genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73060549--73060671	43	2.9	43	75	3	133	32	24	15	27	1.95
73071124--73071256	66	2.0	66	97	0	248	31	18	20	30	1.96
73074203--73074358	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
73081233--73081272	13	3.1	13	86	13	64	22	32	30	15	1.94
73091289--73091327	20	1.9	21	89	5	62	15	17	2	64	1.41
73091404--73091436	16	2.1	16	94	0	57	12	15	36	36	1.84
73093769--73093858	17	5.3	17	80	5	83	43	7	11	37	1.69
73093735--73093850	51	2.3	51	81	11	123	42	8	11	37	1.71
73094117--73094438	138	2.3	137	80	2	358	27	17	21	33	1.96
73094811--73094882	36	2.0	36	97	0	135	26	16	26	30	1.97
73101207--73101323	35	3.3	35	80	8	121	42	30	10	16	1.81
73110712--73110841	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
73110728--73110878	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
73110712--73110878	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
73118218--73118338	54	2.2	54	94	0	206	28	23	23	24	2.00
73123708--73123749	17	2.4	18	88	7	61	23	0	14	61	1.32
73123888--73123954	31	2.2	31	94	0	116	28	0	17	53	1.44
73130251--73130316	21	3.1	21	78	6	71	63	7	21	7	1.45
73130745--73130916	88	2.0	86	82	8	208	39	20	7	32	1.81
73131034--73131182	19	7.8	19	67	10	81	63	3	4	29	1.29
73131319--73131397	19	4.2	19	70	12	65	36	1	1	60	1.13
73131317--73131477	10	17.0	10	65	19	60	33	1	1	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73131313--73131387	37	2.0	37	87	5	107	33	1	1	64	1.11
73131338--73131467	46	2.7	46	78	11	129	32	1	1	64	1.12
73131338--73131451	45	2.5	46	80	9	124	31	1	1	64	1.13
73131447--73131472	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
73131992--73132053	11	5.8	10	78	12	61	27	27	0	45	1.54
73132004--73132053	21	2.4	21	80	9	59	28	26	0	46	1.53
73133856--73133898	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
73134409--73134439	9	3.4	9	90	0	53	35	0	0	64	0.94
73137425--73137992	126	4.5	126	89	0	843	27	17	17	36	1.93
73137990--73138298	159	1.9	161	86	3	437	44	16	2	36	1.61
73138220--73138260	22	1.9	22	90	5	66	41	17	2	39	1.62
73148472--73148647	46	3.8	46	78	12	198	19	21	30	28	1.98
73148469--73148640	93	1.8	93	93	0	299	20	22	30	27	1.98
73152567--73152601	18	1.9	18	88	0	52	0	54	0	45	0.99
73152580--73152605	12	2.2	12	100	0	52	0	53	0	46	1.00
73155434--73155480	20	2.3	20	92	0	76	48	14	10	25	1.76
73160439--73160468	12	2.5	12	88	0	51	80	0	0	20	0.72
73167156--73167190	17	2.1	16	89	5	52	25	28	20	25	1.99
73173192--73173281	44	2.0	44	100	0	180	12	20	20	47	1.81
73183622--73183784	43	3.8	43	87	0	191	27	13	26	31	1.94
73183618--73183811	43	4.5	42	81	3	181	29	13	25	31	1.94
73183612--73183805	86	2.3	86	77	3	228	28	13	26	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73187748--73188005	49	5.3	49	92	2	407	29	30	8	31	1.86
73194856--73194960	43	2.4	43	96	0	192	33	14	15	37	1.87
73196635--73196661	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
73197057--73197219	43	3.9	42	80	5	168	28	15	25	30	1.96
73197057--73197219	85	1.9	84	83	1	209	28	15	25	30	1.96
73200613--73200639	5	5.4	5	100	0	54	40	18	18	22	1.91
73201707--73201741	9	3.9	9	88	0	52	42	22	8	25	1.82
73201701--73201743	18	2.3	18	92	4	68	37	20	11	30	1.89
73210035--73210068	6	5.7	6	92	0	59	38	32	17	11	1.86
73220463--73220510	21	2.2	22	82	10	55	14	8	10	66	1.43
73222962--73223016	21	2.5	22	82	8	58	67	3	3	25	1.23
73231843--73231872	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
73250294--73250727	96	4.5	96	94	1	730	32	8	30	28	1.87
73250298--73250739	47	9.3	47	88	3	654	32	8	30	27	1.87
73252066--73252160	51	2.0	48	82	12	115	30	13	21	34	1.92
73252904--73252934	15	2.1	15	100	0	62	38	29	12	19	1.89
73266387--73266481	40	2.4	40	81	0	100	23	14	27	34	1.94
73269937--73269980	20	2.2	20	95	0	79	47	36	2	13	1.56
