genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.331.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97049886--97050611	176	4.1	176	90	4	1015	26	24	18	30	1.98
97050377--97050648	87	3.1	87	75	14	308	27	24	19	28	1.98
97050201--97050567	131	2.8	132	90	2	562	27	24	18	29	1.98
97049829--97050648	44	18.7	43	76	9	495	26	24	18	30	1.98
97050722--97050912	68	2.8	68	88	1	285	25	22	23	29	1.99
97050937--97051745	86	9.3	84	74	11	553	20	22	21	35	1.96
97051104--97051756	258	2.5	259	95	2	1161	19	22	21	35	1.96
97050937--97051745	44	18.7	43	75	9	535	20	22	21	35	1.96
97051809--97051933	66	1.9	64	93	3	214	35	12	19	33	1.88
97053082--97053120	8	4.9	8	90	0	51	0	0	12	87	0.55
97053120--97053161	6	7.0	6	88	0	66	2	28	16	52	1.56
97055942--97055988	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
97058386--97058548	39	4.1	40	66	21	94	60	6	4	29	1.40
97058671--97058769	3	32.0	3	72	17	53	61	4	5	29	1.35
97058794--97058879	3	28.3	3	73	19	65	65	1	3	30	1.17
97058794--97058876	12	6.8	12	76	16	73	65	1	3	30	1.17
97058799--97058879	18	4.4	18	79	13	76	65	1	3	29	1.17
97058794--97058880	27	3.4	27	71	19	78	65	1	3	29	1.16
97059213--97059306	20	4.4	21	75	15	77	59	30	1	8	1.34
97059208--97059302	22	4.3	21	80	7	82	57	31	1	9	1.37
97059214--97059250	18	2.0	19	89	5	58	67	27	0	5	1.12
97059208--97059291	21	3.9	21	80	7	87	59	30	1	8	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97060202--97060389	33	5.6	33	75	1	151	25	21	20	32	1.97
97060231--97060389	66	2.4	66	84	1	192	24	21	19	34	1.96
97060656--97060681	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
97060704--97061098	41	9.7	41	85	9	497	33	20	23	22	1.97
97060704--97061256	123	4.4	123	81	12	620	32	20	24	22	1.97
97061046--97061155	56	1.9	57	94	1	195	29	20	25	25	1.99
97061102--97061256	41	3.8	41	83	3	222	30	20	27	21	1.98
97061010--97061196	97	1.9	98	87	3	279	28	20	26	24	1.99
97060964--97061237	138	2.0	139	90	3	437	30	20	25	23	1.98
97060930--97061256	179	1.8	179	87	3	489	32	20	24	23	1.98
97061099--97061256	82	1.9	82	93	0	271	31	20	26	21	1.98
97061329--97061392	21	3.0	21	75	6	67	18	0	43	37	1.51
97061361--97061393	7	4.9	7	88	3	50	18	0	51	30	1.46
97061361--97061394	14	2.5	14	95	4	61	20	0	50	29	1.49
97061613--97061657	21	2.1	21	91	0	72	31	2	33	33	1.70
97061973--97062021	15	3.5	15	73	21	61	18	53	0	28	1.45
97061970--97062022	26	2.0	26	100	0	106	20	49	0	30	1.50
97065647--97065684	18	2.2	18	86	13	53	10	15	0	73	1.09
97066984--97067029	20	2.3	20	81	3	58	28	19	26	26	1.99
97067058--97067171	28	3.9	28	71	19	81	26	21	27	25	1.99
97067050--97067194	61	2.4	61	85	8	179	26	20	26	26	1.99
97068646--97069380	183	4.0	183	97	0	1362	27	15	14	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97069579--97069607	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
97069869--97070970	275	4.0	275	98	0	2138	35	13	12	39	1.81
97070906--97071018	30	3.4	30	68	27	93	30	4	2	61	1.29
97070898--97071058	71	2.3	69	94	3	277	29	4	4	61	1.36
97071186--97071215	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
97071320--97071509	9	20.6	9	74	10	107	47	13	1	37	1.52
97071354--97071509	17	8.9	17	71	11	93	47	12	1	39	1.49
97071293--97071500	96	2.1	96	80	5	231	47	12	1	38	1.52
97077363--97077429	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
97077503--97077764	43	6.1	43	87	6	370	23	33	17	24	1.96
97077503--97077764	85	3.0	85	89	3	366	23	33	17	24	1.96
97089862--97089942	40	2.0	40	92	0	135	58	13	7	20	1.60
97100779--97100814	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
97100817--97100913	43	2.3	43	83	7	117	56	5	5	32	1.43
97101345--97101388	3	14.3	3	85	4	61	61	4	0	34	1.16
97103097--97103529	54	7.9	54	92	2	697	39	17	13	29	1.88
