genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68034051--68034234	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
68034091--68034279	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
68037615--68037716	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
68045460--68045561	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
68056215--68056315	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
68064691--68064779	42	2.1	42	93	0	151	50	14	5	29	1.65
68064804--68064843	19	2.2	18	90	4	62	45	15	2	37	1.59
68065385--68065424	18	2.2	18	91	8	64	40	10	10	40	1.72
68065687--68065723	6	6.2	6	90	0	56	45	13	21	18	1.84
68072617--68072654	18	2.1	18	90	0	58	36	10	10	42	1.74
68072906--68072942	18	2.0	19	89	5	58	40	18	24	16	1.90
68076839--68076886	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
68076930--68076988	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
68077039--68077157	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
68077039--68077157	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
68077348--68077411	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
68077365--68077472	38	2.8	38	92	1	180	38	14	23	23	1.92
68081238--68081524	137	2.1	137	97	0	538	31	24	19	25	1.98
68081772--68081824	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
68083309--68083392	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
68086838--68086866	14	2.1	14	100	0	58	34	31	20	13	1.92
68088053--68088130	27	2.9	26	82	3	93	38	23	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68088133--68088398	27	9.9	27	86	2	329	30	23	6	39	1.80
68088146--68088398	54	4.7	54	90	1	391	28	24	7	39	1.81
68088146--68088398	107	2.4	108	90	2	402	28	24	7	39	1.81
68088633--68088715	20	4.3	21	83	14	101	38	10	19	31	1.86
68088640--68088700	16	3.6	16	80	20	70	37	9	19	32	1.85
68088765--68088881	52	2.3	51	92	2	191	25	21	24	28	1.99
68088765--68088881	26	4.6	26	88	1	157	25	21	24	28	1.99
68089032--68089123	42	2.2	42	86	3	123	30	11	20	36	1.89
68089147--68089221	31	2.4	30	93	4	123	29	16	26	28	1.96
68091466--68091589	27	4.6	27	76	13	103	38	22	8	29	1.85
68091542--68091695	27	5.7	27	81	3	175	31	23	9	36	1.86
68093492--68093673	40	4.6	40	91	4	280	24	21	28	25	1.99
68093492--68093673	79	2.3	81	90	6	284	24	21	28	25	1.99
68095074--68095241	27	6.4	27	84	5	209	29	22	8	39	1.84
68095190--68095233	23	1.9	23	90	0	70	36	15	4	43	1.68
68095299--68095428	27	4.7	27	74	7	109	42	16	8	33	1.78
68096247--68096319	18	4.0	20	75	20	61	38	8	19	34	1.81
68096264--68096306	16	2.7	15	89	10	68	34	9	20	34	1.85
68096369--68096517	26	5.8	26	92	0	230	26	22	23	27	2.00
68096663--68096754	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
68096778--68096892	31	3.7	31	95	1	196	30	16	25	27	1.97
68103406--68103430	10	2.5	10	100	0	50	40	8	20	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68105481--68105522	19	2.1	21	86	8	61	35	28	0	35	1.58
68107454--68107537	43	2.0	43	95	0	150	27	29	21	21	1.98
68109628--68109663	17	2.1	18	89	5	56	38	0	19	41	1.52
68110597--68112362	453	3.9	451	91	1	2759	38	22	10	28	1.87
68114752--68114812	30	2.0	30	81	12	72	59	1	19	19	1.47
68115713--68115853	65	2.2	65	87	2	194	21	17	23	37	1.94
68115843--68116054	26	8.6	26	68	13	110	20	20	20	38	1.93
68121253--68121291	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
68123019--68123068	25	2.0	25	100	0	100	48	4	20	28	1.67
68129615--68129679	34	1.9	33	84	9	87	29	24	20	26	1.99
68140510--68140682	46	3.8	44	78	10	143	28	20	29	21	1.98
68140688--68140777	47	1.9	47	90	4	146	32	16	26	24	1.96
68141049--68141113	13	5.0	13	76	0	76	26	7	30	35	1.84
68148172--68148558	24	16.1	24	98	0	711	20	17	25	36	1.94
68156322--68156585	24	11.1	24	95	1	462	20	17	25	35	1.95
68156322--68156644	48	6.6	48	90	6	472	20	17	25	36	1.94
