genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76250202--76250266	23	2.8	22	74	17	67	64	3	3	29	1.23
76252789--76252914	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
76252728--76252914	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
76258724--76258849	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
76258663--76258849	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
76264937--76265009	36	2.2	34	80	11	80	56	2	5	35	1.37
76269265--76269477	46	4.6	47	79	11	190	28	18	30	22	1.97
76274101--76274232	46	2.8	47	96	2	239	25	13	22	38	1.91
76281469--76281499	15	2.1	15	100	0	62	32	25	19	22	1.97
76287850--76287882	13	2.6	13	90	4	50	72	0	27	0	0.85
76287849--76287882	4	8.2	4	87	6	50	73	0	26	0	0.83
76288637--76288747	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
76295014--76295072	32	1.9	31	89	6	93	28	3	18	49	1.64
76296281--76296348	19	3.8	19	70	18	56	54	0	4	41	1.20
76304433--76304556	43	2.8	43	93	4	203	25	15	21	37	1.93
76309672--76310099	155	2.8	150	80	10	434	43	3	7	44	1.51
76310044--76310088	20	2.2	20	92	0	72	42	0	8	48	1.34
76310035--76310089	20	2.6	21	82	11	67	40	1	9	49	1.45
76317425--76317483	6	9.7	6	84	14	68	15	1	0	83	0.74
76317424--76317484	16	3.9	15	85	8	79	16	1	0	81	0.76
76318444--76318673	117	2.0	117	92	0	388	22	17	30	28	1.97
76322533--76322565	16	2.0	17	88	5	50	81	12	0	6	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76338499--76338530	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
76339409--76339665	131	2.0	131	85	1	345	27	17	18	36	1.94
76343511--76343547	9	4.1	9	92	0	65	24	18	0	56	1.41
76344456--76344567	26	4.2	25	74	8	71	28	3	8	59	1.42
76351979--76352032	28	2.1	28	86	13	80	66	3	5	24	1.29
76359419--76359460	18	2.2	19	87	8	59	21	16	0	61	1.34
76359673--76359815	27	5.3	27	89	0	232	34	13	27	24	1.93
76360637--76360684	18	2.8	17	81	6	60	64	6	6	22	1.39
76360646--76360685	20	2.0	21	90	5	64	62	7	5	25	1.42
76360920--76361015	47	2.1	47	96	2	176	40	3	22	33	1.70
76369726--76370206	89	5.4	88	74	9	361	29	20	17	32	1.95
76369726--76370215	133	3.7	133	76	6	348	29	20	17	32	1.95
76369726--76370287	44	12.6	44	73	9	372	30	20	16	32	1.95
76377688--76377720	9	3.7	9	91	0	57	39	12	18	30	1.87
76377688--76377722	18	1.9	18	100	0	70	40	11	17	31	1.85
76378098--76378134	12	3.1	12	92	0	65	24	21	0	54	1.45
76382074--76382118	19	2.3	20	81	7	58	44	4	24	26	1.72
76385772--76385827	3	18.7	3	80	7	51	66	5	1	26	1.23
76385757--76385830	21	3.5	21	80	7	87	70	4	1	24	1.13
76389172--76389290	48	2.6	47	87	9	124	31	25	24	19	1.98
76389188--76389290	48	2.1	48	96	0	188	31	25	23	20	1.98
76389188--76389340	48	3.2	48	85	1	182	30	23	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76394062--76394253	40	4.8	40	85	4	235	25	22	27	24	2.00
76394062--76394295	80	2.9	80	82	3	256	26	23	26	23	2.00
76394063--76394295	40	5.8	39	82	8	202	27	23	26	22	2.00
76394063--76394281	120	1.8	121	83	4	291	26	23	26	23	2.00
76402152--76402338	39	4.8	40	83	5	211	26	22	26	24	2.00
76404053--76404082	16	1.9	16	93	6	53	36	0	20	43	1.52
76404968--76405002	17	2.1	17	89	5	54	17	0	20	62	1.32
76416091--76416173	40	2.1	40	90	0	130	13	15	25	45	1.82
76419954--76420117	40	4.1	40	86	5	226	23	21	28	26	1.99
76421897--76421929	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
76424845--76424912	6	12.2	5	80	14	64	75	1	2	20	1.02
76424845--76424912	17	4.1	16	81	14	66	75	1	2	20	1.02
76426776--76426811	13	2.8	13	91	0	63	19	36	36	8	1.82
76428741--76428796	27	2.1	27	100	0	112	23	0	21	55	1.44
76428741--76428786	15	3.3	15	70	17	53	21	0	21	56	1.42
76430210--76430242	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
76432213--76432299	40	2.2	40	83	4	113	13	12	27	45	1.80
76439077--76439269	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
