genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54704322--54704384	33	1.9	33	96	0	117	34	15	4	44	1.68
54724923--54725097	46	3.8	47	87	8	229	27	20	30	21	1.98
54727833--54727877	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
54731444--54731487	21	2.1	21	91	8	72	43	11	11	34	1.77
54736046--54736100	25	2.2	25	86	0	74	52	12	5	29	1.61
54737650--54737775	9	13.7	9	67	19	64	64	2	3	29	1.24
54737703--54737775	20	3.8	20	78	10	80	63	2	5	28	1.31
54737697--54737775	29	2.8	29	80	7	81	64	2	5	27	1.27
54737956--54738084	9	13.9	9	73	16	77	31	3	3	61	1.30
54737956--54738084	19	6.9	18	70	17	77	31	3	3	61	1.30
54738000--54738085	26	3.2	27	83	11	122	33	1	3	61	1.20
54742151--54742221	23	3.0	23	95	4	133	33	8	29	28	1.86
54742151--54742224	24	3.1	24	98	1	141	35	8	28	28	1.86
54742535--54742559	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
54742971--54743029	30	1.9	30	82	3	73	49	1	22	27	1.59
54743280--54743311	8	4.1	8	92	8	57	25	0	0	75	0.81
54746753--54746785	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
54746916--54746956	20	2.0	20	85	0	55	43	14	19	21	1.87
54754881--54755047	40	4.2	39	86	5	212	23	22	28	25	1.99
54754881--54755048	79	2.1	80	83	7	218	24	22	27	25	1.99
54762954--54763120	40	4.2	40	87	1	230	23	21	29	25	1.99
54765554--54765630	28	2.8	28	89	0	109	32	12	28	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54766020--54766070	25	2.0	25	81	7	59	35	1	25	37	1.67
54767057--54767085	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
54770567--54770613	20	2.2	20	85	7	58	34	4	6	55	1.45
54772086--54772276	104	1.8	104	85	0	265	22	28	24	24	1.99
54775902--54776024	43	2.9	42	82	2	165	27	15	26	30	1.96
54784629--54784883	55	4.8	53	79	8	243	36	17	25	21	1.94
54785075--54785105	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
54786829--54786973	42	3.5	42	82	3	175	19	35	22	23	1.96
54786829--54786998	84	2.0	84	80	4	191	17	34	22	25	1.96
54788502--54788541	19	2.2	18	86	4	53	40	2	0	57	1.12
54788904--54788945	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
54791809--54791990	78	2.3	80	84	6	228	26	27	21	24	1.99
54791807--54791990	40	4.6	39	84	6	221	26	27	21	24	1.99
54795640--54795677	20	1.9	20	94	0	67	18	15	31	34	1.92
54798494--54798552	28	2.1	28	93	0	100	40	10	10	38	1.73
54802659--54802705	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
54816548--54816589	2	21.0	2	90	0	66	50	4	0	45	1.23
54816758--54816819	29	2.1	29	90	0	97	37	3	14	45	1.61
54817524--54817633	35	3.2	33	74	14	105	43	19	16	20	1.88
54817521--54817660	35	4.0	35	72	11	99	42	17	17	22	1.89
54818568--54818601	15	2.3	15	94	0	59	58	5	14	20	1.57
54818596--54818642	16	2.9	16	90	0	76	63	4	4	27	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54843008--54843141	53	2.5	53	90	2	198	29	27	17	26	1.97
54848075--54848115	20	2.0	21	85	4	57	26	7	12	53	1.64
54854428--54854612	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
54854421--54854612	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
54858327--54858351	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
54860097--54860640	140	4.0	140	81	5	630	31	22	20	25	1.98
54860131--54860640	141	3.7	140	81	5	571	31	23	19	25	1.98
54860365--54860626	126	2.1	127	85	0	355	32	22	19	25	1.98
54860879--54860926	23	2.0	24	88	4	71	33	0	4	62	1.14
54860881--54860932	23	2.3	22	78	12	61	34	0	3	61	1.14
54861416--54861449	12	3.0	11	87	8	50	0	11	2	85	0.71
54861411--54861452	14	3.1	14	79	3	50	0	14	2	83	0.75
54861638--54861720	38	2.2	38	91	4	134	27	14	14	43	1.84
54864760--54864804	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
54869049--54869091	22	1.9	22	85	4	59	37	0	0	62	0.95
54869182--54869223	17	2.4	18	76	11	52	66	0	2	30	1.04
