genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  244  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74068207--74068296	45	2.0	45	93	0	153	50	13	6	30	1.67
74070790--74070888	51	2.0	50	85	2	135	32	25	17	25	1.97
74070847--74071015	43	4.0	43	79	1	151	31	28	16	23	1.96
74072139--74072189	16	3.2	16	72	8	50	50	3	0	45	1.20
74075155--74075189	18	1.9	18	100	0	70	20	11	22	45	1.82
74075584--74075637	24	2.1	26	83	10	67	42	11	3	42	1.58
74080798--74081169	130	2.9	130	81	0	395	29	16	18	36	1.93
74092927--74093371	44	10.1	44	87	1	563	29	16	29	24	1.96
74096023--74096389	130	2.8	130	79	1	369	29	16	17	35	1.93
74105999--74106045	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
74109096--74109130	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
74109223--74109295	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
74117203--74117275	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
74127079--74127125	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
74130167--74130533	130	2.8	130	79	1	369	29	16	17	35	1.93
74140143--74140189	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
74143239--74143269	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
74143361--74143433	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
74151376--74151448	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
74156740--74156879	40	3.6	38	76	10	122	30	23	17	28	1.97
74156741--74156894	78	2.0	79	85	6	215	31	23	17	27	1.97
74157037--74157083	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74157886--74157924	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
74159198--74159301	22	4.6	23	80	4	122	22	17	19	41	1.90
74159198--74159301	45	2.3	46	81	5	122	22	17	19	41	1.90
74161950--74162006	29	2.0	29	93	3	98	31	22	22	22	1.98
74164351--74164752	209	1.9	209	95	0	732	36	19	16	27	1.93
74169281--74169331	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
74176129--74176310	45	4.0	45	88	1	222	31	24	17	25	1.97
74179999--74180158	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
74188046--74188205	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
74192051--74192252	84	2.4	82	82	6	237	39	8	18	33	1.81
74192321--74192501	82	2.2	83	87	3	249	39	8	19	32	1.82
74194167--74194214	17	2.8	17	81	6	53	66	2	0	31	1.03
74194177--74194236	17	3.7	15	76	17	50	66	1	0	31	1.01
74199467--74199519	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
74200786--74200933	48	3.1	47	87	1	197	39	7	23	29	1.82
74203944--74204042	45	2.2	45	85	3	128	29	28	22	20	1.98
74204016--74204171	43	3.6	43	92	0	240	32	32	23	11	1.91
74209289--74209392	50	2.1	50	96	1	192	28	10	23	37	1.88
74213334--74213404	34	2.1	34	83	0	88	53	11	19	15	1.72
74215856--74215976	42	2.9	43	81	4	131	19	19	33	27	1.96
74217821--74217884	31	2.1	31	93	0	110	26	23	15	34	1.95
74218091--74218242	24	6.4	24	93	3	245	28	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74218091--74218243	71	2.1	71	93	1	261	28	21	22	28	1.99
74218091--74218242	47	3.2	48	91	3	245	28	21	21	28	1.99
74218288--74218358	20	3.5	20	92	0	115	32	22	11	33	1.90
74218293--74218347	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
74220343--74220397	28	1.9	29	88	3	85	12	21	45	20	1.84
74220455--74220500	20	2.3	20	92	0	74	30	32	28	8	1.87
74220464--74220505	20	2.2	20	95	4	77	23	33	28	14	1.94
74222034--74222161	55	2.3	57	82	6	154	49	7	16	27	1.71
74226008--74226218	40	5.3	40	82	3	248	25	26	23	24	2.00
74228770--74228959	43	4.4	43	89	2	292	25	30	23	21	1.99
74233728--74233806	21	3.8	21	70	21	76	44	25	1	29	1.62
74233971--74234138	41	4.1	40	85	4	185	19	21	23	36	1.95
74234162--74234187	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
74239710--74239920	40	5.3	40	82	3	248	25	26	23	25	2.00
74243753--74243969	46	4.7	44	79	11	186	22	28	20	28	1.99
