genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  247  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75188168--75188225	30	1.9	30	89	0	89	27	24	13	34	1.93
75193021--75193073	27	2.0	27	84	0	70	33	20	22	22	1.97
75194216--75194284	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
75194905--75194966	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
75194922--75195074	54	2.8	54	87	2	164	29	9	19	41	1.82
75194949--75195079	27	4.9	27	85	1	174	31	6	19	41	1.78
75194949--75195074	54	2.3	54	93	0	207	30	7	19	42	1.78
75194920--75195079	81	2.0	81	86	4	225	31	8	19	40	1.82
75195068--75195160	27	3.5	26	88	5	125	41	4	20	33	1.72
75195066--75195167	53	1.9	53	84	7	136	39	4	24	31	1.76
75195056--75195178	53	2.3	53	77	5	133	35	4	24	34	1.77
75195164--75195232	27	2.6	27	83	4	86	30	10	21	37	1.87
75198397--75198465	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
75199081--75199142	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
75199125--75199248	27	4.6	27	85	4	171	30	7	19	42	1.78
75199097--75199248	53	2.8	53	86	3	162	30	9	19	41	1.82
75199125--75199248	53	2.3	54	92	1	205	30	7	19	42	1.78
75199261--75199303	22	2.0	22	95	0	77	48	6	11	32	1.66
75199242--75199335	25	3.8	24	77	17	88	40	6	22	30	1.79
75213559--75213766	80	2.6	80	83	3	240	26	23	25	24	2.00
75213561--75213766	40	5.2	40	82	3	218	26	23	25	24	2.00
75225270--75225348	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75229810--75229874	28	2.3	28	89	0	94	33	32	10	23	1.89
75239781--75239959	89	2.0	92	85	7	251	11	21	10	55	1.65
75243919--75243987	34	2.0	34	94	0	120	39	8	18	33	1.82
75246243--75246362	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
75252055--75252174	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
75255917--75255952	18	2.0	18	100	0	72	22	11	22	44	1.84
75259097--75259171	39	1.9	38	91	2	123	38	8	22	30	1.83
75259624--75259774	42	3.6	42	82	2	151	35	16	20	27	1.94
75260453--75260513	18	3.4	18	90	0	95	45	16	13	24	1.83
75260857--75261017	27	6.0	27	88	0	205	42	19	11	26	1.85
75260862--75261017	81	1.9	81	89	2	242	42	17	12	26	1.85
75264511--75264646	68	2.0	68	95	0	245	27	17	22	32	1.97
75273378--75273546	92	1.8	92	93	2	295	27	30	21	20	1.98
75273370--75273548	46	3.9	46	80	11	215	27	30	21	20	1.98
75275923--75276011	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
75275923--75276002	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
75275934--75276011	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
75278963--75279133	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
75278955--75279135	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
75288010--75288193	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
75288050--75288238	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
75294319--75294584	49	5.5	48	91	2	385	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75294319--75294584	96	2.8	96	90	2	410	32	8	29	29	1.86
75294319--75294584	47	5.5	47	90	4	379	32	8	29	29	1.86
75296709--75297100	40	9.8	40	96	0	685	25	20	27	26	1.99
75300127--75300178	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
75305868--75306027	41	3.8	42	76	4	162	31	24	15	28	1.96
75310096--75310139	20	2.1	21	87	8	63	47	13	4	34	1.63
75311650--75311694	20	2.3	19	80	3	54	28	31	13	26	1.94
75313813--75313851	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
75314315--75314377	28	2.2	29	83	11	85	33	23	20	22	1.97
75314483--75314547	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
75322423--75322523	37	2.7	37	96	0	184	23	32	19	23	1.98
75322695--75323294	48	12.5	48	96	0	1047	29	28	8	33	1.86
75326902--75327092	40	4.8	40	92	1	305	26	31	23	18	1.97
75328378--75328480	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
75328653--75328889	48	4.9	48	96	2	440	29	26	6	37	1.82
