genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60761742--60761909	80	2.1	80	82	6	207	25	24	27	22	2.00
60765762--60765815	24	2.2	24	83	6	65	72	3	16	7	1.22
60765753--60765828	24	3.0	23	73	21	64	72	2	17	7	1.20
60768063--60768094	16	2.0	16	100	0	64	31	6	31	31	1.82
60774084--60774184	32	3.2	32	98	0	193	42	8	13	34	1.76
60779639--60780543	48	18.9	48	97	0	1612	35	6	26	31	1.81
60780684--60780860	37	4.8	37	94	0	309	23	18	32	25	1.97
60782679--60782703	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
60783319--60783401	26	3.2	25	94	3	139	33	4	25	36	1.77
60788163--60788220	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
60789701--60789749	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
60795412--60795481	25	2.7	27	72	14	67	48	0	5	45	1.26
60796219--60796267	20	2.5	20	93	0	80	44	0	18	36	1.50
60799275--60799547	137	2.0	136	96	1	503	19	17	22	39	1.92
60805999--60806062	25	2.6	25	90	5	94	35	3	43	17	1.65
60808189--60808412	40	5.6	40	82	4	272	22	22	28	25	1.99
60808189--60808412	82	2.8	82	86	6	298	22	22	28	25	1.99
60808613--60808658	24	1.9	24	82	8	58	34	6	13	45	1.69
60810373--60810403	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
60810824--60810930	27	4.0	27	87	6	146	16	25	21	36	1.94
60818486--60818555	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
60820416--60820472	25	2.3	25	93	6	98	36	5	38	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60821879--60821985	27	4.0	27	87	6	146	16	25	21	36	1.94
60824181--60824205	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60826206--60826266	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
60830638--60830698	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
60837074--60837219	40	3.7	40	88	3	206	23	21	30	24	1.99
60837074--60837219	78	1.9	80	86	2	215	23	21	30	24	1.99
60844390--60844476	37	2.3	36	92	5	138	27	33	18	20	1.96
60844545--60844940	49	8.1	49	96	1	715	30	27	8	34	1.87
60844545--60844940	97	4.1	98	96	1	733	30	27	8	34	1.87
60848281--60848632	40	8.8	40	92	0	542	27	25	19	27	1.99
60851163--60851280	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60851131--60851294	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60858744--60858861	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60858712--60858875	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60860867--60860953	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
60861022--60861419	49	8.1	49	95	0	699	30	27	8	33	1.86
60864664--60864889	40	5.7	40	87	4	255	26	20	26	26	1.99
60868223--60868256	18	1.9	18	88	5	52	14	26	44	14	1.84
60868371--60868528	54	2.9	54	86	0	235	27	14	16	41	1.87
60868371--60868528	27	5.9	27	85	1	210	27	14	16	41	1.87
60868362--60868537	27	6.5	27	84	3	189	27	15	15	40	1.88
60868837--60868877	18	2.4	17	87	4	55	21	19	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60879291--60879377	33	2.6	33	88	3	129	24	27	26	21	1.99
60879278--60879392	34	3.5	33	76	17	114	28	24	22	24	1.99
60886513--60886608	28	3.4	28	71	16	99	23	15	33	27	1.95
60886491--60886620	56	2.3	57	91	2	208	26	14	30	28	1.95
60894231--60894332	28	3.6	28	74	19	104	27	15	29	27	1.96
60894231--60894347	56	2.1	56	93	0	198	26	16	30	26	1.96
60894516--60894612	30	3.2	30	76	2	97	28	26	16	27	1.97
60897642--60897674	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
60900222--60900280	30	2.0	30	86	0	82	30	15	25	28	1.96
60903055--60903190	46	3.0	43	76	14	123	29	27	19	23	1.98
60906203--60906302	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
60907144--60907168	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
60914051--60914150	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
60914995--60915019	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
60922099--60922276	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
60924691--60924802	27	4.1	27	79	7	120	16	25	23	35	1.94
