genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14695914--14695951	20	1.9	20	100	0	76	42	26	15	15	1.87
14701656--14701708	17	3.1	17	78	5	54	79	3	3	13	1.01
14701669--14701708	16	2.4	16	88	12	55	82	2	2	12	0.87
14713330--14713398	30	2.3	30	94	0	120	28	50	4	15	1.63
14714030--14714096	25	2.9	23	78	10	73	29	5	5	58	1.46
14716080--14716115	16	2.2	16	90	0	54	0	50	0	50	1.00
14716580--14716622	3	14.3	3	80	0	50	30	0	4	65	1.13
14717130--14717209	33	2.3	36	81	14	89	38	5	2	53	1.36
14722844--14722868	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
14723841--14723892	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
14727824--14727974	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
14735340--14735490	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
14737194--14737304	40	2.8	40	87	2	152	36	16	9	37	1.82
14738169--14738202	17	2.1	15	89	10	50	0	35	0	64	0.94
14738415--14738445	8	3.9	8	100	0	62	61	0	0	38	0.96
14742492--14742520	6	4.8	6	100	0	58	0	65	17	17	1.27
14747302--14747348	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
14747609--14747873	46	5.9	46	85	7	323	22	24	14	38	1.91
14747789--14747863	38	2.0	38	100	0	150	24	25	18	32	1.97
14752860--14752892	17	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
14754368--14754399	12	2.5	13	90	10	57	37	15	0	46	1.46
14754764--14754855	44	2.1	44	82	8	107	34	21	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14756298--14756356	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
14756490--14756526	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
14757833--14757864	9	3.7	9	91	8	57	21	0	9	68	1.17
14771912--14772028	61	1.9	60	82	5	146	46	2	5	46	1.38
14772677--14772738	25	2.5	25	89	5	90	53	3	0	43	1.17
14772782--14772851	29	2.4	29	82	2	77	54	4	0	41	1.20
14773537--14773741	104	2.0	103	87	4	297	40	18	11	30	1.86
14777732--14777793	28	2.2	29	85	5	83	25	1	3	69	1.13
14779918--14779996	37	2.1	37	100	0	158	48	7	16	27	1.73
14780986--14781267	134	2.1	134	86	0	384	32	18	17	30	1.94
14781963--14782007	18	2.5	18	88	0	72	64	6	4	24	1.37
14784294--14784874	44	13.2	45	88	3	776	24	31	15	28	1.95
14785051--14785853	131	6.1	130	79	6	803	26	26	18	28	1.98
14785051--14785853	260	3.0	261	87	4	1060	26	26	18	28	1.98
14791500--14791784	134	2.1	135	84	1	365	32	18	17	31	1.94
14792214--14792256	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
14792512--14792551	18	2.2	18	100	0	80	65	10	5	20	1.42
14794094--14794143	22	2.3	21	80	16	57	64	10	14	12	1.51
14795068--14795129	3	21.0	3	88	3	90	72	0	0	27	0.85
14796177--14796242	3	23.3	3	74	9	50	34	0	3	62	1.11
14796486--14796558	24	3.0	23	76	13	67	42	0	2	54	1.14
14799162--14799243	34	2.4	33	80	9	94	42	1	20	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14800013--14800059	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
14800320--14800470	46	3.3	47	85	3	191	19	23	15	41	1.89
14800452--14800488	18	2.1	18	100	0	74	16	21	27	35	1.94
14800410--14800534	64	2.0	64	98	0	241	21	24	18	36	1.95
14800470--14800565	46	2.1	46	100	0	192	23	23	15	36	1.94
14800364--14800565	110	1.8	110	93	0	350	21	24	16	37	1.93
14805232--14805272	19	2.3	18	84	12	50	68	2	7	21	1.26
14805257--14805410	19	8.3	18	72	17	86	62	1	3	31	1.24
14805338--14805409	10	7.5	10	67	9	51	65	1	4	29	1.20
14805328--14805478	38	3.7	38	73	21	117	62	2	6	28	1.34
14805349--14805459	48	2.3	48	84	9	138	60	1	7	30	1.34
14805421--14805478	19	3.1	18	85	7	71	63	1	8	25	1.32
14805635--14805675	20	2.0	20	86	9	57	26	0	7	65	1.18
14805648--14805720	9	7.5	10	73	14	55	28	2	1	67	1.13
14805648--14805689	20	2.1	20	82	8	50	30	0	2	66	1.04
14805678--14805720	10	4.6	9	80	8	50	25	4	0	69	1.07
14814100--14814147	23	2.1	23	85	11	64	66	2	0	31	1.03
