genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57853723--57853811	40	2.2	40	87	0	124	32	25	21	20	1.97
57855207--57855460	50	5.1	50	83	3	269	37	18	12	31	1.88
57867232--57867386	43	3.6	42	87	1	211	32	25	15	27	1.95
57871069--57871171	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
57874735--57874822	29	3.0	30	75	12	76	53	17	0	29	1.44
57878474--57878543	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
57878473--57878556	25	3.4	24	88	6	116	28	23	22	25	1.99
57878474--57878568	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
57887717--57887801	39	2.2	39	87	4	118	21	22	29	27	1.99
57887775--57887866	39	2.4	39	92	0	148	18	23	31	26	1.97
57890596--57890631	4	9.2	4	90	6	56	80	0	19	0	0.71
57894111--57894195	39	2.2	39	89	4	127	18	21	31	28	1.97
57895950--57896084	58	2.3	58	88	3	202	28	14	30	26	1.95
57895954--57896055	29	3.5	29	100	0	204	29	14	28	27	1.95
57904377--57904564	39	4.8	39	87	0	214	23	31	21	23	1.98
57904413--57904565	39	3.9	39	90	0	234	23	32	20	24	1.98
57904394--57904564	78	2.2	79	88	1	245	23	30	21	24	1.98
57906306--57906378	29	2.5	29	93	0	128	28	15	28	27	1.96
57906469--57906493	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57910067--57910114	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
57910162--57910228	25	2.7	25	88	0	98	29	25	20	23	1.99
57910478--57910542	31	2.1	32	85	5	89	29	13	24	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57920324--57920380	20	2.8	20	86	0	78	45	0	28	26	1.54
57931525--57931627	29	3.6	29	77	2	91	19	17	34	28	1.94
57938963--57939024	22	2.7	23	71	16	58	38	11	22	27	1.88
57941817--57941881	29	2.2	29	94	0	112	29	16	29	24	1.97
57946374--57946620	49	5.0	49	97	0	440	28	8	32	30	1.87
57946584--57946654	34	2.1	34	100	0	142	26	5	35	32	1.80
57946773--57946857	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
57959232--57959490	27	9.6	26	83	5	259	38	21	9	30	1.85
57959232--57959518	54	5.3	54	80	5	303	38	21	9	30	1.85
57959232--57959547	81	3.9	81	80	6	318	38	21	9	30	1.86
57959367--57959600	27	8.6	28	74	9	103	38	23	8	30	1.84
57959592--57959752	27	6.0	27	90	1	234	35	19	20	24	1.96
57959951--57960018	25	2.7	25	93	0	109	26	25	23	25	2.00
57959951--57960031	25	3.2	24	87	6	101	32	20	22	24	1.98
57963553--57963759	40	5.2	40	94	1	364	22	22	29	25	1.99
57963553--57963759	79	2.6	79	94	1	362	22	22	29	25	1.99
57963964--57964007	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
57971612--57971726	47	2.4	47	86	1	167	25	18	26	29	1.98
57971700--57971755	29	2.0	28	85	3	76	23	23	23	30	1.99
57973031--57973074	21	2.3	18	84	11	52	70	0	6	22	1.11
57973024--57973079	29	2.0	28	82	10	69	67	0	5	26	1.11
57973023--57973085	29	2.2	29	77	11	67	65	0	6	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57978133--57978333	40	5.1	40	90	3	293	25	27	23	23	2.00
57978133--57978333	79	2.5	79	89	4	291	25	27	23	23	2.00
57986706--57986740	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
57986848--57986956	53	2.1	53	96	0	200	39	4	19	36	1.72
57989799--57989928	64	2.0	64	100	0	260	21	24	10	43	1.84
57991654--57991746	46	2.0	46	91	0	150	23	5	11	59	1.53
57993891--57993955	20	3.4	19	87	6	87	52	3	0	44	1.16
57993891--57993955	18	3.4	19	85	10	80	52	3	0	44	1.16
57995414--57995453	20	2.0	20	85	9	55	47	0	2	50	1.14
57998469--57998534	32	2.1	32	88	0	96	25	22	12	39	1.89
57998593--57998653	21	2.9	21	83	11	81	16	22	14	45	1.84
57998580--57998670	42	2.3	39	81	9	103	15	23	14	47	1.82
58001691--58001718	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
58002286--58002329	16	2.7	16	78	3	52	59	9	0	31	1.29
58002294--58002323	8	3.8	8	95	0	51	56	10	0	33	1.32
58002500--58002537	20	1.9	20	88	0	58	36	2	18	42	1.64
58003355--58003379	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
