Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  53  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18987942--18988004
30
2.1
31
85
8
85
55
3
3
38
1.32
19003540--19003590
22
2.5
20
81
9
57
29
23
1
45
1.64
19003713--19003880
37
4.3
38
80
5
151
31
23
18
26
1.97
19004822--19004890
22
3.0
21
80
19
68
28
5
0
65
1.16
19004841--19004886
14
3.4
14
76
8
51
32
2
0
65
1.05
19004835--19004889
26
2.1
27
86
10
78
29
5
0
65
1.15
19004844--19004897
26
2.1
25
86
3
72
35
3
0
61
1.14
19004854--19004911
26
2.2
26
81
6
64
39
5
1
53
1.33
19013048--19013077
15
1.9
16
93
6
53
20
20
6
53
1.67
19021025--19021054
3
10.0
3
92
0
51
66
0
3
30
1.07
19034707--19034760
28
2.0
27
85
10
74
40
0
7
51
1.30
19034763--19034796
11
3.2
10
88
12
50
29
0
0
70
0.87
19036437--19036573
40
3.4
40
81
0
148
32
14
18
34
1.92
19036552--19036760
79
2.7
79
87
0
285
32
15
22
30
1.94
19037139--19037305
57
3.0
56
79
7
133
32
4
21
41
1.74
19038480--19038506
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
19041629--19041653
2
12.5
2
100
0
50
52
0
48
0
1.00
19049347--19049383
14
2.6
14
100
0
74
0
89
10
0
0.49
19049342--19049384
15
2.9
15
89
10
70
2
88
9
0
0.60
19055499--19055606
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
19063883--19063939
30
1.9
30
85
7
80
52
8
0
38
1.33
19065608--19065717
51
2.2
51
94
0
193
30
24
12
31
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19083538--19083587
24
2.0
26
84
7
68
60
6
0
34
1.21
19083587--19083629
23
1.9
23
90
4
70
46
4
4
44
1.45
19084264--19084316
18
3.1
17
84
10
65
26
0
7
66
1.18
19090597--19090656
29
2.1
29
96
0
111
30
18
11
40
1.86
19094426--19094485
28
2.1
28
96
0
111
20
16
3
60
1.50
19101639--19101676
20
1.9
20
94
0
67
21
5
7
65
1.38
19102137--19102224
42
2.1
42
84
0
113
32
23
25
18
1.97
19106411--19106436
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
19110450--19110665
3
72.0
3
72
8
145
61
2
6
29
1.35
19110839--19111005
3
55.7
3
71
10
92
56
1
8
32
1.38
19110887--19110990
28
3.8
28
70
13
90
57
1
7
32
1.38
19112146--19112235
12
7.9
12
69
16
66
63
1
8
26
1.31
19112154--19112218
23
2.9
22
80
13
78
63
1
9
26
1.34
19112186--19112227
18
2.3
18
88
8
59
59
2
9
28
1.41
19112154--19112260
24
4.9
22
75
17
73
62
1
9
26
1.36
19112174--19112255
42
2.0
42
85
9
114
60
2
9
26
1.40
19114932--19115114
79
2.3
81
85
7
241
25
27
22
24
2.00
19114911--19115117
40
5.2
40
83
8
253
25
27
21
25
1.99
19139071--19139272
101
2.0
101
99
0
395
43
12
6
37
1.69
19141035--19141059
13
1.9
13
100
0
50
12
16
0
72
1.13
19141176--19141208
15
2.3
14
94
5
57
30
0
0
69
0.88
19141718--19141995
3
93.3
3
76
12
252
62
0
5
30
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19144749--19144788
20
2.0
21
85
5
55
45
5
10
40
1.60
19151321--19151348
2
14.0
2
100
0
56
50
0
50
0
1.00
19151522--19151584
30
2.1
30
93
0
108
52
0
15
31
1.44
19156505--19156548
23
1.9
23
90
0
70
22
4
2
70
1.17
19156501--19156583
23
3.5
23
77
11
69
27
3
4
63
1.31
19156524--19156576
24
2.3
23
78
9
56
26
3
5
64
1.33
19156607--19156666
25
2.3
26
82
2
68
30
6
3
60
1.39
19158807--19158853
8
5.9
8
100
0
94
38
0
0
61
0.96
19159953--19160067
39
2.9
39
87
7
144
37
11
17
33
1.85
19159953--19160067
40
2.9
39
84
10
144
37
11
17
33
1.85
19162584--19162734
53
2.8
53
89
4
214
29
27
16
25
1.97
19170101--19170251
53
2.8
53
89
4
214
29
27
16
25
1.97
19176051--19176131
38
2.1
39
97
2
155
50
7
23
18
1.72
19177323--19177401
24
3.4
24
73
16
76
56
2
8
31
1.43
19177291--19177398
45
2.5
44
76
18
111
59
3
9
27
1.45
19177313--19177398
45
1.9
45
83
9
113
56
2
11
