Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  24  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8987258--8987385
42
3.0
40
76
7
112
39
17
19
23
1.93
8987875--8987907
17
2.0
17
88
5
50
33
18
0
48
1.48
8988188--8988541
46
7.7
46
89
3
516
22
23
14
40
1.90
8993206--8993273
22
3.1
22
83
8
93
42
16
22
19
1.89
8993446--8993488
2
22.0
2
86
13
63
48
2
0
48
1.14
8995510--8995912
35
11.6
35
87
2
445
29
14
25
31
1.94
8995510--8995915
173
2.3
173
85
2
528
29
14
24
31
1.94
8997475--8997527
5
10.8
5
95
4
99
58
0
0
41
0.98
9008043--9008110
26
2.8
25
76
14
70
52
0
1
45
1.09
9008572--9008621
8
6.0
8
88
2
55
58
0
0
42
0.98
9008574--9008621
9
5.7
9
85
11
66
60
0
0
39
0.97
9018214--9018247
15
2.2
16
94
5
61
29
5
11
52
1.61
9021693--9021735
22
2.0
22
82
13
54
39
4
0
55
1.20
9027714--9027756
21
2.0
21
100
0
86
41
30
13
13
1.84
9047535--9047630
43
2.2
43
98
1
183
16
6
42
34
1.73
9048400--9048425
12
2.2
12
100
0
52
7
34
26
30
1.85
9051497--9051631
35
3.7
37
76
10
143
31
11
22
34
1.90
9054090--9054148
26
2.3
26
85
2
75
55
0
3
40
1.16
9054176--9054232
4
13.0
4
78
14
51
73
5
21
0
1.02
9054176--9054240
32
2.2
32
84
15
86
72
4
23
0
1.03
9055108--9055190
40
2.2
37
82
6
94
26
19
22
31
1.98
9055950--9056009
26
2.4
24
83
8
75
68
1
0
30
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9055980--9056038
21
2.8
22
85
7
70
69
6
0
23
1.12
9056085--9056117
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
9060515--9060563
25
2.0
25
83
0
62
42
0
18
38
1.50
9061329--9061410
43
1.9
43
82
2
103
29
18
20
31
1.96
9071580--9071622
22
1.9
23
90
4
70
48
2
4
44
1.36
9073747--9073780
17
2.0
17
88
11
52
17
17
23
41
1.90
9077507--9077585
40
2.0
39
97
2
149
20
5
25
49
1.69
9085826--9085880
27
2.0
27
82
6
67
38
7
3
50
1.48
9086791--9086824
15
2.3
15
94
0
59
8
0
35
55
1.31
9087193--9087219
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
9090597--9090641
23
2.0
22
87
12
65
28
8
8
53
1.62
9096558--9096643
33
2.5
33
83
3
100
47
5
3
43
1.44
9097004--9097055
16
3.2
16
81
5
61
40
5
21
32
1.77
9103418--9103442
1
25.0
1
100
0
50
0
0
0
100
0.00
9108361--9108390
15
2.0
15
93
0
51
36
0
0
63
0.95
9115833--9115871
20
2.0
20
85
10
53
38
5
7
48
1.54
9116091--9116123
16
2.1
16
88
5
50
48
0
0
51
1.00
9124257--9124380
62
2.0
62
100
0
248
41
11
24
22
1.86
9128112--9128152
6
6.5
6
89
10
64
80
2
0
17
0.82
9128089--9128168
27
3.0
26
75
12
74
68
3
0
27
1.06
9128115--9128153
20
2.0
19
95
5
69
76
5
0
17
0.96
9128171--9128292
9
13.6
9
86
3
156
27
9
20
42
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9128574--9128621
24
2.0
24
100
0
96
25
8
12
54
1.65
9128738--9128805
31
2.2
31
91
0
109
38
23
17
20
1.93
9128746--9128807
31
2.0
31
96
0
115
38
17
19
24
1.93
9149272--9149437
3
55.3
3
74
12
128
31
2
2
63
1.20
9149289--9149437
23
6.0
24
71
16
108
32
2
2
62
1.21
9149291--9149340
14
3.4
14
86
8
55
36
2
0
62
1.07
9156008--9156061
17
3.5
16
71
23
53
9
9
1
79
1.00
9156006--9156077
29
2.5
28
88
2
99
9
8
1
80
0.96
9156038--9156076
20
2.0
20
90
10
62
10
7
0
82
0.86
9156095--9156126
17
1.9
17
93
6
57
6
15
3
75
1.14
9156206--9156284
34
2.4
33
82
6
88
36
1
2
59
1.19
9156259--9156306
24
2.0
24
84
8
62
35
0
4
60
1.16
9156300--9156350
23
2.2
24
76
20
63
39
1
1
56
1.22
9156263--9156346
37
2.3
36
84
8
100
39
1
3
55
1.25
9156303--9156358
23
2.4
23
77
13
62
39
3
1
55
1.28
9156537--9156575
20
2.1
19
90
9