60924691--60924802	54	2.1	53	83	6	136	16	25	23	35	1.94
60925842--60925875	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
60927073--60927128	21	2.7	21	83	5	78	33	32	30	3	1.75
60929313--60929422	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
60929313--60929462	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
60937101--60937210	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60937101--60937250	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
60943550--60943654	27	3.9	27	75	16	92	17	22	20	39	1.93
60943550--60943661	54	2.1	54	84	3	145	16	22	21	39	1.92
60969526--60969708	40	4.6	40	88	0	249	21	24	28	25	1.99
60975490--60975648	43	3.7	43	81	9	191	33	26	18	22	1.96
60978353--60978403	25	2.0	25	92	0	84	31	23	19	25	1.98
60978445--60978480	10	3.5	10	92	7	63	33	16	19	30	1.94
60978525--60978582	24	2.4	25	77	11	68	29	20	22	27	1.99
60986044--60986094	25	2.0	25	88	0	75	33	23	17	25	1.96
60986133--60986173	11	3.8	11	96	3	75	36	17	17	29	1.92
60986219--60986287	25	2.8	25	97	2	131	23	27	24	24	2.00
60987812--60987839	9	3.1	9	100	0	56	57	0	10	32	1.33
60990130--60990166	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
60993332--60993396	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
60999358--60999524	23	7.0	24	91	6	243	28	22	20	28	1.99
60999349--60999524	73	2.4	72	88	10	252	27	22	19	29	1.98
60999574--60999630	20	2.8	20	89	0	87	33	21	12	33	1.90
60999677--60999724	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61003891--61003992	29	3.6	29	81	4	118	23	16	31	28	1.96
61011827--61011929	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
61015213--61015356	25	6.0	24	88	7	195	28	22	20	28	1.99
61015234--61015356	48	2.6	48	88	8	189	29	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61015204--61015355	73	2.1	74	86	9	213	28	22	19	29	1.98
61015406--61015466	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
61015509--61015556	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61021943--61022006	28	2.3	28	94	0	110	18	18	37	25	1.94
61022323--61022720	27	14.7	27	80	6	321	39	20	10	30	1.85
61022323--61022717	54	7.3	54	82	3	359	39	20	9	30	1.85
61022332--61022710	81	4.7	81	81	5	392	39	20	10	30	1.85
61023225--61023292	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
61024710--61024821	27	4.1	27	82	7	129	36	22	25	16	1.94
61024710--61024821	54	2.1	54	84	3	145	36	22	25	16	1.94
61025238--61025267	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
61031550--61031775	40	5.7	40	89	5	289	26	21	26	25	2.00
61036026--61036171	40	3.7	40	89	4	208	23	21	29	25	1.99
61036026--61036171	79	1.8	79	86	2	213	23	21	29	25	1.99
61036026--61036191	79	2.1	79	83	3	210	23	20	28	27	1.99
61043007--61043216	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
61051140--61051349	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
61057629--61057714	43	2.0	43	88	4	129	32	25	13	27	1.94
61057593--61057909	112	3.1	100	75	15	304	32	24	14	28	1.94
61057663--61057883	56	3.9	56	88	4	304	33	23	14	28	1.94
61057855--61058012	43	3.7	43	87	0	226	28	27	18	25	1.98
61057828--61058012	86	2.2	86	83	2	237	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61059403--61059537	26	5.3	26	83	3	170	26	22	22	28	1.99
61059403--61059537	52	2.7	51	89	5	204	26	22	22	28	1.99
61060903--61060950	15	3.4	15	91	8	75	20	47	4	27	1.68
61060896--61060950	15	3.9	14	88	9	69	27	43	3	25	1.71
61064365--61064457	34	2.7	34	82	9	102	29	21	22	26	1.99
61066892--61067086	55	3.6	55	81	4	209	22	24	16	36	1.94
61067064--61067186	47	2.6	47	86	0	165	25	23	15	35	1.94
61072888--61073017	40	3.3	39	81	8	156	23	25	27	23	2.00
61074757--61074803	23	2.0	23	95	0	85	34	23	12	29	1.92
61083286--61084182	48	18.5	48	91	2	1427	30	26	7	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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