genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83419637--83419712	26	2.8	26	84	4	89	35	19	13	31	1.90
83419819--83419904	27	3.2	27	85	6	129	19	22	24	33	1.97
83423505--83423637	26	5.2	25	95	3	214	33	4	24	36	1.76
83425070--83425145	26	2.8	26	86	4	89	35	19	13	31	1.90
83425250--83425336	27	3.2	27	85	6	131	19	22	24	33	1.97
83428890--83429029	27	5.2	28	87	5	166	35	21	24	19	1.96
83430645--83430754	26	4.2	26	92	2	168	35	24	5	34	1.79
83434732--83434871	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
83435532--83435667	26	5.2	26	98	0	236	33	5	25	36	1.78
83437083--83437157	26	2.8	26	81	4	78	33	22	13	30	1.92
83437261--83437400	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
83437261--83437400	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
83438566--83438622	26	2.2	26	100	0	114	31	7	26	35	1.83
83442652--83442851	53	3.8	54	78	8	212	23	23	17	36	1.95
83442824--83442945	47	2.6	47	96	0	226	26	24	13	36	1.92
83442917--83443036	47	2.5	48	78	9	138	24	21	19	35	1.96
83445454--83445481	13	2.2	13	100	0	56	42	21	7	28	1.79
83445965--83445990	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
83448968--83449169	54	3.8	53	81	7	237	20	25	18	34	1.96
83449188--83449307	47	2.5	48	78	9	138	23	22	20	34	1.97
83451784--83451845	21	2.8	22	73	7	63	50	4	8	37	1.54
83451716--83451818	36	2.9	35	75	8	100	50	6	4	37	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83452502--83452564	3	20.7	3	87	9	92	63	0	0	36	0.95
83452707--83452755	22	2.1	24	88	7	75	59	4	4	32	1.35
83454663--83454826	87	1.9	87	83	2	213	35	19	15	29	1.93
83454957--83455605	73	8.5	72	70	16	414	32	25	17	24	1.97
83454763--83455698	233	4.0	232	92	3	1475	34	23	17	24	1.96
83467954--83468059	36	2.8	36	78	12	106	51	6	3	37	1.46
83468025--83468084	23	2.7	23	76	5	61	51	3	6	38	1.45
83468305--83468370	25	2.6	25	71	21	66	57	6	4	31	1.43
83468744--83468811	3	21.7	3	80	14	75	64	1	1	32	1.11
83468954--83469002	22	2.1	24	88	7	75	59	2	4	34	1.28
83470598--83470630	14	2.3	15	89	5	50	57	9	0	33	1.30
83472391--83472498	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
83475783--83475819	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
83475871--83475914	20	2.4	17	88	11	61	65	0	34	0	0.93
83499770--83499909	61	2.4	58	84	8	167	45	0	2	52	1.15
83500038--83500092	16	3.4	16	80	9	67	30	23	5	40	1.77
83500492--83500532	20	2.0	20	90	9	64	51	0	0	48	1.00
83503244--83503358	51	2.3	51	93	0	194	30	23	26	20	1.98
83507752--83507787	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
83509092--83509201	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
83510822--83510957	27	5.0	27	76	10	136	19	24	23	33	1.97
83510818--83510957	54	2.6	54	87	2	201	18	24	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83510822--83510974	81	1.9	79	80	14	179	20	24	21	33	1.97
83510827--83510975	27	5.5	26	79	10	122	20	24	21	33	1.97
83514930--83515039	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
83516648--83516789	27	5.2	27	82	9	173	17	23	24	34	1.96
83516648--83516789	54	2.6	54	93	1	230	17	23	24	34	1.96
83516648--83516806	27	5.9	27	77	20	154	18	23	22	34	1.96
83516648--83516806	54	2.9	53	87	5	214	18	23	22	34	1.96
83519321--83519355	18	2.0	18	88	5	54	42	17	11	28	1.83
83520675--83520949	137	2.0	137	94	0	478	31	23	18	26	1.98
83522734--83522841	26	4.2	26	90	0	171	36	22	7	34	1.82
83522734--83522841	52	2.1	52	96	0	198	36	22	7	34	1.82
83524791--83524835	21	2.1	22	84	12	58	55	0	4	40	1.20
83524796--83524844	19	2.3	21	83	16	57	55	0	4	40	1.19
83524987--83525025	21	1.9	20	89	5	60	28	2	7	61	1.37
83524985--83525033	21	2.4	20	80	12	55	30	2	6	61	1.32