74243799--74243972	94	1.9	92	83	4	224	22	28	21	28	1.99
74251451--74251565	46	2.5	44	88	6	160	23	29	19	27	1.98
74252716--74252800	26	3.3	26	65	12	75	40	12	10	36	1.78
74252790--74252820	14	2.2	14	94	0	53	29	9	6	54	1.57
74259888--74260062	46	3.8	46	72	5	147	21	18	28	30	1.97
74288248--74288414	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
74288264--74288412	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74296243--74296410	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
74296259--74296408	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
74299668--74299693	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
74309783--74309965	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
74314966--74315250	86	3.3	86	86	2	324	18	22	21	37	1.94
74315399--74315642	44	5.6	43	79	4	240	20	22	21	35	1.96
74314966--74315603	44	14.7	42	65	15	185	20	22	21	36	1.96
74315399--74315636	129	1.8	131	86	5	349	19	23	21	35	1.96
74315441--74315642	86	2.3	85	83	3	242	19	22	21	36	1.95
74315442--74315698	89	3.0	84	76	11	239	19	23	21	35	1.96
74320441--74320854	49	8.4	49	95	0	720	34	11	26	27	1.91
74320903--74320989	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
74335608--74335667	10	6.0	10	83	11	70	23	6	1	68	1.22
74335610--74335667	30	1.9	30	86	13	84	22	6	1	68	1.22
74336383--74336416	18	1.9	18	88	5	52	26	14	5	52	1.64
74338753--74338814	29	2.2	29	85	2	81	30	16	25	27	1.96
74338768--74338833	29	2.3	29	89	0	96	27	18	27	27	1.98
74347333--74347420	40	2.2	40	79	0	95	25	27	21	26	1.99
74347406--74347434	14	2.1	14	100	0	58	20	27	20	31	1.98
74347329--74347508	94	1.9	93	82	1	225	26	26	20	26	1.99
74347421--74347508	40	2.2	40	95	0	158	28	27	18	26	1.98
74355439--74355646	40	5.2	40	81	2	206	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74362860--74363121	39	6.7	39	94	0	445	19	22	28	29	1.98
74365811--74365914	26	4.0	26	89	0	154	32	9	22	35	1.86
74365811--74365914	52	2.0	52	92	0	172	32	9	22	35	1.86
74370153--74370222	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
74377786--74377952	40	4.2	40	83	3	187	24	26	22	25	2.00
74381264--74381333	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
74389161--74389230	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
74393149--74393259	39	2.8	38	75	10	116	22	21	25	30	1.99
74395398--74395444	25	2.0	25	83	8	62	55	19	2	23	1.54
74395889--74395915	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
74397965--74398019	24	2.3	24	93	0	92	27	21	18	32	1.96
74398070--74398135	20	3.3	20	91	0	105	31	19	12	36	1.89
74398070--74398124	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
74416700--74416831	29	4.6	29	92	0	210	25	31	15	27	1.95
74416671--74416831	58	2.8	58	86	0	178	25	32	15	26	1.95
74416671--74416831	87	1.9	87	83	0	214	25	32	15	26	1.95
74424484--74424615	29	4.6	29	92	0	210	25	31	15	27	1.95
74424455--74424615	58	2.8	58	86	0	178	25	32	15	26	1.95
74424455--74424615	87	1.9	87	83	0	214	25	32	15	26	1.95
74426483--74426536	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
74434155--74434409	55	4.8	54	79	9	260	35	18	25	21	1.95
74434165--74434362	108	1.8	110	89	4	312	33	17	25	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74434601--74434631	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
74441702--74441955	55	4.8	54	79	9	260	35	18	25	21	1.95
74441711--74441908	108	1.8	110	89	4	312	33	17	25	22	1.96
74442147--74442177	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
74448040--74448109	27	2.5	28	93	2	115	28	15	27	28	1.96
74450184--74450343	55	3.0	54	80	6	189	22	26	16	34	1.95
74450353--74450515	47	3.5	47	91	0	247	24	23	14	36	1.93
74456836--74456984	40	3.7	40	86	5	160	25	20	26	28	1.99
74464771--74464818	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
74464862--74464920	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335