genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25504345--25504493	50	3.0	50	85	3	178	18	26	19	34	1.95
25504333--25504479	25	6.0	23	71	14	98	18	23	21	36	1.95
25504388--25504531	49	2.9	48	82	6	146	18	27	19	34	1.95
25504387--25504531	25	5.8	25	73	8	84	18	26	20	34	1.96
25504907--25504956	25	2.0	25	100	0	100	40	12	8	40	1.72
25509379--25509416	20	1.9	20	88	0	58	73	0	15	10	1.09
25512204--25512344	40	3.5	40	92	1	212	24	23	28	23	2.00
25512204--25512371	80	2.1	80	83	3	205	23	22	27	25	2.00
25512595--25512675	40	2.0	40	100	0	162	32	9	20	37	1.86
25513867--25513891	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
25514267--25514415	42	3.5	43	81	4	158	22	18	27	31	1.97
25514253--25514424	43	4.0	43	79	6	168	21	16	27	34	1.95
25521001--25521069	28	2.5	28	92	2	113	44	24	10	20	1.82
25527783--25527818	18	2.0	18	89	10	56	22	5	5	66	1.34
25527785--25527839	24	2.3	24	75	15	60	23	3	1	70	1.12
25531155--25531188	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
25533298--25533447	31	4.8	31	94	0	264	30	24	16	28	1.96
25533477--25533566	42	2.1	42	95	0	162	34	20	14	31	1.92
25533714--25533781	24	2.8	25	82	13	88	25	25	25	25	2.00
25533813--25533842	15	1.9	16	93	6	53	33	13	20	33	1.91
25534583--25534647	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
25534700--25534877	27	6.6	27	79	8	119	31	8	17	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25534704--25534832	55	2.4	54	81	3	134	30	6	17	45	1.73
25534763--25534918	81	1.9	81	82	2	197	28	10	19	42	1.83
25534762--25534925	27	6.1	27	75	11	111	27	10	20	41	1.85
25534917--25535086	27	6.3	27	88	1	234	38	8	24	28	1.85
25534917--25535086	80	2.1	80	93	1	286	38	8	24	28	1.85
25534933--25535086	53	2.9	53	88	2	195	37	9	24	28	1.86
25537318--25537401	31	2.7	31	94	1	143	27	26	17	28	1.98
25537429--25537516	42	2.1	42	93	0	149	32	17	15	34	1.91
25537664--25537733	25	2.8	26	86	4	90	24	22	24	28	1.99
25538542--25538606	27	2.4	27	79	5	69	20	24	20	35	1.96
25538660--25538755	27	3.5	27	76	16	88	33	8	18	39	1.81
25538709--25538773	27	2.4	27	78	2	67	30	4	21	43	1.73
25538876--25539046	27	6.3	27	87	0	216	39	8	23	28	1.84
25538876--25539046	54	3.2	54	89	0	243	39	8	23	28	1.84
25538876--25539046	81	2.1	81	91	0	270	39	8	23	28	1.84
25538892--25539066	81	2.2	81	87	0	242	38	8	22	30	1.84
25540365--25540413	6	8.3	6	86	4	64	16	2	4	77	1.01
25540365--25540413	17	2.8	17	87	3	62	16	2	4	77	1.01
25540365--25540439	29	2.5	30	81	12	84	16	5	6	72	1.25
25548727--25548824	39	2.5	39	88	1	144	25	19	26	28	1.99
25552267--25552310	23	2.0	23	82	13	56	40	11	6	40	1.68
25561247--25561414	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25561263--25561412	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
25567026--25567059	15	2.3	15	85	5	52	5	0	26	67	1.13
25567055--25567090	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
25567055--25567088	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
25567739--25568315	88	7.0	83	71	15	299	36	18	16	27	1.93
25567907--25567968	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
25568064--25568098	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
25568116--25568645	72	6.8	73	75	13	411	33	19	17	30	1.95
25568312--25568788	165	2.9	168	89	4	725	31	20	18	29	1.96
25568484--25568645	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
25568649--25568788	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
25568588--25569190	212	2.9	209	81	10	654	35	21	16	26	1.95
25568853--25569018	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
25569018--25569280	70	3.7	71	83	5	347	37	22	14	25	1.92
25568856--25569447	262	2.3	256	95	2	1040	36	22	14	25	1.93
25576696--25576733	19	2.0	19	94	0	67	57	2	0	39	1.12