83525477--83525520	18	2.4	19	85	14	65	36	0	4	59	1.18
83526124--83526155	12	2.7	12	90	0	55	59	0	0	40	0.97
83526258--83526288	16	1.9	16	93	0	53	41	25	16	16	1.88
83532606--83532673	31	2.2	30	81	2	73	48	7	2	41	1.46
83532660--83532701	15	2.6	17	81	11	61	66	0	0	33	0.92
83533232--83533274	21	2.0	22	86	4	61	62	0	0	37	0.95
83534204--83534238	14	2.5	14	85	0	52	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83534547--83534630	41	2.0	41	93	0	141	25	3	20	51	1.63
83536397--83536433	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
83543248--83543281	6	5.7	6	96	0	59	52	2	0	44	1.16
83544751--83544800	24	2.1	24	88	0	73	10	10	18	62	1.54
83546842--83546909	11	6.4	11	73	11	52	67	7	11	13	1.41
83546841--83546901	32	1.9	32	86	6	88	65	9	11	13	1.47
83549686--83549745	24	2.5	23	79	12	68	45	0	1	53	1.10
83549698--83549742	21	2.1	21	84	8	56	44	0	0	55	0.99
83549692--83549740	25	2.0	25	84	15	66	44	0	2	53	1.12
83551087--83551370	135	2.1	136	96	0	525	32	24	19	24	1.98
83551618--83551671	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
83553152--83553261	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
83554043--83554105	17	3.8	17	68	4	56	53	0	0	46	1.00
83554039--83554101	33	1.9	33	96	0	117	57	0	0	42	0.99
83560063--83560087	11	2.3	11	100	0	50	8	32	0	60	1.26
83563190--83563249	5	12.2	5	89	10	97	38	1	0	60	1.07
83563252--83563298	25	1.9	24	83	12	60	74	2	10	12	1.16
83563308--83563355	25	1.9	25	86	0	69	68	2	27	2	1.11
83563743--83563809	29	2.3	29	92	0	116	55	2	11	29	1.51
83566469--83566512	21	2.1	21	95	0	79	38	9	15	36	1.80
83581277--83581341	3	21.7	3	87	12	98	32	1	0	66	1.01
83584734--83584781	13	3.8	13	76	20	57	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83584739--83584781	18	2.3	18	84	11	52	60	0	0	39	0.97
83586341--83586525	40	4.6	40	84	5	207	26	24	22	26	2.00
83593588--83593686	48	2.1	48	81	7	112	23	15	21	40	1.90
83593992--83594138	68	2.1	69	84	1	188	28	14	14	42	1.84
83595875--83595922	11	4.4	11	78	0	51	70	4	10	14	1.29
83596125--83596252	60	2.1	59	79	9	134	51	0	8	39	1.38
83597572--83597633	26	2.4	26	91	0	106	35	12	14	37	1.85
83597859--83597925	32	2.1	32	82	0	80	53	0	2	43	1.16
83598308--83598363	21	2.7	21	81	13	71	39	14	10	35	1.81
83600987--83601043	29	2.0	29	96	0	105	35	29	15	19	1.93
83603473--83603499	8	3.4	8	100	0	54	51	0	0	48	1.00
83603467--83603540	27	2.7	28	78	14	82	51	2	1	44	1.24
83603473--83603538	20	3.6	18	75	18	57	51	3	1	43	1.26
83603483--83603538	20	2.9	19	78	10	60	50	3	1	44	1.29
83603482--83603543	19	3.4	18	80	12	56	50	3	1	45	1.27
83603551--83603590	10	3.8	10	90	9	62	70	0	2	27	1.01
83603550--83603602	20	2.7	19	76	20	56	67	1	1	28	1.11
83610156--83610194	10	3.9	10	80	12	53	61	5	0	33	1.18
83610156--83610229	20	3.7	20	85	8	89	55	5	1	37	1.31
83610238--83610280	19	2.4	17	81	14	50	65	0	6	27	1.18
83610975--83611029	26	2.1	27	86	3	76	25	10	12	50	1.73
83610981--83611028	21	2.3	21	82	7	62	22	12	14	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83613314--83613379	23	2.9	23	86	4	89	33	28	15	22	1.94
83620140--83620235	7	13.7	7	68	0	57	40	33	2	23	1.67
83620141--83620235	28	3.4	28	82	2	102	41	32	2	24	1.67
83620141--83620235	14	6.8	14	73	3	84	41	32	2	24	1.67
83626846--83626870	12	2.1	12	100	0	50	8	16	24	52	1.70
83628719--83628755	15	2.4	16	86	13	51	64	0	2	32	1.07
83629566--83629604	20	2.1	19	86	13	55	33	10	5	51	1.58
83631625--83631760	26	5.2	26	92	0	218	33	5	24	36	1.80
83633311--83633350	21	1.9	21	85	10	55	15	15	20	50	1.79
83633544--83633830	137	2.1	137	95	0	520	25	18	24	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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