29
1.47
19177369--19177467
24
4.1
23
74
16
85
57
2
8
32
1.39
19177302--19177450
46
3.3
45
79
13
128
58
3
10
28
1.47
19177377--19177452
21
3.4
21
68
12
53
60
2
7
28
1.38
19177369--19177604
26
9.3
26
67
15
93
57
5
7
29
1.48
19177417--19177610
26
7.4
27
68
8
105
59
5
7
28
1.46
19177350--19177467
25
4.8
25
67
20
72
58
2
9
29
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19178084--19178126
14
3.2
14
83
9
54
67
0
2
30
1.03
19181051--19181088
19
2.0
19
85
10
51
81
0
15
2
0.80
19182387--19182664
89
3.1
88
69
13
262
29
17
25
27
1.97
19182387--19182647
44
5.9
44
70
12
176
29
16
27
26
1.97
19182660--19183370
86
8.2
86
73
7
469
31
20
21
26
1.98
19182639--19183370
130
5.6
130
85
0
993
32
20
20
26
1.97
19183481--19184051
44
12.6
44
68
12
202
30
18
22
28
1.97
19183478--19183685
88
2.4
88
82
4
251
28
19
23
28
1.98
19183609--19183794
95
1.9
96
79
5
207
29
19
23
27
1.98
19183567--19183838
140
1.9
139
82
2
339
30
18
21
29
1.97
19185750--19185793
23
1.9
23
90
0
70
25
4
0
70
1.06
19185746--19185805
23
2.6
23
81
7
68
26
3
1
68
1.15
19185855--19185912
24
2.3
26
82
5
66
31
6
3
58
1.41
19188661--19188910
131
1.9
131
92
0
419
29
20
18
31
1.96
19190673--19190755
27
2.9
28
77
15
73
60
1
0
38
1.05
19194005--19194288
139
2.0
140
93
2
491
25
16
15
42
1.88
19194327--19194368
17
2.6
16
75
17
50
28
0
4
66
1.12
19194723--19194840
28
4.3
27
71
21
84
61
5
0
32
1.23
19194742--19194793
10
5.4
10
80
13
56
57
7
0
34
1.27
19194816--19194849
17
2.1
16
88
5
50
58
0
0
41
0.98
19195413--19195455
17
2.5
17
80
3
50
32
4
2
60
1.30
19195477--19195520
17
2.5
17
82
17
54
29
0
6
63
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19195738--19195771
12
2.8
13
86
13
54
0
11
0
88
0.52
19198377--19198409
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
19198579--19198625
24
2.0
24
95
0
85
31
10
8
48
1.68
19201608--19201659
22
2.6
19
85
11
61
50
0
5
44
1.26
19201625--19201671
19
2.5
20
86
10
71
42
0
6
51
1.27
19201886--19201945
3
20.0
3
100
0
120
33
0
0
66
0.92
19205092--19205133
21
2.0
22
90
4
68
28
2
47
21
1.63
19205092--19205133
11
4.0
10
87
3
57
28
2
47
21
1.63
19209171--19209242
18
4.0
18
81
0
90
33
13
22
30
1.93
19209169--19209239
36
2.0
36
88
0
106
32
12
22
32
1.92
19209971--19210093
52
2.4
51
93
2
203
26
22
21
28
1.99
19209971--19210093
26
4.8
26
87
1
169
26
22
21
28
1.99
19210238--19210325
42
2.1
42
91
0
140
32
13
17
36
1.89
19210353--19210431
31
2.5
31
95
0
140
29
17
25
27
1.98
19211858--19211906
17
3.0
17
77
17
59
57
10
0
32
1.32
19211863--19211906
15
2.7
17
82
10
65
56
11
0
31
1.35
19211926--19211960
18
1.9
18
88
0
52
60
2
2
34
1.26
19212996--19213070
23
3.2
23
63
10
62
13
8
41
37
1.74
19212978--19213081
47
2.3
43
88
9
131
13
6
41
38
1.71
19212995--19213085
47
1.9
47
100
0
182
13
6
40
39
1.70
19213927--19214287
89
3.9
96
81
14
373
36
16
17
29
1.92
19213927--19214287
187
1.9
186
82
9
457
36
16
17
29
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19227469--19227510
15
2.6
17
85
7
61
57
14
0
28
1.38
19227531--19227577
18
2.7
18
87
6
62
59
0
2
38
1.09
19231637--19231661
5
5.0
5
100
0
50
80
0
0
20
0.72
19232086--19232136
2
25.5
2
95
0
93
47
0
1
50
1.12
19232401--19232844
116
3.8
114
75
9
339
31
20
18
28
1.97
19233232--19233295
18
3.6
18
76
18
71
35
0
0
64
0.94
19233241--19233295
16
3.2
16
73
12
56
34
0
0
65
0.93
19233384--19233435
25
2.1
24
82
3
59
38
3
3
53
1.37
19233447--19233493
14
3.5
13
77
11
58
21
0
29
48
1.50
19233451--19233509
28
2.1
28
84
6
75
23
0
23
52
1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335