58003418--58003630	106	2.0	106	95	0	381	47	9	16	25	1.77
58003759--58003799	22	1.9	21	85	5	55	39	2	0	58	1.11
58006336--58006440	43	2.4	44	82	3	124	28	25	18	27	1.98
58009404--58009453	25	2.0	25	100	0	100	16	20	20	44	1.87
58013504--58013587	43	2.0	43	90	2	134	29	29	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58020646--58020895	20	12.6	19	66	16	71	54	10	16	19	1.69
58020751--58020896	20	7.3	20	68	13	77	56	8	16	18	1.66
58020752--58020897	40	3.7	41	68	13	90	56	8	16	18	1.66
58020670--58020897	60	3.8	57	74	12	183	53	10	15	20	1.71
58021372--58021424	20	2.7	20	90	0	79	60	13	3	22	1.49
58021731--58021868	20	6.8	20	72	13	86	55	7	15	21	1.65
58021731--58021868	40	3.4	41	69	9	104	55	7	15	21	1.65
58021731--58021906	20	8.8	21	69	16	81	56	8	14	20	1.63
58021831--58021906	21	3.9	19	78	15	75	57	9	10	22	1.60
58022217--58022269	18	2.8	18	82	8	52	66	1	5	26	1.25
58022293--58022346	19	2.8	20	80	2	65	53	1	3	40	1.29
58024173--58024337	71	2.3	71	84	2	195	37	18	21	23	1.94
58024733--58024935	107	1.9	107	93	0	352	46	16	4	32	1.69
58024874--58024924	18	2.9	18	72	18	54	45	15	0	39	1.47
58025248--58025291	2	22.0	2	90	0	70	50	4	0	45	1.22
58028085--58028248	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
58028085--58028282	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
58035662--58035825	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
58035662--58035859	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
58044054--58044154	28	3.5	28	81	6	96	29	12	26	30	1.93
58048481--58048570	40	2.2	40	88	0	126	20	22	25	32	1.98
58049871--58050046	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58049867--58050038	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
58053900--58054086	6	30.8	6	77	16	181	48	13	18	20	1.81
58053879--58054086	30	7.1	30	81	11	234	48	13	18	20	1.81
58053900--58054086	85	2.2	85	98	0	356	48	13	18	20	1.81
58054204--58054269	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
58054204--58054277	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
58054228--58054285	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
58054443--58054500	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
58054588--58054670	27	3.1	26	82	5	94	37	20	22	19	1.94
58054825--58054888	27	2.4	27	76	5	67	39	23	18	18	1.93
58054869--58055063	27	7.2	27	84	0	219	25	18	19	35	1.95
58055068--58055182	27	4.3	27	88	4	178	40	12	23	24	1.89
58057049--58057105	30	1.9	29	89	3	87	10	14	17	57	1.64
58057052--58057106	15	3.8	14	76	9	56	9	12	18	60	1.58
58059603--58059778	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
58059599--58059770	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
58062607--58062826	46	4.8	46	76	9	216	22	19	27	30	1.98
58062606--58062775	93	1.8	92	88	1	259	23	19	27	30	1.98
58066164--58066195	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
58066843--58066885	19	2.2	19	83	8	50	16	27	2	53	1.55
58067879--58067940	27	2.3	27	82	0	70	43	19	6	30	1.76
58067918--58068263	27	12.8	27	86	0	440	27	21	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58068255--58068344	27	3.3	27	90	0	135	34	16	21	27	1.95
58068570--58068679	27	4.0	27	89	3	150	18	24	20	36	1.95
58068787--58068845	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
58069200--58069299	6	16.3	6	70	15	71	20	18	13	49	1.80
58069200--58069290	37	2.5	37	87	0	128	19	18	12	49	1.79
58070430--58070480	8	6.4	8	83	0	66	49	19	23	7	1.74
58070430--58070480	24	2.1	24	92	0	84	49	19	23	7	1.74
58070703--58070804	29	3.6	29	81	4	118	27	15	28	28	1.96
58070703--58070813	58	1.9	58	87	1	161	27	15	28	27	1.96
58072159--58072310	56	2.7	56	76	14	150	33	22	16	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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