genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  121  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36697702--36697761	26	2.3	26	88	2	86	35	23	25	16	1.95
36706830--36706937	20	5.8	18	73	17	80	37	1	4	56	1.31
36706866--36706937	20	3.7	19	85	14	94	33	2	5	58	1.36
36708894--36709002	51	2.1	51	88	3	157	44	7	19	28	1.77
36711645--36711688	22	2.0	23	82	13	56	70	0	9	20	1.14
36714919--36714957	15	2.6	15	84	12	53	74	0	10	15	1.07
36716345--36716469	44	2.8	45	81	1	144	25	20	20	32	1.97
36716433--36716666	119	2.0	119	90	1	371	26	25	15	32	1.96
36716614--36716773	45	3.6	45	86	0	214	26	23	18	30	1.98
36724991--36725044	19	2.8	20	83	5	67	48	3	18	29	1.65
36728980--36729028	25	2.0	25	84	8	64	63	4	6	26	1.36
36736150--36736192	20	2.2	20	86	0	59	65	9	0	25	1.22
36738932--36738990	17	3.3	18	90	9	86	38	8	15	37	1.78
36745767--36745833	1	67.0	1	72	0	53	86	0	10	2	0.67
36745767--36745832	34	2.0	33	88	8	98	86	0	10	3	0.68
36745767--36745833	13	4.8	14	78	14	68	86	0	10	2	0.67
36746710--36747162	44	10.4	44	73	11	326	30	16	24	28	1.97
36746710--36747149	130	3.4	131	92	2	708	30	16	25	27	1.96
36747094--36747185	43	2.1	44	87	2	132	30	14	28	27	1.95
36747172--36747877	204	3.5	205	93	1	1213	30	19	22	28	1.98
36747956--36748065	44	2.5	44	88	4	161	34	14	28	22	1.94
36748424--36748480	20	3.0	20	90	10	93	40	8	14	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36751533--36751602	27	2.6	27	83	2	86	34	24	14	27	1.94
36758738--36758807	27	2.6	27	83	2	86	34	24	14	27	1.94
36758816--36758922	42	2.5	42	98	0	205	22	33	14	29	1.93
36761145--36761377	62	3.8	62	83	0	277	19	23	28	28	1.98
36761145--36761377	124	1.9	124	86	0	331	19	23	28	28	1.98
36765236--36765264	7	4.3	7	91	8	51	86	0	0	13	0.58
36765236--36765264	13	2.1	14	93	6	51	86	0	0	13	0.58
36765387--36765473	36	2.3	37	90	7	140	36	10	14	37	1.81
36765387--36765473	19	4.7	19	91	5	151	36	10	14	37	1.81
36771275--36771308	12	2.9	12	95	4	61	85	0	14	0	0.60
36771264--36771325	18	3.3	18	82	17	74	80	0	16	3	0.83
36771264--36771331	30	2.2	32	86	7	95	80	0	16	2	0.82
36772287--36772928	43	15.3	42	63	23	221	30	21	21	26	1.99
36772278--36773057	84	9.3	84	89	2	1160	30	21	22	25	1.99
36772873--36773007	41	3.2	41	67	10	112	31	20	20	26	1.98
36773773--36773847	36	2.0	38	87	10	109	36	10	18	34	1.86
36773773--36773838	19	3.6	19	86	10	93	34	12	16	36	1.86
36773769--36773866	19	5.0	21	80	13	79	35	9	20	34	1.84
36782984--36783028	10	4.7	10	79	15	51	62	2	0	35	1.08
36782944--36783039	19	5.3	17	70	18	61	62	2	3	32	1.22
36783017--36783145	9	13.7	9	71	13	55	62	3	3	31	1.26
36783064--36783155	20	4.7	19	72	8	60	66	2	3	28	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36783063--36783155	9	9.7	9	78	12	60	65	2	3	29	1.20
36788708--36788794	44	2.0	44	88	4	131	26	12	14	45	1.81
36790052--36790200	75	2.0	75	93	0	253	36	9	24	30	1.87
36790911--36790936	12	2.2	12	100	0	52	38	0	11	50	1.39
36793360--36793515	42	3.7	42	77	5	152	28	16	27	27	1.97
36793360--36793515	85	1.8	84	83	1	204	28	16	27	27	1.97
36797617--36797654	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
36799274--36800058	83	9.2	83	86	5	1041	26	20	20	32	1.97
36799715--36800064	184	1.9	184	91	1	567	27	19	19	33	1.96
36823632--36823670	13	3.0	13	100	0	78	38	7	30	23	1.83
36824497--36824534	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
36826343--36826386	22	2.0	22	86	8	63	47	0	2	50	1.13
36832170--36832219	25	2.0	25	100	0	100	32	12	8	48	1.69
36832981--36833027	24	2.0	24	82	0	58	46	17	12	23	1.82
36834702--36834923	40	5.6	41	92	2	321	26	27	22	22	1.99
36837044--36837226	53	3.6	48	78	13	122	28	26	18	26	1.98
36837079--36837226	53	2.8	53	87	2	199	29	26	16	27	1.97
