genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62011164--62011496	54	6.2	55	86	3	428	24	20	18	36	1.94
62011169--62011492	81	4.0	81	91	1	472	24	21	18	36	1.95
62011479--62011610	54	2.4	54	75	5	140	35	8	24	31	1.85
62014787--62014824	20	1.9	20	94	0	67	23	7	0	68	1.16
62020942--62020977	17	2.1	17	94	0	63	52	5	19	22	1.66
62021929--62021995	27	2.5	26	75	13	73	44	4	1	49	1.31
62025531--62025717	24	7.8	24	98	0	356	36	26	17	20	1.94
62032087--62032183	43	2.3	43	83	7	142	22	18	29	28	1.97
62032091--62032202	43	2.6	43	84	5	138	25	18	31	25	1.98
62032228--62032313	22	3.9	22	71	8	68	12	26	22	38	1.90
62032301--62032407	32	3.4	31	79	5	117	22	24	19	33	1.97
62035415--62035455	21	2.0	21	85	0	55	26	2	9	60	1.40
62035707--62035781	26	2.9	26	79	0	96	18	24	21	36	1.95
62040517--62040700	40	4.6	39	77	9	140	23	25	24	26	2.00
62040522--62040700	80	2.2	81	83	3	218	23	26	24	25	2.00
62040550--62040701	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
62041411--62041446	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
62045741--62045891	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
62045778--62045907	40	3.2	40	83	2	172	23	22	28	26	1.99
62053750--62053900	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
62053787--62053916	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
62053749--62053916	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62063112--62063271	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
62067087--62067239	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
62067056--62067238	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
62071281--62071397	56	2.1	56	95	1	209	32	24	14	28	1.95
62080822--62080864	22	2.0	21	82	13	52	41	11	11	34	1.78
62084076--62084113	19	2.1	18	85	14	51	60	2	0	36	1.11
62085768--62085841	35	2.1	35	92	0	121	24	24	2	48	1.64
62095988--62096114	40	3.2	40	87	3	168	24	22	29	23	1.99
62102334--62102448	39	2.9	40	88	2	160	24	20	29	25	1.99
62102346--62102472	40	3.2	40	86	3	159	23	20	29	25	1.99
62104967--62105002	17	2.1	18	89	5	56	33	8	5	52	1.55
62124402--62124568	40	4.2	40	82	2	176	24	27	22	25	2.00
62124402--62124568	80	2.1	79	83	7	205	24	27	22	25	2.00
62135490--62135630	46	3.0	44	76	14	126	29	29	19	21	1.98
62139461--62139639	79	2.2	80	83	7	222	26	26	21	25	1.99
62139442--62139643	40	5.1	40	80	8	216	26	26	21	25	2.00
62144061--62144135	27	2.8	27	87	0	87	30	12	17	40	1.86
62144126--62144426	27	11.2	27	84	4	328	31	9	18	39	1.84
62144087--62144426	107	3.2	107	84	6	440	31	9	18	39	1.83
62144743--62144858	28	4.1	28	78	0	115	27	30	18	24	1.98
62146798--62146863	31	2.1	31	97	0	123	53	12	12	22	1.71
62149771--62150011	106	2.3	106	88	0	365	28	14	28	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62151657--62151682	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62152133--62152315	24	7.6	24	93	0	294	21	18	25	34	1.96
62152133--62152337	48	4.3	48	90	2	279	22	18	24	34	1.96
62152133--62152337	72	2.8	72	81	5	254	22	18	24	34	1.96
62159850--62160031	24	7.6	24	92	1	285	21	18	25	34	1.96
62159850--62160031	71	2.5	72	90	0	285	21	18	25	34	1.96
62159850--62160053	48	4.3	48	89	3	270	23	18	24	33	1.97
62176119--62176519	49	8.3	49	90	2	593	29	29	7	32	1.86
62176119--62176517	96	4.2	96	91	2	606	29	30	8	32	1.86
62176119--62176519	145	2.8	145	90	3	621	29	29	7	32	1.86
62186667--62186698	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
62191183--62191250	28	2.4	28	85	4	84	23	25	16	35	1.95
62195027--62195116	29	3.1	28	90	4	128	30	12	27	30	1.93
62213044--62213117	37	2.0	37	82	10	89	27	8	20	44	1.79
62217587--62217637	26	2.0	26	88	0	75	17	17	23	41	1.90
62219095--62219247	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
62219064--62219246	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