14815157--14815206	24	2.1	24	100	0	100	30	16	8	46	1.75
14815939--14815984	15	3.1	15	96	0	83	54	19	8	17	1.68
14818689--14818736	24	2.0	24	95	0	87	29	16	10	43	1.81
14822510--14822621	23	4.6	25	75	17	76	61	0	12	25	1.31
14822508--14822650	47	3.1	45	85	11	184	62	0	12	25	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14822580--14822647	21	2.9	23	77	14	68	64	0	10	25	1.24
14822640--14822951	5	57.6	5	70	18	64	57	1	16	24	1.49
14822645--14822677	12	2.8	12	86	13	50	57	0	24	18	1.40
14822692--14822791	28	3.6	27	73	8	83	52	1	18	29	1.52
14822751--14822842	23	4.0	22	75	19	82	53	0	16	30	1.43
14822809--14822854	23	2.0	23	82	0	56	60	4	6	28	1.40
14822858--14822918	20	3.0	20	83	9	72	65	0	11	22	1.24
14822910--14822948	12	3.4	12	89	10	64	53	0	28	17	1.44
14822973--14822997	6	4.2	6	100	0	50	0	16	36	48	1.46
14830226--14830318	22	4.1	22	79	8	105	38	18	23	19	1.93
14831245--14831287	5	8.8	5	80	14	54	55	0	0	44	0.99
14832833--14832865	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
14833145--14833556	46	9.0	46	88	2	524	20	23	14	41	1.89
14833459--14833534	25	3.2	25	66	27	65	22	19	14	43	1.87
14835172--14835211	19	2.0	21	85	9	57	0	30	0	70	0.88
14835435--14835482	20	2.3	21	92	3	80	47	6	0	45	1.27
14836541--14836587	24	1.9	25	86	4	69	19	23	19	38	1.93
14839068--14839100	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
14840664--14840712	23	2.1	23	100	0	98	61	4	4	30	1.33
14840728--14841138	90	4.6	90	79	7	345	57	13	3	25	1.52
14840908--14841138	91	2.5	91	94	2	394	58	12	4	25	1.52
14841342--14841398	17	3.2	17	79	18	55	54	0	15	29	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14841401--14841470	17	3.8	17	77	15	59	67	2	12	17	1.35
14841359--14841503	56	2.6	57	76	13	156	60	1	13	24	1.41
14841395--14841482	18	4.8	18	77	10	88	64	2	11	21	1.36
14844775--14844819	16	2.9	15	80	9	54	44	11	4	40	1.60
14845160--14845194	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
14851003--14851046	2	22.5	2	90	4	72	47	0	0	52	1.00
14853287--14853403	18	6.5	18	68	20	59	32	1	1	64	1.14
14853313--14853353	20	2.0	20	85	0	55	31	0	0	68	0.90
14859944--14859994	11	3.9	13	73	17	52	49	0	0	50	1.00
14873058--14873087	5	6.0	5	96	0	51	83	0	16	0	0.65
14888708--14888745	19	1.9	19	89	5	58	42	0	13	44	1.43
14888888--14888928	3	15.0	3	80	19	54	36	0	0	63	0.95
14888886--14888930	8	5.6	8	100	0	90	37	0	0	62	0.96
14888953--14889003	5	10.4	5	95	4	95	41	0	0	58	0.98
14890271--14890327	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
14890711--14890784	21	3.5	21	83	5	78	13	20	27	39	1.90
14895372--14895421	5	10.4	5	91	8	86	42	0	0	58	0.98
14896689--14896745	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
14897129--14897203	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
14898865--14898901	18	2.0	20	84	10	51	37	0	10	51	1.37
14902506--14902540	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
14905224--14905340	35	3.3	35	80	2	128	32	24	11	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14908264--14908324	29	2.1	29	87	3	86	54	6	1	37	1.37
14908571--14908610	21	1.9	21	89	0	62	40	10	5	45	1.60
14908689--14908818	63	2.1	63	91	1	208	33	15	26	25	1.95
14915040--14915096	20	3.0	17	76	19	51	35	5	7	52	1.51
14917091--14917134	19	2.3	20	75	25	51	29	20	0	50	1.49
14922703--14922737	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
14940837--14940865	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
14951063--14951091	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
14952622--14952652	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
14953134--14953169	13	2.8	14	80	20	51	50	0	22	27	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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