genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61382480--61382624	43	3.4	43	81	5	188	24	15	31	28	1.96
61382699--61383555	456	1.9	444	91	3	1383	33	12	19	34	1.90
61385633--61385856	40	5.6	40	85	7	294	25	28	23	23	2.00
61385633--61385856	83	2.8	82	86	6	309	25	28	23	23	2.00
61390946--61390998	2	26.5	2	92	0	88	54	0	45	0	0.99
61396783--61396926	39	3.7	39	94	0	252	27	20	29	22	1.99
61400167--61400373	40	5.2	40	85	0	218	26	22	25	25	2.00
61408132--61408339	80	2.6	80	83	3	240	26	23	25	24	2.00
61408134--61408339	40	5.2	40	82	3	218	26	23	25	24	2.00
61411072--61411247	46	3.8	46	78	4	165	29	20	27	22	1.98
61414657--61414794	39	3.5	39	88	3	181	23	21	29	24	1.99
61422696--61422802	39	2.7	39	86	2	151	26	20	28	24	1.99
61422702--61422840	40	3.5	40	88	2	183	23	21	30	24	1.99
61422701--61422866	79	2.1	79	80	6	185	24	21	28	25	1.99
61428729--61428799	25	2.8	25	93	2	115	26	23	23	25	2.00
61428833--61428863	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
61429601--61429684	27	3.1	27	93	3	134	20	26	22	30	1.98
61429724--61429946	27	8.3	27	77	4	162	30	7	21	39	1.81
61429697--61429938	54	4.5	54	75	5	193	30	8	19	40	1.82
61429735--61429946	81	2.6	81	79	4	239	31	8	20	39	1.82
61429924--61430044	27	4.5	27	92	0	188	43	8	18	29	1.79
61429898--61430044	54	2.7	54	88	0	186	41	8	18	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61430033--61430064	16	2.0	16	93	0	55	31	3	12	53	1.54
61432658--61432751	40	2.3	41	89	7	140	26	15	27	29	1.96
61437846--61438021	62	2.8	62	77	10	180	24	29	17	28	1.97
61442200--61442386	40	4.7	40	89	2	270	26	29	20	23	1.99
61442180--61442386	80	2.6	79	87	7	303	27	28	20	23	1.99
61451572--61451773	40	5.1	40	84	3	237	23	21	28	26	1.99
61451568--61451779	80	2.7	80	82	3	275	25	21	27	26	1.99
61451969--61452034	24	2.8	24	86	4	80	36	0	27	36	1.57
61451993--61452042	24	2.1	24	100	0	100	38	0	20	42	1.52
61453786--61453967	40	4.6	40	89	2	251	27	28	19	24	1.99
61453766--61453967	80	2.5	79	87	5	282	28	27	19	24	1.98
61458084--61458144	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
61464600--61464726	40	3.2	40	93	2	202	25	26	22	25	2.00
61464595--61464780	40	4.7	40	84	5	198	26	27	20	24	1.99
61470971--61471195	40	5.6	39	87	4	265	25	21	27	25	2.00
61470971--61471193	79	2.8	80	85	8	301	25	21	26	25	2.00
61470971--61471195	119	1.9	120	84	8	307	25	21	27	25	2.00
61470978--61471228	79	3.2	79	82	10	289	27	20	26	25	1.99
61472700--61472875	46	3.8	47	80	7	171	28	22	27	21	1.99
61478110--61478212	29	3.6	28	78	5	107	22	16	32	29	1.96
61486340--61486380	17	2.4	17	91	0	64	58	0	9	31	1.31
61486340--61486380	8	4.8	9	82	8	50	58	0	9	31	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61491779--61491879	41	2.5	41	85	0	130	25	25	22	25	2.00
61492995--61493019	13	1.9	13	100	0	50	0	0	28	72	0.86
61507077--61507106	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
61508994--61509085	27	3.4	27	86	1	132	32	8	18	40	1.81
61508994--61509103	54	2.1	52	84	6	141	31	9	20	38	1.84
61510226--61510298	27	2.7	27	93	0	119	41	17	15	26	1.89
61517114--61517223	29	3.8	30	76	8	104	24	33	16	25	1.96
61517306--61517342	19	2.0	18	89	5	56	18	37	16	27	1.92
61518702--61518733	16	2.0	16	93	0	55	21	6	21	50	1.71
61521605--61521717	29	3.9	29	78	5	113	25	29	14	30	1.95
61522442--61522543	51	2.0	51	98	0	195	35	14	31	18	1.91
61523238--61523270	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
61531156--61531258	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
61538149--61538312	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
61538149--61538346	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
61538977--61539021	19	2.3	20	96	3	83	44	24	0	31	1.54
61545181--61545278	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
61548558--61548602	19	2.3	20	92	7	83	33	28	13	24	1.93