62226438--62226597	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
62231966--62232129	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62231966--62232163	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62240965--62242204	44	27.9	44	79	5	1125	32	16	20	30	1.95
62240969--62242204	132	9.3	132	80	5	1267	31	16	20	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62245810--62245908	48	2.1	48	100	0	198	20	15	28	36	1.92
62260891--62261021	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
62263447--62263562	33	3.2	37	84	12	159	78	3	13	4	1.03
62263451--62263562	37	3.2	33	82	10	143	78	3	13	4	1.03
62268408--62268447	12	3.3	12	100	0	80	7	25	42	25	1.80
62270320--62270355	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
62275262--62275483	39	5.6	40	85	6	308	22	22	28	25	1.99
62281814--62282044	40	5.7	40	82	3	275	22	22	27	27	1.99
62281816--62282044	83	2.8	79	85	5	314	22	22	27	27	1.99
62292754--62292826	15	4.8	15	73	8	58	12	15	19	53	1.72
62294826--62294940	39	2.9	39	85	2	149	26	21	28	23	1.99
62294787--62294978	79	2.4	81	81	6	214	23	21	28	26	1.99
62294840--62294978	40	3.5	39	83	2	145	23	21	29	25	1.99
62294787--62295004	79	2.7	78	78	10	192	24	21	27	26	1.99
62298159--62298229	34	2.1	34	97	0	133	32	8	18	40	1.80
62310704--62310869	45	3.7	46	84	1	192	16	19	18	45	1.86
62310837--62311004	45	3.7	45	80	7	189	24	19	18	37	1.94
62310996--62311092	46	2.1	46	86	1	142	18	14	20	46	1.84
62313456--62313567	54	2.1	54	85	6	147	17	24	21	36	1.95
62313456--62313567	27	4.2	26	78	12	109	17	24	21	36	1.95
62315887--62315989	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
62323961--62324063	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62327281--62327377	43	2.3	42	76	1	104	29	16	24	28	1.97
62333326--62333370	23	2.0	23	100	0	90	17	8	35	37	1.81
62334487--62334544	21	2.6	22	81	8	73	60	8	0	31	1.27
62337742--62337788	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
62338187--62338456	50	5.4	50	87	0	380	26	15	26	30	1.96
62342855--62343039	40	4.6	40	77	4	185	24	24	23	27	2.00
62342855--62343039	80	2.3	81	82	4	223	24	24	23	27	2.00
62345260--62345303	15	2.9	15	83	6	54	15	20	11	52	1.74
62345260--62345318	30	2.0	30	83	6	75	16	20	10	52	1.72
62347385--62347431	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
62350234--62350330	26	3.8	26	94	1	144	29	23	20	25	1.99
62350234--62350330	51	1.9	51	87	4	142	29	23	20	25	1.99
62350380--62350426	20	2.3	20	100	0	94	34	19	10	36	1.86
62354296--62354476	40	4.5	40	85	5	206	26	22	25	25	2.00
62358836--62358941	38	2.7	38	86	4	149	27	20	27	24	1.99
62358842--62358967	40	3.2	40	88	4	177	24	23	28	23	1.99
62365647--62365828	76	2.3	80	81	9	214	24	21	27	25	2.00
62365647--62365828	40	4.7	40	83	9	207	24	21	27	25	2.00
62369345--62369395	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
62369994--62370047	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
62370048--62370165	27	4.4	27	89	0	164	24	19	19	36	1.95
62379137--62379331	49	3.9	49	77	4	194	29	26	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62379137--62379329	100	1.9	100	91	0	314	29	25	18	26	1.98
62381113--62381153	13	3.2	13	96	0	73	21	29	21	26	1.99
62382042--62382073	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
62383254--62383351	48	2.0	48	90	0	151	36	16	7	39	1.76
62383651--62383700	15	3.4	15	83	2	57	76	18	6	0	0.99
62384737--62384829	42	2.2	42	82	5	107	29	5	6	59	1.45
62384797--62385102	28	11.3	28	68	15	128	32	7	3	57	1.42
62384782--62385138	26	13.6	26	68	11	113	31	6	3	57	1.41
62385112--62385164	21	2.5	20	85	11	70	22	1	3	71	1.12
62385169--62385248	26	3.0	26	75	8	72	25	7	7	60	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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