genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17427054--17427245	71	2.7	72	88	4	282	27	21	22	28	1.99
17428339--17428416	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
17428471--17428784	27	11.7	27	83	8	286	38	9	23	28	1.86
17428475--17428783	134	2.3	135	84	5	412	38	9	23	28	1.85
17428474--17428784	54	5.8	54	85	3	398	38	9	24	28	1.85
17428474--17428786	81	3.9	79	83	5	371	38	8	24	28	1.86
17435919--17436005	21	4.0	23	79	10	92	14	20	24	40	1.90
17437378--17437429	27	1.9	27	84	7	70	75	1	5	17	1.10
17439176--17439216	20	2.0	20	95	0	73	19	39	29	12	1.88
17444655--17444685	16	1.9	16	93	0	53	51	6	9	32	1.60
17444935--17444974	21	1.9	21	84	0	53	32	0	7	60	1.25
17446334--17446382	23	2.2	23	85	3	64	53	8	2	36	1.43
17459263--17459312	13	3.9	12	79	10	55	48	0	2	50	1.12
17459262--17459311	25	2.0	26	88	11	77	50	0	2	48	1.12
17460197--17460231	6	5.7	6	96	3	61	0	2	28	68	1.04
17472090--17472125	18	2.0	18	100	0	72	66	5	11	16	1.40
17475630--17475676	3	15.7	3	100	0	94	0	34	0	65	0.93
17480074--17480118	13	3.5	13	84	3	65	68	0	2	28	1.01
17480182--17480222	20	2.0	20	85	0	55	56	7	12	24	1.61
17480430--17480460	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
17480432--17480468	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
17480443--17480559	60	1.9	62	81	10	143	60	5	5	28	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17480856--17480891	18	2.0	18	94	0	63	16	0	58	25	1.38
17480874--17480972	29	3.2	29	84	12	101	16	1	51	31	1.51
17480873--17480943	36	2.0	36	100	0	142	16	0	53	29	1.44
17481457--17481630	46	3.8	46	78	13	194	20	18	29	30	1.97
17481454--17481622	93	1.8	93	92	0	284	20	19	29	30	1.97
17483540--17483665	44	2.9	43	68	15	123	22	18	23	36	1.95
17483540--17483725	87	2.1	87	86	0	264	22	18	23	34	1.96
17483723--17484086	133	2.7	133	79	7	400	26	22	21	29	1.99
17483911--17484353	179	2.5	178	88	2	665	23	22	22	30	1.99
17485606--17485677	24	3.1	24	72	7	69	0	19	2	77	0.88
17485634--17485675	12	3.4	12	80	6	57	0	23	0	76	0.79
17488198--17488238	21	2.0	21	90	0	64	14	24	21	39	1.91
17491751--17492119	125	2.9	126	96	0	668	37	14	17	29	1.90
17492564--17492612	18	2.6	19	81	15	57	63	2	0	34	1.06
17492572--17492610	14	2.7	14	92	4	60	64	2	0	33	1.08
17493007--17493077	17	4.1	17	71	20	65	16	0	54	28	1.42
17493018--17493105	36	2.8	29	75	21	95	18	0	50	31	1.47
17493021--17493093	36	2.0	36	100	0	146	16	0	53	30	1.43
17493060--17493119	29	2.1	29	84	6	77	20	1	45	33	1.61
17493360--17493738	85	4.4	85	87	4	525	19	26	24	29	1.98
17495041--17495216	46	3.8	46	74	12	171	22	19	27	30	1.98
17495038--17495208	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17497119--17497311	87	2.2	86	81	4	215	25	18	21	34	1.96
17497325--17497669	133	2.6	133	81	6	450	26	23	21	28	1.99
17497496--17497939	179	2.5	178	88	2	683	25	22	21	30	1.99
17499341--17499505	47	3.5	47	90	5	235	28	21	21	27	1.99
17499362--17499504	23	6.1	23	91	2	223	29	20	21	27	1.98
17499362--17499504	70	2.0	70	94	0	250	29	20	21	27	1.98
17499562--17499620	9	6.1	9	74	14	55	35	20	8	35	1.83
17499564--17499622	20	3.0	20	94	0	109	33	20	10	35	1.86
17499659--17499706	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
17500863--17500946	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
17500863--17500956	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
17501005--17501237	54	4.3	53	79	5	198	32	9	19	38	1.84
17500985--17501237	27	9.3	27	77	6	165	32	9	20	38	1.84
17500985--17501237	81	3.1	79	72	11	206	32	9	20	38	1.84
17501215--17501426	27	7.9	27	85	5	259	40	8	23	28	1.83
17501190--17501412	54	4.1	54	84	1	162	40	8	20	30	1.82
17501432--17501520	27	3.3	27	84	6	110	32	10	16	40	1.82