36838674--36838703	4	7.8	4	92	7	53	50	26	0	23	1.50
36847388--36847421	15	2.3	15	89	0	50	26	14	41	17	1.88
36854526--36854582	8	7.1	8	76	13	55	54	0	1	43	1.10
36854773--36854798	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
36855535--36855566	6	5.3	6	92	0	55	18	21	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36859030--36859195	46	3.6	45	77	13	151	30	28	18	22	1.97
36859031--36859201	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
36864338--36864369	8	3.9	8	95	4	55	53	0	0	46	1.00
36864457--36864492	6	6.2	6	96	3	65	83	0	16	0	0.65
36864449--36864499	18	2.7	18	82	17	68	80	0	19	0	0.71
36865338--36865369	6	5.3	6	92	0	55	18	21	15	43	1.87
36868900--36869305	69	5.9	69	81	11	438	28	8	2	61	1.37
36868902--36869264	142	2.6	143	88	5	526	28	8	2	60	1.37
36871185--36871212	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
36875971--36876038	32	2.1	32	100	0	136	26	13	25	35	1.92
36882897--36883031	63	2.1	64	86	6	184	40	21	24	13	1.89
36883506--36883587	41	2.0	41	100	0	164	24	29	9	36	1.87
36886192--36886219	14	2.0	14	100	0	56	35	7	28	28	1.84
36888304--36888336	17	1.9	17	93	0	57	45	6	15	33	1.70
36903727--36903770	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
36905097--36905211	35	3.3	35	83	0	140	22	27	22	26	1.99
36908714--36908748	19	1.9	17	88	11	52	34	17	5	42	1.73
36908696--36908772	22	3.2	22	66	22	55	44	14	5	36	1.67
36908696--36908923	51	4.7	51	80	13	273	42	13	5	38	1.67
36908782--36908861	39	2.1	39	100	0	160	42	13	5	38	1.66
36908731--36908914	90	2.1	87	93	3	314	43	13	5	37	1.67
36909829--36910022	96	2.0	96	88	2	291	12	32	18	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36911680--36911907	51	4.7	51	78	13	246	43	12	5	38	1.65
36911680--36911756	22	3.2	22	66	22	55	45	14	5	35	1.67
36911706--36911806	29	3.8	29	66	18	83	43	12	5	37	1.68
36911766--36911845	39	2.1	39	97	0	151	43	13	3	38	1.62
36911716--36911898	90	2.1	87	91	3	294	44	13	4	37	1.65
36913762--36913823	19	3.2	19	90	4	97	38	9	16	35	1.81
36917194--36917226	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
36917273--36917331	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
36917302--36917351	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
36926976--36927004	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
36934172--36934200	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
36939416--36939679	39	6.7	40	85	3	302	21	23	26	28	1.99
36939414--36939683	79	3.4	78	84	4	319	21	22	27	28	1.99
36946135--36946165	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
36947334--36947412	39	2.0	39	100	0	158	25	17	21	35	1.95
36949244--36949307	28	2.3	28	94	2	112	42	6	23	28	1.78
36951997--36952062	17	3.7	18	77	16	66	30	0	1	68	0.99
36951990--36952063	18	4.2	17	70	14	60	28	0	1	70	0.96
36953915--36953948	17	2.1	15	89	10	50	0	23	2	73	0.97
36961638--36961675	18	2.1	19	90	5	60	47	28	10	13	1.76
36969358--36969395	19	2.0	19	89	0	58	36	2	31	28	1.71
36969881--36969937	29	2.0	29	82	6	71	28	14	8	49	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36971882--36971945	21	3.0	21	79	0	74	17	18	12	51	1.76
36978770--36978852	3	28.3	3	73	13	57	2	31	1	65	1.13
36978770--36978836	17	3.9	17	76	7	73	1	31	0	67	1.00
36978769--36978834	14	4.6	14	72	9	53	1	31	0	66	1.01
36978769--36978852	37	2.2	38	87	8	118	2	30	1	65	1.13
36978785--36978852	28	2.4	28	78	4	75	2	29	1	66	1.15
36980125--36980192	27	2.5	27	95	0	118	22	1	30	45	1.61
36983371--36983420	11	4.3	12	77	10	50	22	12	0	66	1.24
36983372--36983478	28	3.7	29	74	13	80	26	10	0	62	1.33
36983371--36983459	23	3.9	23	75	12	76	23	11	1	64	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335