76439107--76439269	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
76446210--76446242	16	2.1	16	100	0	66	30	12	0	57	1.35
76447047--76447239	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
76447077--76447239	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76454598--76454712	24	4.8	24	74	5	88	31	21	27	19	1.97
76458249--76458562	46	6.6	46	75	12	203	26	19	30	22	1.98
76458247--76458562	94	3.3	93	79	12	303	26	19	30	22	1.98
76465663--76465705	23	1.9	22	86	13	61	44	13	16	25	1.85
76469758--76469797	21	2.0	21	85	5	55	67	5	10	17	1.37
76474044--76474076	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
76474122--76474180	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
76474151--76474210	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
76478883--76478941	20	2.9	20	80	5	64	23	22	16	37	1.94
76479153--76479187	13	2.7	13	95	0	61	31	0	5	62	1.18
76481620--76481658	19	2.1	19	95	0	69	48	10	35	5	1.59
76483229--76483257	12	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
76484149--76484191	22	2.0	22	90	0	68	58	0	2	39	1.11
76486338--76486369	15	2.2	15	94	5	57	53	0	9	37	1.34
76486782--76487010	115	2.0	115	93	0	397	44	17	17	20	1.86
76494825--76494895	35	2.0	35	88	0	106	26	26	11	35	1.90
76507388--76507451	32	2.0	32	96	0	119	29	15	17	37	1.91
76511540--76511748	55	3.9	54	79	9	223	22	24	16	36	1.94
76511540--76511739	108	1.8	110	86	4	289	23	24	16	36	1.94
76515495--76515597	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
76523458--76523560	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
76533592--76533760	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76535931--76535961	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
76535928--76535967	20	2.0	20	85	0	53	37	20	2	40	1.66
76536200--76536409	55	3.9	54	78	6	228	22	24	16	35	1.95
76541232--76541257	13	2.0	13	100	0	52	0	15	15	69	1.20
76558684--76558795	33	3.4	33	79	7	129	32	11	23	33	1.90
76559444--76559513	30	2.3	30	100	0	140	18	24	35	21	1.95
76571054--76571118	26	2.5	26	85	2	87	12	40	9	38	1.75
76571349--76571429	43	1.9	42	85	7	110	20	23	33	22	1.97
76571441--76571563	43	2.9	42	76	13	142	18	23	32	25	1.97
76571367--76571503	69	2.0	69	83	0	175	21	27	27	24	1.99
76571527--76571648	43	2.9	41	71	17	97	17	27	31	23	1.97
76571639--76571743	43	2.4	43	85	0	147	22	32	27	17	1.96
76571528--76571690	85	1.9	86	82	6	206	19	28	30	22	1.98
76571580--76571828	128	1.9	128	83	1	320	18	29	29	22	1.98
76577390--76577519	40	3.3	39	84	4	163	24	28	23	23	2.00
76597422--76597508	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
76597422--76597530	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
76597422--76597530	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
76605169--76605255	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
76605169--76605277	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
76605169--76605277	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
76609771--76609822	25	2.1	25	88	0	77	25	17	21	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76618890--76618959	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
76626811--76626880	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
76628625--76629241	43	14.5	41	77	9	449	20	31	29	18	1.96
76628601--76629247	170	3.8	169	78	6	646	20	32	29	18	1.96
76628625--76629204	213	2.7	212	79	7	661	20	31	29	18	1.96
76629094--76629674	43	13.6	43	73	9	340	21	30	26	21	1.99
76628935--76629650	128	5.6	129	74	11	476	21	30	27	20	1.98
76629190--76629617	170	2.5	171	81	6	467	22	30	26	21	1.99
76638531--76638652	47	2.6	47	96	0	217	36	13	24	26	1.92
76638631--76638838	54	3.9	54	80	4	222	36	16	25	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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