genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65312188--65312331	45	3.2	45	94	0	261	26	26	22	24	2.00
65318582--65318633	27	2.0	27	84	3	70	30	13	19	36	1.90
65323059--65323105	20	2.3	20	81	0	58	38	17	21	23	1.93
65324211--65324386	46	3.8	46	77	12	207	22	19	27	30	1.98
65324208--65324378	93	1.8	93	93	0	297	22	20	27	29	1.99
65324607--65324644	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
65331277--65331440	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65331277--65331474	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
65334093--65334268	46	3.8	46	75	14	182	22	21	27	28	1.99
65334090--65334260	93	1.8	93	91	2	281	22	21	27	28	1.99
65334489--65334526	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
65336222--65336273	27	1.9	27	84	7	70	32	25	23	19	1.97
65336973--65337014	17	2.5	17	88	0	66	16	42	28	11	1.84
65342305--65342471	68	2.5	65	78	10	178	29	15	27	26	1.96
65342445--65342645	101	2.0	99	87	1	285	24	18	26	29	1.98
65342452--65342642	50	3.8	49	83	2	238	25	19	25	29	1.98
65344501--65344577	33	2.3	34	82	6	95	36	15	24	23	1.94
65349865--65350037	46	3.7	46	78	13	210	21	20	28	29	1.98
65349862--65350032	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
65351443--65351507	25	2.6	25	87	0	94	23	24	24	27	2.00
65351667--65351730	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
65351714--65351826	53	2.1	53	83	4	147	28	20	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65351711--65351826	27	4.4	26	72	17	78	28	19	15	36	1.93
65351806--65351986	27	6.7	27	76	11	122	29	9	20	39	1.85
65351852--65352013	54	3.0	53	87	3	209	30	7	20	41	1.80
65351859--65352013	81	1.9	81	86	2	222	29	6	21	42	1.78
65351859--65352013	27	5.7	27	85	6	188	29	6	21	42	1.78
65351888--65352038	81	1.9	81	80	2	178	31	5	21	41	1.77
65351995--65352111	54	2.2	54	76	0	126	36	7	22	33	1.83
65352006--65352090	27	3.1	27	89	0	134	38	8	23	29	1.84
65352006--65352105	27	3.7	27	86	0	128	38	9	23	30	1.85
65356853--65356975	61	2.0	61	100	0	246	47	18	1	32	1.59
65356864--65356964	30	3.3	30	72	13	107	50	17	0	30	1.53
65358501--65358648	43	3.5	43	72	9	115	27	18	22	30	1.98
65358534--65358650	43	2.7	42	77	5	128	29	18	22	29	1.97
65374778--65374949	93	1.8	93	94	0	308	27	29	20	21	1.98
65374771--65374946	46	3.8	46	79	10	205	28	29	20	21	1.98
65374779--65374965	46	4.0	46	71	19	138	28	29	20	21	1.98
65377242--65377366	40	3.2	40	85	5	157	24	29	21	24	1.99
65383432--65383601	93	1.8	93	89	0	268	22	20	28	28	1.99
65386306--65386369	33	2.0	32	81	6	76	46	23	3	26	1.67
65394576--65394762	27	6.9	27	85	1	214	40	20	8	31	1.81
65394585--65394762	54	3.3	54	91	0	284	41	20	7	30	1.81
65394585--65394871	27	10.7	27	75	5	197	40	22	7	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65394858--65395073	27	8.0	27	81	4	222	34	17	20	27	1.95
65394855--65395063	81	2.6	81	83	3	269	34	18	19	27	1.95
65395305--65395408	27	3.8	28	83	3	106	22	21	20	36	1.95
65395415--65395580	78	2.1	78	90	0	260	18	18	29	34	1.94
65395602--65395682	27	3.0	26	87	5	108	17	22	22	38	1.93
65395803--65395940	25	5.6	24	73	9	100	23	13	13	50	1.75
65395800--65395952	6	24.8	6	71	15	89	22	13	12	51	1.74
65400225--65400284	30	2.0	30	86	0	84	30	23	5	41	1.75
65408316--65408415	40	2.5	40	81	3	112	26	29	23	22	1.99
65408360--65408467	40	2.7	39	81	5	110	25	26	25	23	2.00
65416289--65416441	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
65418135--65418234	40	2.5	40	86	3	130	37	21	14	28	1.91
65420520--65420555	19	1.9	18	88	5	54	33	5	25	36	1.79
65423354--65423437	26	3.4	25	76	11	75	28	21	20	29	1.98
65423377--65423437	26	2.4	26	86	8	81	27	22	19	29	1.98
65423487--65423549	29	2.2	29	85	5	83	33	19	7	39	1.80
65423504--65423552	20	2.5	20	87	12	68	34	20	6	38	1.77