75328653--75329174	96	5.2	96	78	13	537	29	27	7	35	1.84
75328867--75328910	11	3.7	11	77	16	52	40	20	0	38	1.53
75328865--75328914	25	2.0	25	100	0	100	40	20	0	40	1.52
75328817--75328961	72	2.0	73	91	1	238	31	24	4	38	1.77
75328891--75329176	48	6.0	48	93	0	448	29	29	7	34	1.85
75328769--75329009	120	2.0	121	91	0	394	30	26	5	36	1.80
75328721--75329057	168	2.0	169	91	0	550	30	27	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75328673--75329105	216	2.0	217	91	0	706	30	26	6	36	1.83
75328655--75329153	264	1.9	264	91	0	827	29	27	7	35	1.84
75332004--75332042	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
75332481--75332558	28	2.8	29	82	5	90	35	19	23	21	1.96
75332674--75332738	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
75336148--75336183	16	2.2	16	100	0	72	52	11	5	30	1.59
75338071--75338266	50	3.9	50	81	3	207	28	26	18	27	1.98
75338127--75338207	26	3.2	26	67	19	71	30	29	13	25	1.94
75338084--75338270	101	1.9	99	86	2	266	28	27	17	26	1.98
75341092--75341207	37	3.1	37	97	0	214	18	35	21	24	1.96
75341303--75341408	49	2.2	49	100	0	212	28	34	11	25	1.90
75341373--75341443	35	2.0	35	100	0	142	30	35	8	25	1.86
75341408--75341903	49	10.1	49	95	0	848	30	32	9	28	1.88
75341408--75341903	247	2.0	245	94	0	875	30	32	9	28	1.88
75344932--75345046	27	4.3	27	76	7	101	36	20	20	22	1.95
75347652--75347807	42	3.7	42	80	10	138	30	24	17	27	1.97
75350707--75350782	34	2.2	34	79	4	82	27	23	21	27	1.99
75350724--75350790	34	2.0	34	85	5	91	26	19	23	29	1.98
75354440--75354561	43	2.8	43	90	2	174	24	18	26	30	1.98
75368943--75369108	41	4.0	40	72	15	158	26	27	23	22	1.99
75377276--75377443	41	4.2	40	72	20	143	27	27	22	22	1.99
75386309--75386342	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75387052--75387273	79	2.8	79	78	13	222	25	20	27	27	1.99
75387052--75387259	40	5.2	40	84	8	255	24	20	27	26	1.99
75399898--75399934	19	1.9	19	89	10	58	27	13	0	59	1.35
75400875--75400906	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
75408029--75408060	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
75415017--75415146	54	2.4	54	82	5	138	30	20	10	38	1.86
75415044--75415174	27	4.9	27	89	3	201	27	20	9	41	1.84
75415156--75415208	27	2.0	27	92	0	88	43	20	7	28	1.79
75415044--75415212	81	2.1	81	78	4	180	30	21	9	37	1.86
75415152--75415424	81	3.4	79	77	8	246	41	20	9	28	1.83
75415218--75415510	27	10.8	26	73	10	180	40	18	10	30	1.84
75415166--75415397	54	4.3	53	77	7	200	42	19	9	28	1.82
75415541--75415629	27	3.3	27	81	9	101	38	19	23	19	1.93
75416437--75416559	52	2.4	51	94	2	221	27	23	21	26	1.99
75416437--75416559	26	4.8	26	90	1	178	27	23	21	26	1.99
75416701--75416792	42	2.2	42	92	0	148	30	13	20	35	1.91
75418722--75418872	27	5.6	27	85	4	189	28	18	10	42	1.83
75418796--75419124	27	12.1	27	79	6	193	38	18	8	34	1.82
75418702--75418882	54	3.4	54	79	4	150	31	20	9	38	1.85
75418688--75418882	81	2.4	81	75	3	187	30	22	9	37	1.86
75418864--75419044	81	2.2	81	90	0	274	41	19	7	30	1.80
75418864--75419097	81	2.9	81	84	4	267	41	19	8	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75419186--75419277	27	3.4	27	89	3	123	33	19	26	20	1.96
75420962--75421125	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
75420962--75421159	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
75423207--75423254	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
75423291--75423341	20	2.5	20	96	0	93	35	9	21	33	1.86
75423388--75423581	25	8.0	24	90	5	270	27	21	23	27	1.99
75423773--75423836	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
75432435--75432498	32	2.0	32	93	0	110	25	20	20	34	1.96
75432967--75433002	17	2.2	16	90	5	54	16	11	25	47	1.79
75434820--75434988	48	3.5	48	76	6	189	28	18	27	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335