genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77190616--77190677	23	2.8	21	80	9	70	29	12	54	3	1.53
77190616--77190679	22	2.9	22	81	9	76	29	12	54	3	1.53
77192363--77192449	44	2.0	45	95	2	158	25	24	24	26	2.00
77192363--77192488	44	2.9	44	83	6	123	28	21	22	27	1.99
77194228--77194341	31	3.5	31	89	8	147	23	21	14	40	1.90
77194205--77194367	38	4.4	38	84	11	232	22	22	17	38	1.93
77194228--77194367	69	2.0	69	98	0	271	23	21	15	39	1.92
77194559--77194653	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
77194559--77194652	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
77194704--77194763	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
77194806--77194853	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77202579--77202692	31	3.5	31	89	8	147	23	21	14	40	1.90
77202556--77202718	38	4.4	38	84	11	232	22	22	17	38	1.93
77202579--77202718	69	2.0	69	98	0	271	23	21	15	39	1.92
77202910--77203004	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
77202910--77203003	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
77203055--77203114	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
77203157--77203204	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77207155--77207338	67	2.8	64	76	8	185	28	15	31	23	1.96
77208425--77208457	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
77214424--77214521	28	3.5	29	78	9	96	28	16	25	29	1.97
77218016--77218177	45	3.6	45	89	3	231	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77222123--77222287	24	7.0	24	91	4	257	29	22	20	27	1.99
77222123--77222287	47	3.5	48	90	6	257	29	22	20	27	1.99
77222343--77222386	20	2.2	20	95	0	79	29	18	15	36	1.92
77224055--77224164	40	2.8	40	84	0	139	27	23	25	23	2.00
77225691--77225738	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
77226970--77227309	27	12.7	27	83	4	321	39	8	22	29	1.84
77226970--77227309	54	6.3	53	82	5	362	39	8	22	29	1.84
77226972--77227309	81	4.2	81	83	3	405	39	8	22	28	1.84
77230390--77230570	23	7.9	24	90	9	299	29	20	21	28	1.98
77230368--77230570	90	2.3	90	89	10	326	28	21	21	28	1.99
77230630--77230686	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
77230626--77230688	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
77232009--77232348	27	12.6	27	86	6	404	40	9	22	27	1.85
77232010--77232348	81	4.2	82	86	5	458	39	9	22	27	1.85
77235435--77235481	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
77235435--77235481	20	2.5	19	83	10	69	78	4	0	17	0.90
77235501--77235568	9	7.6	9	88	0	100	26	8	19	45	1.79
77247443--77247564	47	2.6	48	85	1	165	34	28	11	25	1.91
77249095--77249135	16	2.6	16	92	3	66	65	2	12	19	1.36
77257997--77258114	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77257965--77258128	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77265105--77265222	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77265073--77265236	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77266959--77267213	40	6.5	40	85	4	297	24	28	23	23	1.99
77266959--77267213	79	3.2	78	84	6	293	24	28	23	23	1.99
77270713--77270930	48	4.5	48	80	0	175	25	18	27	27	1.98
77270711--77270930	96	2.3	96	83	1	253	25	18	28	28	1.98
77270773--77270961	96	2.0	95	80	8	213	26	18	27	27	1.98
77283446--77283479	17	1.9	18	94	5	61	17	29	38	14	1.90
77284840--77284903	31	2.1	31	84	0	83	23	21	14	40	1.90
77285096--77285284	24	8.0	24	92	4	296	29	22	20	28	1.98
77285343--77285419	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
77285339--77285421	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
77285339--77285410	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
77285458--77285505	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
77286657--77286724	27	2.5	27	83	4	84	22	25	17	35	1.95
77286776--77286827	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