73289810--73289849	16	2.4	16	83	4	53	42	32	10	15	1.79
73292627--73292686	30	2.0	30	86	0	84	41	13	20	25	1.88
73293024--73293297	46	5.8	46	70	17	140	28	20	27	23	1.99
73293024--73293196	46	3.7	46	77	6	170	27	21	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73294172--73294226	27	2.0	27	86	6	76	41	20	10	27	1.85
73299456--73299550	42	2.2	43	79	5	104	27	18	24	29	1.98
73300393--73300417	13	1.9	13	100	0	50	24	16	24	36	1.94
73301881--73301926	16	2.9	16	75	18	51	80	0	6	13	0.89
73302081--73302106	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
73306374--73306414	20	2.0	20	100	0	82	24	34	21	19	1.97
73310364--73310530	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
73310364--73310530	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
73311356--73311401	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
73320419--73320547	44	2.8	47	77	10	131	25	27	20	26	1.99
73320513--73320635	46	2.6	46	85	6	149	24	26	19	30	1.98
73323405--73323440	18	2.0	18	88	0	54	30	16	8	44	1.77
73326833--73326872	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
73328109--73328386	48	5.8	50	73	11	172	23	27	19	29	1.98
73328109--73328337	97	2.4	96	79	6	214	23	27	20	28	1.99
73329239--73329272	5	6.8	5	89	0	50	11	5	0	82	0.83
73329235--73329272	15	2.5	15	100	0	76	10	7	0	81	0.87
73331468--73331513	23	2.0	23	87	8	67	19	4	4	71	1.20
73335361--73335386	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
73337133--73337193	30	2.0	31	96	3	115	40	6	22	29	1.79
73338456--73338674	84	2.6	85	94	2	379	31	19	19	29	1.96
73338859--73338947	42	2.1	42	93	0	151	52	13	4	29	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73338972--73339011	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
73342808--73342896	42	2.1	42	93	0	151	52	12	5	29	1.61
73342809--73342918	42	2.6	42	84	7	98	52	11	5	30	1.60
73342921--73342960	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
73352172--73352291	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
73354790--73354939	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73354814--73354997	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73366268--73366495	46	5.0	46	98	0	429	33	7	27	31	1.84
73366499--73366609	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
73368755--73368961	53	3.8	54	74	10	190	21	24	17	36	1.94
73380265--73380468	56	3.6	56	86	4	261	33	23	14	28	1.94
73380265--73380468	113	1.8	113	84	5	279	33	23	14	28	1.94
73380434--73380655	43	5.2	43	84	2	270	31	26	17	24	1.97
73380434--73380655	86	2.6	85	87	2	302	31	26	17	24	1.97
73387048--73387083	17	2.1	17	89	5	54	13	44	33	8	1.74
73388490--73388583	24	3.9	23	75	8	80	19	24	3	53	1.60
73388937--73389007	31	2.3	31	100	0	142	26	25	2	45	1.67
73390316--73390349	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
73390382--73390433	27	2.0	26	88	3	77	34	19	26	19	1.95
73391057--73391417	27	13.4	26	85	8	340	23	21	18	36	1.95
73391057--73391413	54	6.6	54	87	1	468	23	21	18	35	1.95
73391057--73391413	81	4.4	81	88	0	509	23	21	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73391396--73391465	27	2.6	26	77	6	77	28	5	24	41	1.77
73409404--73409611	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
73409404--73409609	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
73417554--73417760	40	5.2	39	82	2	209	25	25	22	26	2.00
73417554--73417758	79	2.6	81	81	6	222	25	25	22	25	2.00
73423368--73423396	13	2.1	14	93	6	51	48	13	3	34	1.60
73423638--73423704	32	2.1	32	91	0	107	28	28	8	34	1.87
73423755--73423873	56	2.1	56	93	0	202	26	27	18	27	1.98
73423786--73423909	28	4.4	28	74	8	117	24	26	20	28	1.99
73427224--73427324	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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