61548716--61549010	38	7.7	38	83	2	313	30	23	21	24	1.99
61552818--61552936	6	19.3	6	66	17	57	49	12	18	19	1.79
61552839--61552908	25	2.8	25	84	0	104	48	11	21	18	1.79
61552839--61552936	31	3.4	30	75	16	107	48	12	19	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61558309--61558461	76	2.0	79	88	7	233	30	16	26	26	1.97
61558380--61558601	64	3.4	63	76	7	212	31	14	29	23	1.95
61568143--61568203	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
61571774--61571832	20	3.0	20	65	9	57	18	32	15	33	1.92
61575377--61575563	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
61575400--61575563	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
61575400--61575597	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
61582688--61582838	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
61590689--61590838	40	3.8	40	78	8	139	26	22	28	23	1.99
61590724--61590854	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
61594157--61594343	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
61594180--61594343	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
61594180--61594377	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
61599935--61600117	79	2.3	80	85	7	239	25	27	22	24	2.00
61599916--61600117	40	5.1	40	82	8	243	26	26	22	24	2.00
61606234--61606488	49	5.3	49	93	3	421	30	8	30	29	1.87
61612132--61612314	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
61612111--61612314	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
61618423--61618679	49	5.3	49	95	1	439	30	8	30	29	1.87
61618423--61618679	97	2.7	98	93	2	439	30	8	30	29	1.87
61624297--61624479	79	2.3	81	84	7	232	25	27	21	24	1.99
61624276--61624479	40	5.1	40	81	8	238	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61626808--61626866	29	2.0	29	93	0	100	30	16	23	28	1.97
61627259--61627346	44	2.0	44	95	0	158	45	17	23	13	1.84
61628184--61628217	18	1.9	18	88	5	52	47	11	23	17	1.81
61633558--61633617	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
61636681--61636856	46	3.8	46	78	4	165	29	20	27	22	1.98
61640266--61640402	39	3.5	39	87	4	179	24	21	29	24	1.99
61640266--61640428	78	2.1	78	82	4	195	24	21	28	25	1.99
61648290--61648396	39	2.7	39	86	2	151	26	20	28	24	1.99
61648296--61648434	40	3.5	40	88	2	183	23	21	30	24	1.99
61648295--61648460	79	2.1	79	80	6	185	24	21	28	25	1.99
61652272--61652341	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
61652271--61652368	25	4.0	24	82	11	85	28	24	22	24	1.99
61652272--61652366	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
61652562--61652635	30	2.4	29	82	8	94	31	20	25	22	1.98
61655197--61655235	20	1.9	21	89	5	62	30	17	28	23	1.97
61657557--61657764	53	3.9	54	81	4	231	23	25	16	34	1.95
61657568--61657756	55	3.5	54	82	5	222	22	25	17	34	1.96
61657568--61657764	54	3.6	54	81	4	236	22	25	17	35	1.95
61657912--61657995	44	1.9	44	85	4	116	25	25	13	36	1.91
61660414--61660464	20	2.6	20	87	3	68	7	25	0	66	1.18
61660412--61660482	18	3.8	17	76	20	63	8	25	1	64	1.30
61663068--61663107	9	4.3	10	90	9	59	50	10	0	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61663068--61663107	19	2.2	18	86	13	55	50	10	0	40	1.36
61665039--61666597	582	2.7	552	77	11	1451	40	13	8	37	1.76
61667711--61667859	74	2.0	74	94	1	264	59	9	2	28	1.42
61669680--61669709	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
61669758--61669796	10	3.7	10	83	12	51	30	2	0	66	1.05
61669828--61669876	23	2.1	23	96	0	89	38	2	22	36	1.66
61669900--61669939	19	2.1	19	100	0	80	37	0	25	37	1.56
61672614--61672727	51	2.2	53	83	10	137	60	1	2	35	1.21
61672614--61672727	53	2.2	51	81	13	126	60	1	2	35	1.21
61672696--61672755	21	2.9	21	77	5	59	63	1	0	35	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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