54870221--54870245	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
54872742--54872776	11	3.1	11	91	4	52	8	11	11	68	1.39
54874412--54874498	45	1.9	45	88	0	129	25	14	24	35	1.94
54883462--54883508	20	2.4	20	89	3	69	19	8	2	70	1.24
54888638--54888674	18	2.1	18	100	0	74	45	27	0	27	1.54
54889102--54889146	23	2.0	22	86	4	63	35	2	15	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54889360--54889389	15	1.9	16	93	6	53	10	3	33	53	1.51
54897585--54897677	33	2.8	33	76	0	87	35	13	19	31	1.91
54899363--54899545	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
54906796--54906978	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
54911384--54911499	39	3.0	39	88	0	169	23	18	30	27	1.98
54919714--54919822	37	2.9	37	82	6	137	33	9	11	44	1.73
54919714--54919838	39	3.3	39	81	8	141	33	8	12	45	1.72
54921595--54921891	161	1.8	161	88	0	459	24	18	19	37	1.93
54921972--54922024	25	2.1	26	85	3	72	37	13	7	41	1.72
54929746--54929776	16	1.9	16	93	0	53	67	6	9	16	1.39
54931972--54932102	30	4.5	30	87	8	180	32	13	25	28	1.94
54931972--54932102	58	2.2	58	87	4	183	32	13	25	28	1.94
54934616--54934654	21	1.9	20	94	5	69	25	10	28	35	1.89
54939846--54939976	30	4.5	30	87	8	180	32	13	25	28	1.94
54939846--54939976	58	2.2	58	87	4	183	32	13	25	28	1.94
54942485--54942562	39	2.0	39	100	0	156	20	15	33	30	1.94
54947732--54947832	28	3.5	30	85	6	136	31	13	25	28	1.94
54947732--54947836	29	3.6	29	76	13	108	31	13	25	29	1.94
54953876--54954042	43	3.9	42	77	9	142	30	25	14	29	1.95
54957983--54958084	20	5.2	20	79	11	86	48	7	9	34	1.65
54957985--54958076	21	4.7	20	80	10	82	45	8	10	34	1.70
54958003--54958061	18	3.1	18	75	13	64	49	5	11	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54957983--54958076	38	2.4	42	77	10	108	45	8	10	35	1.69
54957985--54958061	39	2.0	39	84	2	102	46	7	11	33	1.69
54958095--54958282	103	1.8	103	81	4	236	32	13	13	39	1.84
54971412--54971542	29	4.6	29	82	3	140	24	16	32	25	1.96
54971412--54971483	28	2.5	29	95	2	128	26	15	30	27	1.96
54977453--54977495	19	2.2	19	84	12	52	55	9	4	30	1.52
54979593--54979626	17	1.9	18	88	5	52	11	2	8	76	1.12
54979981--54980021	8	5.4	8	88	5	59	29	0	2	68	1.03
54979980--54980028	7	6.9	7	81	9	55	28	0	2	69	1.00
54980683--54980725	18	2.5	17	78	14	52	48	11	4	34	1.60
54985235--54985382	33	4.4	33	68	9	93	28	26	14	30	1.95
54985235--54985451	101	2.1	101	87	0	299	29	25	14	30	1.95
54993467--54993567	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
55001377--55001477	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
55008309--55008335	12	2.2	12	100	0	54	29	25	44	0	1.54
55008325--55008380	28	2.0	29	85	3	78	19	19	41	19	1.91
55017601--55017641	14	3.1	14	83	13	52	53	0	0	46	1.00
55017765--55017816	9	5.9	9	72	4	52	50	0	5	44	1.26
55017760--55017797	17	2.2	17	95	0	67	50	0	7	42	1.31
55019156--55019209	27	2.0	27	92	0	90	40	12	12	33	1.82
55021113--55021185	24	3.0	24	83	4	92	28	32	15	23	1.95
55028862--55028934	24	3.0	24	83	4	92	28	32	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55039405--55039664	33	7.8	33	71	8	114	28	24	15	31	1.96
55039436--55039664	101	2.3	101	87	0	332	28	25	15	31	1.96
55051467--55051501	12	2.9	12	91	0	61	34	25	40	0	1.56
55058990--55059088	28	3.5	29	91	5	159	33	27	11	28	1.91
55060172--55060209	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
55066764--55066862	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
55069647--55069698	9	5.9	9	72	4	52	50	0	5	44	1.26
55069642--55069679	17	2.2	17	95	0	67	50	0	7	42	1.31
55071039--55071090	27	1.9	27	92	0	86	44	11	11	32	1.77
55074329--55074388	29	2.1	29	90	6	95	16	0	23	60	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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