genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83131649--83131867	83	2.6	83	81	5	226	34	8	19	37	1.81
83148130--83148163	17	2.0	17	94	0	59	23	26	0	50	1.50
83149092--83149162	33	2.2	33	87	5	99	35	0	8	56	1.30
83149120--83149212	27	3.6	25	81	4	89	36	2	4	56	1.31
83149120--83149166	3	15.7	3	78	8	51	36	0	4	59	1.17
83153939--83154006	36	1.9	34	82	14	84	51	2	1	44	1.25
83153994--83154023	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
83154136--83154173	13	3.0	13	84	3	51	55	7	2	34	1.43
83156771--83156846	36	2.1	37	95	2	136	38	21	7	32	1.82
83160920--83160955	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
83161479--83161512	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
83161685--83161788	47	2.2	47	89	0	154	18	22	21	38	1.93
83161916--83161986	18	3.9	18	71	15	56	32	9	14	43	1.78
83162003--83162066	18	3.6	18	78	0	74	40	10	10	37	1.76
83161993--83162075	36	2.3	36	85	0	103	39	8	12	39	1.73
83168147--83168212	34	2.0	33	82	8	80	22	22	24	30	1.99
83169921--83170085	43	3.9	42	76	12	174	32	27	19	20	1.97
83169929--83170085	86	1.8	85	85	9	221	31	27	19	21	1.97
83182296--83182380	25	3.2	25	66	23	66	23	25	15	35	1.94
83182232--83182396	54	2.8	60	80	13	216	22	24	18	35	1.96
83182383--83182504	47	2.6	47	96	0	217	25	23	13	36	1.92
83192060--83192445	48	8.0	48	97	0	691	34	6	27	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83192586--83192725	37	3.8	37	94	0	244	22	20	32	23	1.98
83195523--83195599	27	2.9	27	92	0	127	37	12	15	33	1.86
83195610--83195764	27	5.6	27	84	7	186	37	16	20	25	1.93
83195637--83195747	58	1.9	58	94	0	195	35	17	20	27	1.95
83196158--83196226	18	3.8	18	72	11	52	23	24	15	36	1.94
83201441--83201489	16	3.1	16	100	0	98	36	18	20	24	1.94
83211133--83211188	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
83212786--83212926	27	5.2	26	88	6	192	15	23	24	36	1.94
83212786--83212926	54	2.6	54	93	2	230	15	23	24	36	1.94
83218193--83218274	26	3.2	26	94	0	146	32	7	24	35	1.83
83219872--83219954	27	3.1	27	81	10	98	18	22	22	36	1.95
83221991--83222037	24	2.0	25	88	12	73	53	10	0	36	1.36
83227223--83227332	41	2.7	41	81	0	112	22	33	21	21	1.97
83227294--83227358	29	2.2	29	83	0	76	26	29	18	26	1.98
83227315--83227445	41	3.2	41	84	0	154	25	31	21	22	1.98
83227344--83227463	41	2.9	41	83	2	152	25	30	23	21	1.99
83233389--83233434	14	2.9	17	68	18	53	41	0	15	43	1.46
83240980--83241343	47	7.8	45	71	13	193	29	20	29	20	1.98
83241011--83241343	94	3.5	93	76	11	322	30	20	29	19	1.97
83243050--83243127	26	2.9	26	77	7	75	26	15	16	41	1.88
83246023--83246064	22	1.9	22	85	9	59	64	23	0	11	1.27
83251516--83251618	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83259123--83259245	40	3.0	40	90	1	201	26	23	17	32	1.97
83259545--83259659	21	5.4	21	74	7	90	22	0	35	40	1.60
83259545--83259665	7	17.0	7	70	12	68	22	0	35	41	1.60
83259760--83259786	14	1.9	14	100	0	54	18	0	37	44	1.50
83259758--83259843	22	4.0	22	72	4	59	24	0	30	45	1.54
83259813--83259850	15	2.6	14	88	8	58	21	0	36	42	1.53
83259842--83259891	21	2.4	21	80	6	57	16	2	44	38	1.59
83260656--83260712	7	8.0	7	86	3	60	57	1	0	40	1.09
83260629--83260700	8	8.9	8	76	22	62	62	4	0	33	1.14
83260800--83260842	17	2.5	18	85	7	54	72	0	2	25	0.97
83267085--83267132	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
83271060--83271184	6	20.3	6	66	16	60	48	12	18	20	1.79
83271081--83271184	31	3.4	31	90	0	163	48	11	19	21	1.80
83271303--83271362	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
83271359--83271406	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
83271727--83272108	27	14.1	27	86	0	440	41	7	20	30	1.80
83271727--83272108	81	4.7	81	87	0	485	41	7	20	30	1.80
83272085--83272254	27	6.3	27	79	8	132	28	10	22	38	1.86
