genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79593791--79593891	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
79599772--79599836	32	2.0	32	100	0	130	33	9	12	44	1.74
79606461--79606596	40	3.4	40	94	0	218	33	27	16	23	1.96
79612713--79612760	25	1.9	25	87	8	71	37	6	0	56	1.25
79617889--79617944	3	19.0	3	89	10	89	32	1	0	66	1.03
79620570--79620719	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
79620594--79620777	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
79624992--79625141	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
79625016--79625199	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
79627216--79627289	27	2.7	27	80	0	94	39	20	8	32	1.82
79627271--79627491	27	8.3	27	86	3	295	32	21	21	24	1.98
79628164--79628220	27	2.2	26	87	3	78	19	24	19	36	1.94
79628380--79628464	6	13.8	6	72	18	59	21	18	12	47	1.82
79628357--79628424	31	2.2	32	89	2	102	20	16	10	52	1.72
79628401--79628444	19	2.3	19	84	0	61	20	22	11	45	1.83
79630809--79630864	20	2.8	20	83	0	67	17	35	32	14	1.90
79634795--79634932	40	3.4	40	85	6	163	31	24	16	26	1.96
79639750--79639791	17	2.5	17	96	0	75	30	14	19	35	1.91
79640787--79640811	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
79643481--79643542	25	2.4	25	78	2	70	38	16	1	43	1.57
79647654--79647804	27	5.6	27	81	3	169	40	21	7	30	1.82
79647648--79647804	54	2.9	54	83	2	199	39	21	7	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79647816--79647931	27	4.3	27	86	0	160	31	25	7	35	1.84
79647814--79647931	54	2.2	54	90	3	184	32	24	7	35	1.84
79647648--79647995	27	12.9	27	76	4	155	37	22	7	32	1.82
79647918--79648019	27	3.8	27	86	0	105	44	18	5	31	1.74
79648015--79648229	27	8.0	27	86	2	297	33	18	21	26	1.96
79648624--79648702	6	12.8	6	77	15	81	18	18	13	48	1.81
79648624--79648703	31	2.6	31	89	0	124	20	18	13	47	1.82
79652752--79652881	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
79656475--79656813	123	2.8	123	95	0	606	30	10	25	33	1.90
79656782--79657025	40	6.1	40	88	0	292	24	21	26	27	1.99
79672722--79672768	18	2.6	18	100	0	94	46	6	10	36	1.64
79676618--79676829	23	9.0	24	89	3	299	28	21	22	28	1.99
79676639--79676828	47	4.1	46	91	2	290	28	20	22	28	1.98
79677236--79677283	17	2.8	18	71	9	55	70	0	16	12	1.16
79678543--79678620	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
79680079--79680135	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
79680072--79680137	20	3.3	20	95	0	123	31	19	12	36	1.89
79680072--79680126	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
79680174--79680221	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
79681366--79681444	27	2.9	27	88	3	115	21	25	21	31	1.98
79681491--79681762	27	10.0	27	76	4	172	34	8	18	38	1.82
79681687--79681846	54	3.0	54	85	0	167	41	9	19	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79681712--79681922	27	7.9	27	87	3	230	40	7	23	28	1.82
79681687--79681846	81	2.0	81	82	0	194	41	9	19	29	1.82
79681928--79682017	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
79681911--79682017	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
79681928--79682032	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
79685934--79685977	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
79686010--79686061	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
79686306--79686528	27	8.3	27	85	2	259	24	19	19	36	1.94
79686322--79686520	81	2.5	81	91	1	310	24	19	19	36	1.95
79686514--79686601	27	3.3	26	69	13	70	28	9	26	36	1.87
79686567--79686691	27	4.6	27	81	4	110	28	8	22	40	1.84
79690811--79690835	7	3.6	7	100	0	50	32	0	52	16	1.44
79692542--79692717	39	4.5	39	91	2	273	26	28	24	20	1.99
79692710--79692840	39	3.4	39	88	3	185	25	24	19	30	1.98
79698309--79698521	39	5.5	39	91	2	324	27	27	23	21	1.99
