Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  19  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7113542--7113591
23
2.2
24
89
7
77
42
38
8
12
1.71
7114634--7114666
13
2.4
14
85
15
50
0
12
15
72
1.12
7114998--7115066
21
3.4
20
73
16
70
55
5
1
37
1.33
7117001--7117046
23
2.0
23
84
12
60
19
2
4
73
1.10
7117579--7117604
13
2.0
13
100
0
52
61
0
0
38
0.96
7118977--7119027
23
2.2
24
82
10
61
19
1
7
70
1.21
7118976--7119030
24
2.3
24
78
15
60
21
1
7
69
1.23
7129404--7129443
17
2.4
16
84
8
53
22
2
10
65
1.35
7131770--7131827
24
2.4
24
83
11
66
36
0
0
63
0.94
7131770--7131831
22
2.6
22
82
17
72
37
0
0
62
0.95
7132055--7132108
3
18.0
3
88
7
83
68
0
31
0
0.90
7133178--7133209
5
6.6
5
92
7
57
18
0
0
81
0.70
7133178--7133208
9
3.3
9
91
8
53
19
0
0
80
0.71
7137612--7137643
5
6.6
5
92
7
57
18
0
0
81
0.70
7137612--7137642
9
3.3
9
91
8
53
19
0
0
80
0.71
7138627--7138673
18
2.7
17
80
6
58
63
0
0
36
0.94
7138638--7138698
22
2.6
22
80
14
70
62
0
0
37
0.96
7143452--7143482
16
1.9
16
93
0
53
61
9
3
25
1.42
7143498--7143541
22
2.0
22
90
0
70
47
6
6
38
1.57
7143501--7143550
22
2.3
22
79
6
57
52
10
6
32
1.59
7161739--7161791
20
2.7
20
80
13
65
33
3
0
62
1.13
7177235--7177263
12
2.3
13
94
5
51
3
27
0
68
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7178943--7179003
31
2.0
31
86
0
86
39
3
11
45
1.57
7181684--7181723
21
1.9
21
89
0
62
77
0
5
17
0.94
7196420--7196449
14
2.1
14
93
0
51
43
0
10
46
1.37
7196521--7196594
35
2.2
35
85
9
100
50
6
8
35
1.59
7202174--7202203
12
2.4
12
94
5
51
90
0
10
0
0.47
7202462--7202586
62
2.0
62
100
0
250
29
22
16
32
1.95
7218630--7218690
32
1.9
32
89
0
95
47
1
9
40
1.46
7230804--7230864
31
2.0
31
100
0
122
39
0
4
55
1.21
7233075--7233151
29
2.5
31
75
8
77
44
9
3
42
1.54
7262109--7262148
21
1.9
21
90
10
64
67
15
0
17
1.23
7262671--7262698
14
2.0
14
100
0
56
7
7
7
78
1.09
7269490--7269559
20
3.5
19
75
11
52
51
2
1
44
1.25
7270415--7270444
6
5.0
6
100
0
60
33
0
33
33
1.58
7277029--7277088
24
2.4
25
86
10
88
48
3
8
40
1.50
7277662--7277691
14
2.1
14
100
0
60
10
40
0
50
1.36
7284816--7284863
24
2.0
24
84
8
62
35
0
8
56
1.30
7286654--7286690
6
6.2
6
96
0
56
10
16
16
56
1.66
7286650--7286688
12
3.2
12
92
0
60
7
17
17
56
1.64
7294961--7294985
1
25.0
1
100
0
50
100
0
0
0
0.00
7307424--7307486
32
2.0
32
93
3
110
23
14
6
55
1.62
7308181--7308241
21
2.9
21
78
4
61
45
0
1
52
1.10
7308627--7308660
9
3.8
9
88
0
50
26
0
0
73
0.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7308713--7308769
22
2.7
22
78
10
57
22
0
7
70
1.11
7308739--7308790
27
2.0
25
85
7
68
30
0
5
63
1.18
7316818--7316842
7
3.6
7
100
0
50
68
32
0
0
0.90
7320552--7320713
46
3.5
46
90
0
243
43
15
22
18
1.87
7323040--7323147
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
7329180--7329287
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
7335583--7338920
795
4.2
796
84
4
4009
31
21
19
28
1.97
7339987--7340055
21
3.4
21
73
15
72
37
1
5
55
1.33
7341461--7341526
24
2.8
24
97
2
125
7
7
40
43
1.61
7343310--7343341
15
2.1
15
94
0
55
34
31
3
31
1.73
7346922--7347111
95
2.0
94
86
2
263
37
13
5
43
1.68
7347308--7347342
2
18.0
2
94
5
63
48
0
0
51
1.00
7363439--7363514
35
2.1
36
88
7
111
34
9
7
48
1.64
7366530--7366589
30
2.0
30
93
0
102
21
35
26
16
1.95
7376726--7376816
35
2.6
35
96
0
164
35
27
8
28
1.87
7384198--7384288
35
2.6
35
96
0
164
35
27
8
28
1.87
