34	21	28	15	1.94
71990069--71990139	26	2.7	26	82	4	90	30	15	9	43	1.79
71994124--71994253	63	2.1	63	80	2	145	22	19	29	29	1.98
71994831--71994917	22	4.0	22	78	1	95	20	21	13	43	1.87
71998674--71998736	33	1.9	33	100	0	126	39	6	6	47	1.54
71999511--71999580	22	3.2	22	91	0	104	35	8	15	40	1.78
71999511--71999571	12	5.4	12	70	21	51	36	9	16	37	1.82
71999642--71999739	43	2.3	43	80	1	106	17	25	25	31	1.97
71999897--71999944	15	3.2	15	75	0	51	27	20	22	29	1.99
71999969--72000054	14	6.1	14	83	0	73	27	36	19	16	1.93
71999970--72000048	28	2.8	28	86	0	104	27	35	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72000539--72000771	123	1.9	121	91	1	385	29	8	10	51	1.66
72012379--72012508	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
72012395--72012546	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
72012395--72012546	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
72016433--72016481	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
72017304--72017470	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
72024453--72024501	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
72025326--72025492	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
72032329--72032458	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
72032345--72032496	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
72032345--72032496	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
72033794--72033827	16	2.1	16	88	0	50	11	0	0	88	0.52
72043823--72043865	22	2.0	22	95	0	77	30	13	25	30	1.94
72044038--72044074	14	2.6	14	86	0	56	32	0	27	40	1.57
72044054--72044098	22	2.0	22	83	8	56	28	2	20	48	1.61
72048025--72048212	79	2.4	79	84	2	225	22	22	28	26	1.99
72048025--72048231	40	5.2	40	85	1	236	24	22	27	26	2.00
72048025--72048254	79	2.9	79	79	3	176	24	22	27	25	2.00
72056183--72056399	40	5.4	40	87	2	240	23	22	27	26	1.99
72056183--72056425	80	3.0	80	80	3	258	23	22	27	25	2.00
72056224--72056440	119	1.8	119	81	2	274	24	21	27	26	1.99
72058424--72058573	40	3.8	39	80	7	133	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72065721--72065830	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
72069595--72069671	40	1.9	40	86	0	109	32	15	31	20	1.94
72071769--72071865	44	2.2	44	92	0	158	26	13	21	38	1.91
72080748--72080904	43	3.7	43	77	9	133	28	24	18	29	1.98
72083125--72083156	15	2.1	15	100	0	64	28	6	25	40	1.79
72083622--72083673	23	2.3	23	89	0	77	38	19	23	19	1.93
72089568--72089627	27	2.2	27	78	0	66	58	11	8	21	1.59
72099595--72099652	26	2.2	28	77	22	72	48	13	6	31	1.69
72099600--72099648	26	1.9	25	88	12	73	57	10	8	24	1.59
72100930--72101064	68	2.0	67	83	1	171	30	18	23	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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