79698515--79698606	39	2.4	38	85	3	121	23	20	19	35	1.95
79702871--79702949	40	2.0	40	92	5	133	25	12	26	35	1.92
79704104--79704131	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
79710502--79710733	40	6.1	40	76	17	210	26	27	21	25	1.99
79710627--79710688	28	2.2	29	91	2	99	29	22	16	32	1.95
79716928--79717415	47	10.4	47	92	0	805	27	30	8	33	1.86
79723661--79723739	31	2.5	31	93	0	131	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79723956--79724052	26	3.8	26	94	1	162	26	23	23	25	2.00
79723943--79724052	51	2.2	49	90	8	168	26	23	21	28	1.99
79723943--79724052	26	4.4	25	89	4	152	26	23	21	28	1.99
79724086--79724115	15	1.9	16	93	6	53	33	16	20	30	1.94
79724850--79724927	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
79724945--79725304	27	13.3	27	77	6	246	30	10	20	38	1.86
79725057--79725290	81	2.9	80	85	3	294	29	9	20	40	1.84
79725283--79725409	26	4.8	27	85	6	154	40	7	22	29	1.82
79725282--79725409	53	2.4	52	86	8	163	41	7	21	28	1.81
79727636--79727748	31	3.7	30	85	2	138	25	23	20	30	1.99
79727954--79728063	25	4.3	26	86	4	147	28	22	19	30	1.98
79728863--79728949	27	3.2	27	90	3	122	18	25	20	35	1.95
79729001--79729085	28	3.0	29	76	13	86	32	11	16	38	1.85
79729089--79729324	81	2.9	81	86	3	298	28	8	21	41	1.83
79728986--79729324	27	12.5	27	76	6	227	29	9	19	41	1.83
79729275--79729416	27	5.3	27	85	1	124	34	7	24	33	1.84
79729316--79729445	53	2.4	54	84	3	156	40	7	23	29	1.82
79729316--79729445	27	4.9	27	83	3	147	40	7	23	29	1.82
79731716--79731794	31	2.5	31	95	0	140	26	24	18	30	1.98
79731999--79732106	25	4.3	26	86	9	147	27	23	20	28	1.99
79731999--79732106	49	2.2	49	85	11	141	27	23	20	28	1.99
79732905--79732991	27	3.2	27	91	3	131	18	26	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79733022--79733378	27	13.3	27	77	6	206	30	9	21	38	1.85
79733021--79733378	53	6.7	53	74	9	233	30	9	20	38	1.85
79733133--79733364	80	2.9	80	85	5	292	29	8	21	40	1.83
79733332--79733478	25	5.8	26	80	11	137	38	7	23	30	1.82
79733356--79733478	51	2.5	49	85	10	153	40	7	22	29	1.81
79735734--79735812	31	2.5	31	95	0	140	26	24	18	30	1.98
79736028--79736145	25	4.8	26	80	10	133	29	22	22	25	1.99
79736020--79736145	49	2.6	49	87	7	188	29	21	21	27	1.98
79736937--79737022	27	3.2	27	90	4	122	18	25	20	34	1.96
79737167--79737409	27	9.2	27	81	7	257	29	8	21	40	1.82
79737167--79737409	53	4.6	52	80	6	249	29	8	21	40	1.82
79737139--79737529	27	14.7	27	79	7	230	32	8	21	37	1.83
79737255--79737560	80	3.8	79	74	6	215	34	7	21	36	1.82
79737387--79737515	53	2.4	53	89	5	190	41	7	21	28	1.81
79739760--79739838	31	2.5	31	95	0	140	26	24	18	30	1.98
79740044--79740179	26	5.3	26	83	3	163	29	22	20	27	1.99
79741152--79741402	27	9.4	27	83	3	287	31	7	21	39	1.82
79741047--79741402	54	6.6	53	77	4	266	30	8	20	39	1.83
79741131--79741388	80	3.2	78	85	5	331	29	8	20	41	1.81
79741131--79741524	27	14.7	27	82	4	280	32	8	21	37	1.83
79741339--79741548	81	2.6	81	76	0	231	35	7	22	34	1.83
79744781--79744884	47	2.2	46	89	1	154	33	9	30	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79744808--79744881	22	3.3	21	70	15	67	32	10	31	25	1.90
79746466--79746868	40	10.1	40	87	3	463	23	22	28	25	1.99
79746471--79746864	199	2.0	200	83	3	499	23	22	28	25	1.99
79750979--79751083	47	2.2	47	89	0	156	34	9	30	25	1.88
79751006--79751080	22	3.3	22	68	17	62	33	10	30	25	1.90
79757223--79757415	47	4.1	47	88	1	271	33	11	29	26	1.91
79757252--79757322	22	3.1	22	67	21	65	33	14	29	22	1.93
79757223--79757415	93	2.1	94	87	1	271	33	11	29	26	1.91
79757296--79757371	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
79757622--79757764	37	3.9	37	91	0	232	24	18	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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