7384144--7384250
55
2.0
54
85
9
146
31
26
9
32
1.88
7390166--7390321
2
82.5
2
70
13
107
44
0
53
1
1.08
7390184--7390308
46
2.8
46
81
11
143
44
0
54
0
1.05
7390411--7390619
109
2.0
101
84
12
275
42
0
35
21
1.59
7390596--7390775
2
92.0
2
74
4
107
40
0
57
2
1.11
7390600--7390640
21
1.9
22
90
5
66
34
0
63
2
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7390595--7390772
39
4.6
38
76
8
146
39
0
58
2
1.11
7390843--7390897
2
29.0
2
76
10
53
47
0
50
1
1.11
7392991--7393016
5
5.2
5
100
0
52
38
0
42
19
1.51
7395533--7395681
36
4.1
36
92
1
226
43
10
17
28
1.81
7398437--7398544
54
1.9
54
83
9
137
37
17
11
34
1.85
7400624--7400655
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
7410528--7410570
21
2.0
21
100
0
86
27
18
13
39
1.89
7419435--7419488
28
1.9
28
100
0
108
50
12
18
18
1.78
7422265--7422305
13
3.2
13
93
3
66
48
0
0
51
1.00
7437468--7437502
17
2.1
17
88
0
52
5
14
5
74
1.19
7437532--7437565
13
2.6
13
90
0
50
52
0
2
44
1.16
7437689--7437723
17
2.0
18
88
5
54
25
17
0
57
1.40
7443905--7443965
32
1.9
32
82
0
77
32
13
8
45
1.72
7444941--7445028
10
8.8
10
70
17
58
25
3
3
68
1.21
7445503--7445535
17
2.1
16
88
11
50
30
0
0
69
0.88
7445581--7445635
22
2.5
22
85
2
67
21
0
10
67
1.21
7445610--7445657
26
1.9
24
83
8
60
29
0
8
62
1.24
7448005--7448045
13
3.2
13
78
21
50
39
9
9
41
1.71
7448746--7448786
21
2.0
21
85
0
55
12
24
4
58
1.53
7455669--7455709
18
2.2
19
86
4
57
31
0
7
60
1.24
7469355--7469599
124
2.0
124
96
0
454
44
13
11
30
1.78
7476618--7476660
12
3.5
12
78
6
50
44
2
2
51
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7477136--7477201
27
2.4
27
87
5
89
19
3
33
43
1.66
7477855--7477890
16
2.3
15
90
4
54
88
2
8
0
0.59
7477839--7477950
44
2.5
45
79
15
117
75
16
4
3
1.10
7477886--7477918
15
2.3
15
90
10
52
66
27
0
6
1.15
7477840--7477964
57
2.2
57
81
8
139
74
16
4
4
1.16
7484780--7485013
129
1.8
129
94
0
414
32
13
8
45
1.73
7485305--7485329
12
2.1
12
100
0
50
52
24
8
16
1.70
7488255--7488287
12
2.6
13
90
4
50
63
3
0
33
1.10
7499555--7499585
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
7502392--7502444
19
2.8
19
79
0
61
62
1
3
32
1.24
7504508--7504547
2
20.0
2
94
0
71
52
0
0
47
1.00
7504580--7504625
22
2.2
21
84
7
58
52
8
6
32
1.58
7505326--7505389
22
2.7
22
76
11
56
64
3
3
29
1.24
7505324--7505395
26
2.6
29
70
18
73
65
2
2
29
1.21
7505783--7505858
23
3.3
23
80
10
77
57
1
5
35
1.29
7505782--7505859
21
3.6
21
72
24
63
57
1
5
35
1.29
7506466--7506518
8
6.6
8
84
6
72
1
9
1
86
0.71
7506468--7506520
15
3.5
15
87
5
70
3
9
1
84
0.81
7507923--7508242
87
3.7
87
92
1
520
35
18
19
26
1.95
7514182--7514435
46
6.0
40
83
13
275
36
15
25
22
1.94
7514259--7514475
46
4.7
46
91
1
310
39
15
24
21
1.91
7514736--7514782
25
2.0
25
83
8
62
53
4
14
27
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7523940--7523985
22
2.2
21
84
7
58
52
8
6
32
1.58
7524683--7524744
22
2.7
22
77
7
61
66
3
3
27
1.23
7524939--7525055
31
3.9
31
72
14
86
50
5
6
37
1.51
7525134--7525184
25
2.0
25
85
7
68
54
1
5
37
1.36
7525895--7525928
14
2.4
14
100
0
68
23
52
11
11
1.70
7528301--7528405
26
4.2
25
92
3
176
36
23
6
33
1.81
7533256--7533286
12
2.6
12
94
0
53
16
48
25
9
1.76
7534075--7534108
14
2.4
14
90
0
59
23
50
11
14
1.76
7535690--7535797
44
2.4
44
85
3
135
29
22
13
34
1.93
7536319--7536358
19
2.1
19
100
0
80
60
10
0
30
1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335