65430089--65430143	26	2.1	26	82	3	65	27	16	20	36	1.93
65432434--65432480	23	2.0	23	84	8	60	42	8	0	48	1.33
65434850--65435038	40	4.8	40	85	7	244	22	22	29	25	1.99
65434846--65435038	78	2.5	79	87	2	282	23	21	28	25	1.99
65442971--65443114	40	3.6	39	83	9	175	23	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65461660--65461697	16	2.3	16	90	4	58	10	5	2	81	0.94
65463156--65463864	353	2.0	353	89	1	1071	36	11	20	32	1.88
65465638--65465809	46	3.7	45	78	10	195	20	20	29	29	1.98
65465630--65465801	93	1.8	93	92	0	290	20	21	29	27	1.98
65468849--65468937	46	1.9	47	88	2	135	34	19	19	26	1.95
65468848--65468950	47	2.2	46	84	1	134	33	16	21	28	1.95
65470319--65470426	54	2.0	54	92	0	180	37	16	16	28	1.91
65471626--65471681	27	2.1	27	100	0	112	39	21	21	17	1.93
65473241--65473460	46	4.8	45	76	12	164	22	30	20	27	1.98
65473247--65473461	94	2.3	90	82	7	245	23	29	19	27	1.98
65489106--65489176	37	1.9	37	100	0	142	22	33	22	21	1.97
65489104--65489190	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
65489259--65489522	49	5.4	49	93	1	458	30	27	7	34	1.85
65493028--65493166	35	4.0	34	76	5	100	41	17	9	30	1.81
65497024--65497231	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
65497124--65497231	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
65504571--65504731	71	2.3	71	86	2	234	17	26	19	36	1.94
65508866--65508909	14	3.2	13	90	3	61	34	9	9	47	1.67
65509164--65509205	18	2.3	18	80	8	50	26	0	9	64	1.24
65513397--65513507	48	2.3	48	85	0	141	40	16	19	23	1.91
65513803--65513827	10	2.5	10	100	0	50	8	28	44	20	1.79
65519326--65519414	35	2.5	35	80	3	99	28	20	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65519445--65519523	38	2.1	38	82	0	95	25	24	22	27	2.00
65530247--65530308	20	3.1	20	100	0	124	41	4	19	33	1.72
65531973--65532042	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
65539972--65540041	27	2.6	27	93	2	113	28	27	15	28	1.96
65546441--65546512	29	2.5	28	84	4	81	31	33	13	20	1.92
65567447--65567934	47	10.4	47	93	0	796	28	30	8	32	1.87
65572579--65572632	17	3.4	17	70	15	51	16	38	27	16	1.90
65575382--65575563	39	4.6	39	87	2	240	24	22	30	23	1.99
65583402--65583542	38	3.6	39	92	3	223	26	21	29	22	1.99
65588091--65588272	39	4.6	39	86	2	231	23	30	21	24	1.99
65591538--65591710	27	6.4	27	82	0	193	35	19	18	27	1.95
65591538--65591710	81	2.1	81	84	0	229	35	19	18	27	1.95
65591711--65591764	27	2.0	26	89	3	81	22	20	20	37	1.95
65592447--65592486	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
65592483--65592538	27	2.1	26	83	3	67	23	19	19	37	1.94
65594535--65594567	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
65594747--65594837	39	2.4	39	79	5	96	26	29	24	19	1.98
65594772--65594935	78	2.1	77	83	5	197	26	28	21	23	1.99
65594792--65594935	39	3.7	39	87	1	200	26	28	21	23	1.99
65601108--65601191	43	2.0	43	83	9	109	26	16	27	29	1.97
65609934--65610206	49	5.5	49	93	2	447	28	9	32	28	1.89
65610309--65610386	37	2.1	37	97	0	147	29	19	30	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65618248--65618287	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
65622590--65622765	88	2.0	88	100	0	352	44	18	11	26	1.83
65633171--65633229	30	2.0	30	93	0	100	62	10	1	25	1.36
65635384--65635594	45	4.6	45	79	6	219	22	30	19	27	1.98
65635336--65635549	45	4.7	44	81	4	185	21	30	18	28	1.97
65637687--65637764	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
65640008--65640032	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65643640--65643761	47	2.6	47	83	3	140	24	26	18	30	1.98
65646709--65646916	40	5.2	40	92	0	335	26	30	20	22	1.98
65653263--65653496	55	4.4	53	75	9	201	35	17	25	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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