83272070--83272254	54	3.5	53	79	6	194	30	9	22	36	1.87
83272085--83272260	81	2.2	80	78	5	194	29	9	22	38	1.86
83287084--83287258	46	3.8	46	76	13	196	30	27	20	21	1.98
83287092--83287262	93	1.8	93	93	0	297	30	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83287680--83287739	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
83290202--83290282	27	3.0	27	78	5	76	22	24	17	35	1.95
83292198--83292245	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
83292289--83292347	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
83292398--83292540	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
83292398--83292540	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
83292398--83292541	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
83292732--83292826	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
83299709--83299756	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
83299803--83299858	20	2.8	20	88	0	76	37	10	19	32	1.86
83299822--83299858	11	3.5	11	78	14	51	37	8	18	35	1.81
83299909--83300051	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
83299909--83300051	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
83299909--83300052	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
83300243--83300337	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
83304429--83304649	39	5.6	40	81	6	247	28	21	20	29	1.98
83304361--83304643	78	3.6	77	78	9	252	30	22	18	28	1.97
83307540--83307569	13	2.3	13	94	0	51	20	46	26	6	1.75
83316955--83317003	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
83317826--83317976	40	3.8	40	80	6	164	25	21	27	24	1.99
83317862--83317992	40	3.3	40	81	4	158	23	21	27	27	1.99
83324963--83325011	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83325830--83325980	40	3.8	40	80	6	164	25	21	27	24	1.99
83333166--83333234	24	3.0	23	81	12	70	59	0	39	1	1.06
83335571--83335597	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
83337135--83337167	15	2.2	15	94	0	57	27	12	30	30	1.92
83350387--83350590	40	5.1	39	85	5	230	24	22	27	25	1.99
83358387--83358591	40	5.1	39	83	7	214	25	21	27	24	1.99
83358387--83358591	81	2.5	80	80	6	243	25	21	27	24	1.99
83366367--83366570	40	5.1	39	85	5	230	24	22	27	25	1.99
83366874--83367022	75	2.0	73	97	2	280	21	19	18	40	1.91
83369486--83369532	18	2.5	19	82	6	60	46	8	12	31	1.72
83370821--83370862	13	3.2	13	84	15	52	59	9	0	30	1.29
83370821--83370862	12	3.2	12	81	18	57	59	9	0	30	1.29
83372400--83372432	15	2.2	15	94	0	57	27	12	30	30	1.92
83373004--83373033	15	2.0	15	93	0	51	43	33	0	23	1.54
83375292--83375349	28	2.1	28	100	0	116	17	13	6	62	1.52
83378813--83378840	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
83388858--83388905	10	4.9	10	82	12	64	70	2	8	18	1.22
83389603--83389786	99	1.9	99	85	0	260	33	27	14	25	1.94
83389593--83389798	99	2.1	98	79	3	232	34	24	13	28	1.92
83390607--83390677	16	4.5	17	77	13	80	77	0	2	19	0.89
83390607--83390678	5	13.8	5	78	16	67	77	0	2	19	0.88
83390607--83390678	21	3.5	20	76	17	67	77	0	2	19	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83390623--83390680	6	9.8	6	82	12	52	79	0	1	18	0.82
83397452--83397523	35	2.1	35	97	0	135	36	12	23	27	1.91
83397487--83397648	46	3.5	46	85	1	200	41	16	22	20	1.90
83400114--83400171	10	5.9	10	80	11	75	67	1	12	18	1.31
83404935--83404975	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
83412234--83412266	15	2.2	15	94	0	57	27	12	30	30	1.92
83414346--83414402	17	3.2	17	73	14	53	57	3	3	35	1.33
83414514--83414543	15	1.9	16	93	6	53	40	0	33	26	1.57
83414802--83414858	30	1.9	30	88	0	87	42	0	36	21	1.53
83418060--83418195	26	5.2	26	98	0	245	33	4	25	37	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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