68156564--68156620	16	3.4	16	81	13	78	19	12	24	43	1.85
68156516--68156677	59	2.7	60	85	9	215	19	15	25	39	1.91
68156328--68156644	24	14.0	21	88	9	245	19	17	25	37	1.94
68158649--68158716	26	2.6	27	90	6	104	29	13	26	30	1.94
68166621--68166723	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
68174693--68174795	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68182773--68182875	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
68186088--68186134	24	2.0	24	86	0	67	38	2	36	23	1.67
68187551--68187665	28	4.1	28	84	6	128	18	22	22	36	1.95
68187551--68187665	57	2.1	54	83	8	142	18	22	22	36	1.95
68189700--68189725	13	2.0	13	100	0	52	7	23	38	30	1.83
68203061--68203086	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
68205670--68205704	17	2.1	17	88	0	52	34	28	22	14	1.93
68206600--68206676	39	2.0	39	82	10	95	36	10	23	29	1.88
68206636--68206729	46	2.0	47	83	2	118	36	8	24	30	1.85
68210768--68210912	48	3.0	48	85	0	191	39	4	18	37	1.70
68214324--68214429	49	2.2	49	87	1	151	39	3	14	42	1.63
68222702--68222883	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
68222702--68222883	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
68224635--68224676	21	2.0	21	81	9	50	42	14	2	40	1.58
68259354--68259463	22	5.0	22	86	5	134	29	17	20	33	1.95
68260554--68260598	10	4.8	10	81	10	51	37	2	13	46	1.55
68264531--68264590	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
68269134--68269296	43	3.8	44	84	8	217	23	28	21	26	1.99
68269134--68269301	88	1.9	87	87	3	248	24	27	21	26	1.99
68277036--68277186	45	3.4	44	84	8	209	23	27	22	27	1.99
68279704--68279812	53	2.1	53	98	0	209	33	9	13	44	1.76
68290705--68290773	34	2.0	34	94	0	120	44	23	8	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68293098--68293373	87	3.2	86	82	6	294	33	10	12	43	1.77
68293210--68293441	84	2.8	84	81	7	242	32	12	10	44	1.77
68294467--68294497	14	2.2	14	94	0	53	32	6	22	38	1.80
68296217--68296242	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68313472--68313552	24	3.4	23	76	8	74	23	22	18	35	1.95
68315333--68315462	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
68315349--68315500	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
68315349--68315498	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
68321644--68321683	21	1.9	21	100	0	80	10	35	35	20	1.86
68339353--68339517	37	4.4	37	93	0	285	26	32	18	23	1.97
68339557--68339704	48	3.1	48	95	0	260	33	27	6	33	1.81
68339700--68339937	49	4.9	49	92	2	381	28	27	9	33	1.89
68339700--68339937	96	2.5	97	91	1	379	28	27	9	33	1.89
68371772--68371821	25	2.0	25	100	0	100	32	20	12	36	1.89
68373001--68373025	7	3.6	7	100	0	50	64	0	0	36	0.94
68380786--68380810	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
68384707--68384795	42	2.1	42	93	0	151	50	14	5	29	1.65
68384820--68384859	19	2.2	18	90	4	62	45	15	2	37	1.59
68389438--68389482	24	1.9	23	82	13	56	40	6	20	33	1.78
68391979--68392079	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
68397874--68398033	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
68405830--68405989	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68411568--68411616	22	2.3	22	85	3	64	14	28	36	20	1.92
68412969--68413313	77	4.4	77	82	7	309	47	10	12	29	1.74
68413116--68413474	81	4.4	82	84	4	413	47	10	13	28	1.75
68413110--68413474	161	2.2	164	82	4	425	47	10	13	28	1.75
68418911--68418950	12	3.3	12	89	0	62	35	42	12	10	1.76
68425151--68425201	18	2.8	18	93	0	84	35	15	11	37	1.84
68425627--68425937	72	4.3	72	82	3	394	24	6	15	54	1.64
68427288--68427314	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
68428622--68428879	128	2.0	128	99	0	507	22	14	19	43	1.87
68430277--68430326	25	2.0	25	100	0	100	52	12	8	28	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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