77286864--77287017	80	1.9	80	84	2	202	27	7	22	42	1.81
77286784--77287031	54	4.6	53	72	13	166	29	8	20	41	1.82
77286838--77287031	27	7.2	27	75	10	139	28	8	22	40	1.83
77287009--77287142	27	5.0	27	86	3	171	41	8	20	28	1.83
77286983--77287142	54	3.0	53	84	3	169	40	8	20	31	1.82
77287108--77287183	38	2.0	38	86	0	107	36	5	32	25	1.78
77287137--77287204	27	2.5	28	90	4	97	36	4	30	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77287054--77287231	92	1.9	92	80	2	205	37	8	25	28	1.86
77287145--77287204	27	2.2	27	93	0	102	35	5	31	28	1.79
77287210--77287299	27	3.3	27	85	3	119	32	11	16	40	1.84
77287210--77287314	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
77290005--77290068	31	2.1	31	87	0	92	23	23	14	39	1.91
77290261--77290401	23	6.0	24	91	5	218	28	22	21	27	1.99
77290261--77290400	47	3.0	47	90	7	214	28	22	21	27	1.99
77290460--77290536	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
77290456--77290538	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
77290456--77290527	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
77291777--77291844	27	2.5	27	83	4	84	23	25	17	33	1.96
77291897--77291948	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
77291895--77292153	54	4.8	54	73	9	177	30	10	20	38	1.85
77291905--77292153	27	9.1	27	75	9	141	29	9	20	40	1.84
77291957--77292151	81	2.4	80	77	7	214	28	9	22	39	1.86
77292132--77292267	27	5.0	27	85	0	164	39	9	22	27	1.85
77292221--77292302	38	2.2	38	84	0	101	39	7	30	23	1.82
77292259--77292326	27	2.5	27	95	0	118	35	5	32	26	1.81
77292332--77292420	27	3.3	27	81	4	101	31	10	16	41	1.82
77292315--77292420	27	4.0	27	78	6	92	30	10	19	39	1.85
77292350--77292429	27	2.9	27	83	5	90	33	11	15	40	1.82
77294465--77294540	25	3.2	25	66	27	74	22	21	13	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77294202--77294608	46	8.8	46	94	0	582	20	23	14	41	1.90
77302028--77302123	27	3.6	27	80	8	97	42	18	10	28	1.83
77304606--77304732	57	2.2	57	81	1	139	29	19	6	44	1.75
77304631--77304751	57	2.1	57	83	4	154	26	23	5	44	1.75
77315175--77315268	46	2.1	45	88	4	136	31	28	18	21	1.96
77315814--77315850	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
77320307--77320491	79	2.3	82	84	7	238	27	26	22	24	2.00
77320288--77320491	40	5.1	40	81	8	238	26	26	22	25	2.00
77322978--77323123	43	3.5	42	84	6	181	32	21	17	28	1.96
77329529--77329675	43	3.4	43	88	0	222	33	17	15	34	1.91
77330900--77330987	6	14.3	6	73	17	74	47	13	18	20	1.82
77330909--77330987	31	2.5	31	89	0	113	48	12	18	20	1.81
77330914--77330984	25	2.9	23	82	16	72	46	14	19	19	1.84
77331105--77331212	27	4.0	26	84	5	108	36	21	22	20	1.96
77331105--77331212	54	2.0	53	82	5	128	36	21	22	20	1.96
77332860--77333067	40	5.2	39	81	2	209	25	26	22	25	2.00
77332860--77333065	80	2.6	81	81	7	233	25	27	22	24	2.00
77340861--77341068	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
77340861--77341066	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
77349808--77349908	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
77355108--77355208	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
77361555--77361657	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77364721--77364826	6	17.3	6	77	11	108	50	15	16	18	1.79
77364721--77364826	31	3.5	31	83	3	126	50	15	16	18	1.79
77364944--77365041	27	3.7	26	81	6	97	35	18	22	23	1.95
77365174--77365225	27	1.9	27	88	7	79	36	15	23	25	1.93
77365616--77365783	54	3.1	54	83	1	203	23	20	19	36	1.95
77365615--77365783	27	6.3	27	82	1	178	23	20	20	36	1.95
77367663--77367768	6	17.3	6	75	14	101	49	15	16	18	1.80
77367663--77367768	31	3.5	31	84	6	128	49	15	16	18	1.80
77367886--77367983	27	3.7	26	81	6	97	35	18	22	23	1.95
77368116--77368167	27	1.9	27	88	7	79	36	15	23	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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