62
58
5
5
30
1.41
9156647--9156755
36
3.1
36
77
10
127
58
2
1
36
1.23
9156792--9156844
18
2.9
18
77
5
54
71
1
1
24
1.06
9156797--9156908
37
3.2
37
74
20
107
74
2
4
18
1.11
9157067--9157093
14
1.9
14
100
0
54
55
0
0
44
0.99
9157072--9157147
36
2.1
37
83
9
95
53
2
1
42
1.23
9157165--9157258
22
4.2
22
69
18
61
56
3
1
39
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9157341--9157403
17
3.8
17
79
12
85
76
1
11
11
1.10
9157341--9157405
33
2.0
32
93
3
112
76
1
10
10
1.08
9159195--9159244
16
3.2
16
75
10
50
46
0
0
54
1.00
9159259--9159308
26
1.9
26
83
0
64
54
4
0
42
1.19
9159215--9159309
33
2.7
33
79
11
93
51
2
0
46
1.12
9159418--9159446
11
2.5
12
88
11
51
51
17
17
13
1.76
9170266--9170310
24
1.9
24
86
4
65
37
0
6
55
1.26
9176347--9176376
15
2.1
15
93
6
53
40
0
13
46
1.43
9178493--9178559
14
4.7
14
85
3
89
38
7
16
37
1.77
9178708--9178737
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
9179576--9179628
27
2.0
27
100
0
106
16
33
33
15
1.90
9179689--9179747
21
2.6
21
76
12
55
62
0
0
37
0.95
9179703--9179744
19
2.2
18
87
8
57
64
0
0
35
0.94
9187939--9187972
11
3.0
11
91
4
50
0
26
0
73
0.83
9188492--9188535
5
9.0
5
80
5
54
54
2
0
43
1.12
9188491--9188537
19
2.4
19
82
3
58
53
4
0
42
1.20
9189686--9189765
40
2.0
40
97
0
151
37
21
12
28
1.90
9198631--9198675
20
2.2
20
84
8
54
62
4
0
33
1.15
9199696--9199754
3
19.7
3
100
0
118
32
0
0
67
0.91
9201836--9201886
16
3.1
16
76
15
50
66
7
0
25
1.18
9201970--9202007
15
2.4
16
82
4
51
60
0
0
39
0.97
9204699--9204790
36
2.6
36
98
0
175
27
26
19
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9205170--9205222
23
2.5
22
85
11
74
33
1
7
56
1.38
9205229--9205311
36
2.4
34
77
20
82
32
2
6
59
1.35
9205261--9205351
24
3.9
22
75
21
87
32
2
4
60
1.29
9205257--9205292
11
3.3
11
88
0
54
33
0
5
61
1.19
9205181--9205398
25
8.6
25
70
24
104
33
4
5
55
1.43
9205257--9205350
36
2.6
36
76
17
97
32
2
5
59
1.32
9205261--9205339
11
7.0
10
74
18
50
32
2
3
60
1.28
9205272--9205398
47
2.7
47
83
11
145
33
5
3
57
1.38
9205267--9205401
71
1.9
71
80
8
161
34
5
3
57
1.39
9205469--9205591
55
2.2
54
79
12
135
34
4
5
54
1.46
9205495--9205660
26
6.1
28
73
15
113
34
6
4
53
1.48
9205558--9205688
51
2.6
50
80
12
126
32
6
6
54
1.49
9213967--9214010
20
2.2
20
100
0
88
50
18
4
27
1.66
9217174--9217207
15
2.2
16
89
5
52
52
2
0
44
1.16
9218856--9218905
24
2.1
24
100
0
100
56
20
8
16
1.65
9224482--9224521
18
2.2
18
91
8
64
47
0
0
52
1.00
9225075--9225136
19
3.2
20
76
19
69
59
0
0
40
0.97
9225075--9225145
21
3.5
21
83
11
78
60
0
0
39
0.97
9225076--9225138
20
3.0
21
84
11
78
61
0
0
38
0.96
9225103--9225153
20
2.6
19
77
19
52
66
0
0
33
0.92
9225706--9225764
20
2.9
19
80
10
55
42
1
0
55
1.09
9226924--9226966
20
2.2
20
83
8
52
48
0
6
44
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9227179--9227229
25
1.9
28
88
11
81
39
3
3
52
1.38
9229324--9229358
2
17.5
2
87
0
52
5
48
0
45
1.26
9232509--9232551
22
2.0
22
100
0
86
32
18
16
32
1.93
9232804--9232828
4
6.2
4
100
0
50
48
24
0
28
1.52
9239292--9239347
24
2.5
22
82
8
60
48
0
7
44
1.30
9254996--9255045
22
2.3
23
83
13
61
32
4
8
56
1.47
9260992--9261051
31
1.9
32
83
10
79
43
1
1
53
1.20
9269611--9269805
104
1.9
105
81
3
241
51
6
11
30
1.64
9269964--9270013
25
2.0
25
88
0
73
34
28
18
20
1.95
9274263--9274309
8
6.1
8
90
5
53
23
0
6
70
1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335