25576696--25576733	13	2.9	13	88	7	51	57	2	0	39	1.12
25576699--25576740	19	2.2	19	86	0	57	54	7	0	38	1.28
25577574--25577609	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
25577574--25577607	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
25581261--25581324	19	3.2	20	75	20	71	12	25	20	42	1.87
25581243--25581324	39	2.1	39	93	0	137	12	26	21	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25581243--25581343	39	2.6	39	87	0	121	12	25	22	38	1.90
25586937--25586967	14	2.2	14	100	0	62	51	0	0	48	1.00
25587965--25588021	28	2.0	28	100	0	114	35	17	14	33	1.90
25589160--25589230	37	1.9	37	91	8	119	25	11	14	49	1.76
25591718--25591897	91	2.0	88	94	3	315	33	13	30	22	1.92
25609425--25609466	16	2.6	16	84	0	57	40	4	14	40	1.67
25613804--25613843	19	2.2	18	90	4	62	72	0	2	25	0.97
25613798--25613853	27	2.1	26	83	3	67	73	3	1	21	1.08
25615680--25615710	8	3.9	8	100	0	62	51	0	48	0	1.00
25616262--25616320	30	1.9	31	93	3	102	67	0	5	27	1.11
25616542--25616602	30	2.1	29	84	9	79	68	3	4	22	1.23
25616409--25617315	145	6.1	149	76	13	692	56	6	8	29	1.54
25616997--25617060	15	4.4	14	70	18	51	68	1	6	23	1.21
25617091--25617132	22	2.0	22	90	4	68	59	7	0	33	1.25
25616409--25617313	300	3.1	293	85	8	1105	56	6	8	29	1.54
25619179--25619319	72	2.0	72	91	0	228	20	26	19	34	1.96
25623460--25623521	15	3.8	16	74	17	56	1	32	0	66	1.02
25624027--25624119	29	3.2	29	78	1	98	17	32	6	44	1.74
25627925--25627954	16	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
25630792--25630855	14	4.7	14	74	11	53	67	4	9	18	1.37
25631067--25631100	17	2.0	17	94	0	59	55	0	8	35	1.31
25631191--25631612	3	138.7	3	71	12	254	60	3	7	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25635114--25635267	54	3.0	51	75	13	145	25	32	7	34	1.83
25636160--25636222	21	3.1	19	81	9	72	55	9	1	33	1.42
25636167--25636200	15	2.3	15	94	0	59	52	11	0	35	1.38
25641662--25641700	17	2.3	17	86	0	51	56	5	0	38	1.22
25641939--25642029	21	4.7	20	76	22	88	59	3	1	36	1.21
25642006--25642053	24	2.0	24	87	0	69	56	2	2	39	1.23
25642302--25642364	33	1.9	32	81	9	74	65	1	4	28	1.22
25642939--25642976	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
25644168--25644394	68	3.2	72	82	9	275	34	21	15	28	1.94
25652700--25652739	4	10.0	4	88	0	62	50	2	22	25	1.62
25656331--25656396	34	1.9	34	84	6	89	57	7	10	24	1.58
25656592--25656652	21	3.0	19	77	18	61	52	8	4	34	1.53
25656599--25656632	15	2.3	15	89	0	50	50	11	2	35	1.54
25657280--25657311	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
25657588--25657663	28	2.9	25	81	11	98	59	1	2	36	1.20
25657557--25657678	27	4.7	26	76	11	108	58	3	1	36	1.24
25657741--25657772	9	3.6	9	91	0	55	65	3	0	31	1.08
25658310--25658371	2	31.5	2	90	3	99	46	0	3	50	1.17
25662367--25662410	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
25662430--25662471	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
25662434--25662470	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
25662488--25662557	15	4.6	15	72	17	56	50	1	0	48	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25663707--25663798	46	2.0	46	100	0	184	28	8	17	45	1.78
25663859--25663910	27	1.9	27	88	0	77	30	25	11	32	1.91
25678353--25678399	2	23.5	2	95	0	85	51	2	0	46	1.13
25680540--25680568	15	1.9	15	100	0	58	82	3	0	13	0.79
25680536--25680572	10	3.5	11	86	13	51	86	2	0	10	0.67
25680536--25680595	20	2.9	21	80	14	70	78	5	0	16	0.92
25681934--25682001	9	7.6	9	80	6	84	44	19	8	27	1.80
25682060--25682097	18	2.1	18	90	0	58	10	2	44	42	1.52
25688482--25688525	20	2.3	19	81	11	54	43	0	6	50	1.29
25689274--25689331	30	1.9	30	93	6	100	25	3	22	48	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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