genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73433226--73433292	32	2.1	32	88	0	98	28	26	8	35	1.87
73433342--73433553	28	7.6	28	69	7	135	25	28	17	28	1.98
73433335--73433562	56	4.1	56	87	2	307	24	28	18	29	1.98
73433342--73433608	56	4.8	56	84	5	294	24	28	18	28	1.98
73436620--73436730	27	4.2	26	73	14	91	37	19	10	31	1.87
73436684--73436743	27	2.2	27	84	0	75	45	15	11	28	1.81
73437193--73437254	28	2.2	28	85	0	79	20	22	25	30	1.98
73437642--73437814	27	6.4	27	89	0	256	35	19	20	24	1.96
73442924--73442954	11	2.8	11	100	0	62	32	9	19	38	1.84
73456350--73456384	18	1.9	18	88	0	52	20	20	0	60	1.37
73468061--73468125	34	1.9	33	81	9	78	26	26	21	26	2.00
73469005--73469030	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
73471169--73471270	27	3.8	26	87	5	132	21	23	19	35	1.96
73475769--73475909	43	3.3	43	73	16	105	22	15	27	34	1.95
73478277--73478378	43	2.4	43	94	0	177	33	20	15	30	1.94
73483235--73483444	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
73487578--73487678	39	2.5	40	85	1	132	31	21	24	21	1.98
73487580--73487688	40	2.8	39	85	1	137	29	22	25	22	1.99
73487576--73487719	40	3.7	39	77	8	125	28	21	26	23	1.99
73490051--73490112	17	3.7	17	70	12	65	51	20	16	11	1.74
73491444--73491501	27	2.2	27	84	3	73	37	20	22	18	1.94
73491639--73491724	43	2.0	43	100	0	172	32	4	16	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73491958--73491989	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
73498552--73498673	58	2.1	57	87	4	174	25	31	15	27	1.96
73498573--73498673	29	3.5	29	95	1	186	26	29	14	28	1.95
73509450--73509495	24	2.0	24	86	4	67	39	26	21	13	1.90
73509699--73509754	23	2.3	24	79	17	62	33	19	23	23	1.97
73516724--73516793	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
73524607--73524676	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
73527046--73527137	44	2.1	44	83	4	114	22	22	22	31	1.98
73528595--73528776	40	4.6	40	88	2	233	25	25	24	24	2.00
73533368--73533408	19	2.3	18	87	8	57	39	0	39	21	1.54
73536464--73536667	40	5.1	40	90	2	304	21	22	29	26	1.99
73540274--73540482	37	5.7	37	83	1	233	40	27	11	21	1.87
73547092--73547145	28	1.9	28	88	0	81	24	11	1	62	1.37
73552511--73552548	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
73557489--73557601	39	2.9	39	91	1	172	23	22	31	23	1.98
73557487--73557669	79	2.3	78	77	7	174	24	21	30	22	1.99
73565511--73565624	39	2.9	39	89	1	165	23	21	32	22	1.98
73569110--73569347	49	4.8	49	87	2	305	26	18	26	28	1.98
73569108--73569347	99	2.4	100	85	2	331	26	18	26	28	1.98
73576389--73576501	39	2.9	39	91	1	172	23	22	31	23	1.98
73576395--73576530	39	3.5	40	85	2	134	22	23	32	21	1.98
73587253--73587395	39	3.6	39	88	0	187	23	22	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73590850--73591087	49	4.8	49	87	2	305	26	18	26	28	1.98
73590848--73591087	99	2.4	100	85	2	331	26	18	26	28	1.98
73593631--73593722	40	2.3	40	90	0	139	23	14	25	36	1.92
73599222--73599416	47	4.1	46	80	13	175	33	9	29	28	1.88
73599251--73599324	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
73599338--73599472	48	2.8	48	98	0	261	34	6	27	31	1.83
73599619--73599733	37	3.1	37	91	0	176	22	18	30	28	1.97
73600994--73601303	40	7.8	40	92	3	484	25	22	27	24	2.00
73605167--73605360	47	4.1	48	85	5	222	34	11	28	26	1.91
73605188--73605360	94	1.8	93	89	0	265	34	12	28	24	1.92
73605330--73605512	48	3.8	48	95	0	330	34	6	27	31	1.81
73605659--73605950	37	7.9	37	94	0	505	23	18	31	26	1.97
73606975--73607009	17	1.9	19	88	11	56	31	5	14	48	1.67
73607242--73607275	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
73612039--73612108	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
73612039--73612120	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