17503545--17503615	18	3.9	18	70	17	65	16	0	54	28	1.42
17503559--17503633	37	2.0	37	97	0	141	17	0	53	29	1.44
17503600--17503662	29	2.2	29	85	5	83	17	1	49	31	1.56
17509455--17509492	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
17511025--17511059	17	2.1	17	100	0	70	65	5	11	17	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17511360--17511533	46	3.8	46	98	0	339	36	13	25	24	1.92
17511500--17511563	30	2.1	30	97	0	83	39	6	28	26	1.80
17511454--17511609	76	2.1	76	92	0	258	38	11	26	23	1.89
17511544--17511663	46	2.6	45	85	5	143	42	15	23	18	1.88
17511408--17511653	122	2.0	122	90	1	386	39	13	25	22	1.90
17512305--17512386	33	2.5	32	76	5	83	36	15	18	29	1.92
17512414--17512491	33	2.4	33	78	8	86	28	15	25	30	1.96
17512310--17512503	105	1.8	105	80	4	230	30	15	24	28	1.96
17514558--17514929	43	8.7	43	82	4	369	30	23	19	27	1.98
17515229--17515276	21	2.3	21	96	0	87	0	56	18	25	1.42
17515832--17515871	19	2.2	19	86	8	57	50	0	10	40	1.36
17525193--17525358	24	7.0	24	91	4	257	27	21	22	28	1.99
17525193--17525359	71	2.3	71	92	3	273	27	21	22	28	1.99
17525193--17525358	47	3.5	48	90	4	257	27	21	22	28	1.99
17525416--17525472	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
17525404--17525474	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
17525409--17525463	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
17532808--17532837	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
17535369--17535439	27	2.5	29	82	13	94	40	29	0	29	1.57
17535400--17535445	20	2.3	21	88	7	69	41	28	0	30	1.56
17535350--17535848	207	2.4	202	89	5	772	44	26	2	26	1.67
17535860--17535908	15	3.3	15	85	2	55	40	40	2	16	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17535873--17535952	22	3.7	22	75	12	67	38	41	1	18	1.59
17535874--17535992	15	8.3	15	74	14	65	41	39	2	16	1.62
17536538--17536829	40	7.2	40	87	1	404	24	23	19	32	1.98
17536538--17536829	81	3.6	80	86	2	397	24	23	19	32	1.98
17536538--17536829	121	2.4	121	88	0	433	24	23	19	32	1.98
17550150--17550179	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
17555214--17555249	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
17555318--17555361	4	11.2	4	81	13	56	70	0	29	0	0.88
17555327--17555367	19	2.2	18	91	8	64	70	0	29	0	0.87
17556221--17556268	19	2.5	20	74	16	55	58	0	8	33	1.28
17556639--17556706	18	3.7	18	80	2	73	30	7	14	47	1.72
17561386--17561415	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
17563025--17563078	28	2.0	27	92	3	90	62	0	7	29	1.22
17564050--17564092	2	21.5	2	95	0	77	0	48	2	48	1.14
17571494--17571530	11	3.3	11	92	3	56	48	0	40	10	1.38
17574973--17575251	35	8.0	35	79	7	289	31	24	15	29	1.95
17574979--17575254	105	2.6	105	88	0	417	31	24	15	28	1.95
17578148--17578196	21	2.4	20	86	3	62	48	2	0	48	1.12
17578149--17578196	20	2.4	21	82	6	64	50	2	0	47	1.12
17578609--17578651	13	3.2	13	86	6	50	48	2	2	46	1.27
17596723--17596786	27	2.4	28	86	7	96	31	0	20	48	1.50
17596751--17596835	41	2.1	41	90	0	134	25	0	28	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17596764--17596852	41	2.2	41	81	4	99	35	0	23	40	1.55
17596850--17596986	34	4.0	33	77	11	134	40	2	13	43	1.57
17597039--17597435	125	3.2	124	84	4	512	36	16	16	29	1.92
17598499--17598530	16	2.0	16	100	0	64	50	12	12	25	1.75
17600465--17600525	24	2.5	25	75	20	74	55	1	0	42	1.09
17603105--17603173	30	2.2	31	82	10	79	43	0	1	55	1.08
17603115--17603173	29	1.9	32	83	10	79	44	0	1	54	1.10
17603113--17603173	30	2.0	32	84	12	83	44	0	1	54	1.10
17613023--17613068	21	2.2	21	88	0	65	39	26	0	34	1.57
17613223--17613301	15	4.7	17	72	26	62	29	1	0	69	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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