97103093--97103529	109	4.0	109	92	2	736	38	17	13	29	1.89
97103093--97103529	163	2.7	162	91	2	705	38	17	13	29	1.89
97103509--97103542	13	2.5	14	85	9	52	64	5	8	20	1.43
97103523--97105148	72	22.2	72	90	2	2097	32	19	16	31	1.94
97103523--97105148	224	7.4	216	92	1	2124	32	19	16	31	1.94
97105485--97105525	18	2.3	18	95	0	73	12	21	21	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97107342--97107401	23	2.6	23	80	14	70	1	10	3	85	0.79
97111825--97111854	12	2.5	12	94	0	51	50	6	0	43	1.28
97111857--97111953	43	2.3	43	83	7	117	56	5	5	32	1.43
97111829--97111968	14	10.3	14	67	21	50	55	4	4	36	1.39
97112391--97112434	3	14.3	3	85	4	61	61	4	0	34	1.16
97113277--97113303	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
97114290--97114326	11	3.4	11	96	0	65	86	0	8	5	0.70
97116268--97117112	425	2.0	422	92	1	1415	35	12	12	38	1.82
97122044--97122072	14	2.0	15	93	6	51	44	6	20	27	1.77
97126230--97126271	16	2.6	16	85	10	59	28	4	0	66	1.12
97126438--97126516	2	42.0	2	71	12	51	43	2	2	51	1.28
97126438--97126517	30	2.7	30	77	11	85	42	3	2	51	1.33
97128521--97128555	7	4.9	7	89	6	52	85	0	2	11	0.69
97128528--97128556	8	3.8	8	90	9	51	89	0	0	10	0.48
97128521--97128556	15	2.4	15	95	0	63	86	0	2	11	0.68
97128787--97128814	13	2.2	13	100	0	56	28	0	35	35	1.58
97134747--97134779	15	2.1	16	88	5	50	48	12	9	30	1.71
97138464--97138504	16	2.5	16	88	4	55	36	4	0	58	1.20
97139624--97139658	18	1.9	18	88	0	52	42	8	11	37	1.72
97143316--97143357	22	1.9	22	85	9	59	23	7	4	64	1.38
97148201--97148250	3	16.0	3	79	8	55	64	2	0	34	1.05
97148199--97148247	12	4.1	13	80	15	61	63	2	0	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97154120--97154165	23	2.0	23	95	0	83	23	8	6	60	1.49
97166135--97166305	47	3.6	47	82	4	184	30	28	16	24	1.97
97166153--97166345	47	4.0	48	79	11	173	30	29	16	23	1.96
97171562--97171602	18	2.3	18	86	0	55	48	7	12	31	1.68
97171777--97171825	20	2.5	20	78	18	57	63	0	6	30	1.19
97172373--97172407	2	18.0	2	88	5	54	48	0	2	48	1.16
97174447--97174586	44	3.2	44	66	9	131	24	18	19	37	1.94
97174465--97174620	43	3.6	43	68	8	134	23	17	22	37	1.94
97174443--97174606	89	1.8	89	100	0	328	25	18	18	37	1.93
97174594--97174765	88	2.0	86	84	6	222	19	22	22	36	1.95
97185523--97185580	26	2.2	26	90	6	91	32	3	24	39	1.72
97187357--97187642	137	2.1	136	98	0	545	24	18	25	31	1.98
97191366--97191497	25	5.2	25	95	4	239	33	3	22	40	1.72
97193274--97193559	137	2.1	136	97	0	536	24	18	24	31	1.98
97195627--97195675	20	2.5	20	78	18	57	63	0	6	30	1.19
97206155--97206442	137	2.1	137	95	0	522	31	25	18	25	1.98
97206690--97206743	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
97206722--97206782	28	2.3	27	85	5	79	31	9	19	39	1.84
97208230--97208365	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
97209562--97209617	6	9.3	6	84	7	78	80	3	1	14	0.93
97212530--97212580	24	2.1	25	85	10	70	29	3	7	58	1.44
97215720--97215801	33	2.3	38	83	12	102	52	0	13	34	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97215786--97215827	9	4.6	9	85	5	57	71	0	2	26	0.98
97216096--97216220	46	2.7	46	91	3	187	43	31	4	20	1.73
97216290--97216358	35	2.0	35	91	0	111	10	0	53	36	1.35
97216314--97216380	22	3.0	22	93	0	116	8	0	53	37	1.32
97216876--97217737	206	4.2	206	96	0	1532	28	23	18	29	1.98
97217358--97218108	371	2.0	371	96	0	1385	28	23	18	29	1.98
97217564--97217902	165	2.1	165	97	0	633	28	23	18	29	1.98
97217729--97218415	206	3.3	206	97	0	1268	27	23	19	29	1.98
97217152--97218314	577	2.0	577	96	0	2164	28	23	19	29	1.98
97226395--97226440	18	2.5	19	80	16	60	28	10	0	60	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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