73619756--73619825	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
73619756--73619837	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
73621775--73621992	118	1.8	119	84	6	300	27	22	26	23	2.00
73621726--73621985	40	6.6	39	84	8	266	26	22	26	24	2.00
73621723--73621985	79	3.3	78	79	11	286	26	23	26	23	2.00
73621775--73622018	79	3.1	79	80	7	185	27	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73630125--73630352	40	5.5	40	82	12	237	25	27	24	23	2.00
73630180--73630279	50	2.0	51	96	4	184	26	23	26	25	2.00
73630140--73630308	90	1.9	90	92	2	286	26	26	24	23	2.00
73638282--73638387	51	2.1	51	94	5	189	26	26	23	23	2.00
73638336--73638460	40	3.1	40	90	2	189	25	29	24	20	1.99
73641797--73641869	36	2.0	36	94	0	128	26	15	8	50	1.71
73644815--73644865	23	2.2	24	79	10	61	52	0	5	41	1.25
73645918--73645963	18	2.4	18	82	7	56	39	2	6	52	1.40
73646037--73646109	38	2.0	37	89	7	114	50	6	15	27	1.69
73646596--73646701	53	2.0	53	98	0	203	31	9	27	32	1.88
73658955--73658985	6	5.2	6	96	0	53	0	19	0	80	0.71
73660095--73660285	88	2.2	88	88	0	283	30	21	15	32	1.94
73662444--73662470	14	1.9	14	100	0	54	18	0	7	74	1.05
73662526--73662551	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
73675773--73675871	28	3.5	29	80	6	105	29	26	16	28	1.97
73686370--73686487	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73686338--73686501	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73694712--73694908	79	2.5	80	86	7	267	28	20	25	25	1.99
73694712--73694908	40	4.9	40	88	6	251	28	20	25	25	1.99
73694712--73694936	40	5.7	40	87	5	246	27	20	25	26	1.99
73702885--73703074	79	2.4	79	85	7	258	28	20	24	26	1.99
73702878--73703074	40	4.9	40	87	6	251	27	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73703010--73703121	40	2.8	40	82	5	102	25	21	26	25	1.99
73707086--73707132	19	2.5	19	96	0	85	44	6	8	40	1.60
73707332--73707363	16	1.9	17	93	6	57	21	0	3	75	0.95
73707756--73707795	20	2.0	20	100	0	80	10	0	30	60	1.30
73707899--73707926	10	2.8	10	100	0	56	75	7	0	17	1.03
73710071--73710115	22	2.0	22	95	0	81	35	20	24	20	1.96
73719377--73719449	24	3.0	24	88	6	94	50	1	32	15	1.52
73720361--73720424	11	5.9	11	83	3	76	42	18	0	39	1.51
73720557--73720689	47	2.8	47	83	8	162	33	7	6	52	1.54
73720717--73720747	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
73721661--73721717	7	8.0	7	90	2	87	26	3	15	54	1.57
73721713--73721737	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
73722317--73722358	18	2.3	18	83	0	57	23	23	4	47	1.70
73726973--73727012	18	2.2	18	100	0	80	27	17	32	22	1.96
73727644--73727832	40	4.7	40	84	2	218	26	21	26	25	2.00
73727644--73727845	80	2.5	80	82	3	244	25	21	26	26	1.99
73735712--73735875	40	4.1	40	83	0	184	26	20	26	26	1.99
73737296--73737790	126	3.9	126	88	1	744	28	18	17	35	1.94
73738328--73738398	19	3.8	19	81	12	85	42	18	1	38	1.59
73738328--73738372	20	2.3	20	92	3	74	44	13	2	40	1.56
73739456--73739521	31	2.2	30	78	10	71	42	13	7	36	1.73
73739467--73739536	31	2.3	31	87	5	97	45	10	8	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73740483--73740542	31	2.0	31	86	3	86	46	10	3	40	1.54
73743849--73743882	16	2.2	16	89	5	52	29	2	0	67	1.05
73752287--73752313	6	4.5	6	100	0	54	51	33	0	14	1.43
73753400--73753468	35	2.0	35	97	0	129	15	50	13	20	1.77
73754195--73754239	11	4.1	11	86	8	56	0	57	0	42	0.98
73754762--73754818	23	2.5	23	94	0	105	40	0	7	52	1.28
73754761--73754818	2	30.0	2	82	6	66	41	0	6	51	1.28
73754970--73755011	21	2.0	21	85	0	57	47	2	4	45	1.36
73766285--73766432	73	2.0	74	98	1	289	44	16	25	14	1.84
73767204--73767568	70	5.2	70	97	0	685	33	16	20	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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