genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67026141--67026242	52	2.0	52	86	7	145	35	33	12	18	1.89
67026138--67026249	26	4.3	26	74	10	95	33	33	13	18	1.90
67027988--67028176	87	2.2	87	86	3	256	28	15	30	25	1.96
67027988--67028118	29	4.5	29	97	0	235	30	14	29	25	1.95
67027988--67028176	29	6.5	28	85	4	119	28	15	30	25	1.96
67031430--67031473	9	4.7	9	78	10	52	54	11	0	34	1.36
67032410--67032458	2	24.5	2	100	0	98	0	0	48	51	1.00
67035342--67035376	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
67037356--67037506	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
67037393--67037522	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
67044551--67044701	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
67044588--67044717	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
67047514--67047540	12	2.2	12	100	0	54	14	29	33	22	1.94
67050541--67050625	41	2.1	41	97	0	161	38	10	14	36	1.80
67051819--67051921	28	3.7	28	89	0	152	24	13	32	30	1.93
67056616--67056746	47	2.8	47	80	1	145	22	13	26	36	1.92
67070069--67070338	40	6.8	40	96	0	427	22	21	28	27	1.99
67072353--67072482	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
67072369--67072519	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
67072353--67072519	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
67081394--67081703	40	7.8	40	95	0	489	23	21	27	27	1.99
67092820--67092942	27	4.5	27	86	2	138	36	13	21	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67092820--67092942	54	2.2	55	87	5	169	36	13	21	28	1.92
67094579--67095011	53	8.0	53	78	8	363	41	11	21	25	1.87
67094665--67094784	62	1.9	62	93	0	204	42	10	22	25	1.84
67094620--67094837	115	1.9	115	86	1	312	44	9	20	25	1.81
67094743--67094830	27	3.3	27	70	3	79	47	7	22	21	1.76
67094771--67094840	27	2.7	26	75	2	68	45	4	21	28	1.70
67101288--67101330	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
67105571--67105716	46	3.1	46	86	5	159	26	28	8	36	1.86
67105870--67105994	22	5.4	22	62	23	60	23	28	13	35	1.92
67105697--67106139	47	9.5	47	92	1	676	24	27	11	36	1.91
67110021--67110141	59	2.1	59	98	0	233	26	31	15	26	1.96
67118976--67119047	22	3.3	22	75	7	76	20	1	8	69	1.22
67132493--67132569	29	2.6	29	77	6	84	29	7	10	51	1.64
67133922--67133973	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
67134013--67134048	19	1.9	18	88	5	54	63	0	0	36	0.94
67135262--67135320	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
67138754--67138821	20	3.4	20	80	8	75	17	30	20	30	1.96
67139678--67139735	21	2.8	21	91	0	98	17	34	22	25	1.96
67140843--67140875	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
67149681--67149716	5	7.0	5	93	6	63	80	0	0	19	0.71
67149682--67149717	11	3.4	11	96	3	65	83	0	0	16	0.65
67152931--67153010	39	2.1	39	100	0	160	22	10	15	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67163969--67164011	18	2.4	18	80	0	50	25	0	16	58	1.38
67165168--67165227	24	2.5	24	83	5	68	38	5	40	16	1.71
67173678--67173719	20	2.2	19	87	12	59	16	21	4	57	1.58
67174364--67174558	25	7.8	25	83	4	216	28	22	21	27	1.99
67174364--67174558	50	3.9	49	85	2	255	28	22	21	27	1.99
67174364--67174558	75	2.6	75	86	3	241	28	22	21	27	1.99
67176629--67176664	17	2.1	17	100	0	72	61	5	5	27	1.41
67177706--67177749	24	1.9	24	86	9	65	45	18	4	31	1.69
67184368--67184399	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
67186762--67186795	14	2.5	13	90	4	50	85	0	14	0	0.60
67194637--67194748	27	4.2	26	83	7	134	37	23	22	16	1.94
67194637--67194748	54	2.1	54	86	3	154	37	23	22	16	1.94
67196167--67196213	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
67196962--67197014	22	2.4	22	87	0	70	50	16	11	20	1.76
67197516--67199647	541	3.9	541	95	0	3646	37	15	19	28	1.91
67205572--67205667	46	2.1	46	94	0	165	32	12	12	42	1.80
67219739--67219892	42	3.6	44	76	10	167	28	15	24	31	1.96
67221731--67221777	21	2.2	20	85	7	58	42	0	0	57	0.98
67223185--67223252	23	3.0	23	79	16	86	42	16	19	22	1.89
67224743--67224807	3	22.0	3	83	9	80	30	0	4	64	1.14
67232267--67232337	3	24.0	3	84	8	92	32	0	4	63	1.14
67232665--67232705	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67235194--67235470	68	4.1	68	85	1	358	36	17	22	24	1.95
67239150--67239181	16	1.9	17	93	6	57	40	15	0	43	1.47
67242011--67242061	26	2.0	26	92	0	84	41	9	5	43	1.62
67245966--67246017	26	2.0	26	100	0	104	42	11	3	42	1.59
67247899--67247924	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
67248165--67248295	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
67256181--67256308	40	3.2	40	77	8	138	25	22	26	25	2.00
67257081--67257210	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
67265075--67265184	40	2.7	41	86	8	138	20	30	26	22	1.99
67271832--67271876	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
67273314--67273420	54	2.0	54	83	7	137	38	19	10	31	1.85
67273314--67273412	27	3.7	27	85	5	121	40	18	10	31	1.83
67273398--67273457	27	2.2	27	84	0	75	33	25	8	33	1.86
67273409--67273619	27	7.8	27	86	2	244	27	23	8	39	1.84
67273544--67273823	27	10.3	27	76	6	143	36	19	9	34	1.84
67273355--67273646	81	3.6	82	75	4	234	30	21	8	38	1.84
67273598--67273823	54	4.1	54	75	6	213	38	19	9	32	1.84
67273841--67273918	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
67275172--67275227	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
67275161--67275227	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
67275277--67275380	23	4.4	24	93	3	167	29	20	21	28	1.98
67275282--67275373	47	2.0	46	95	2	166	26	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67275588--67275651	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
67277860--67277885	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
67297641--67297674	14	2.3	15	90	5	52	8	5	0	85	0.75
67298250--67298302	27	2.0	27	96	0	97	32	15	28	24	1.95
67307682--67307721	21	1.9	21	94	0	71	15	25	5	55	1.60
67309465--67309527	24	2.6	25	87	10	94	12	4	19	63	1.46
67317535--67317559	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
67324904--67325003	51	2.0	50	88	5	150	46	16	9	29	1.77
67329467--67329491	11	2.3	11	100	0	50	48	8	0	44	1.32
67330387--67330421	15	2.3	16	90	9	56	51	20	2	25	1.61
67342754--67343036	18	15.3	18	71	14	155	37	14	11	36	1.82
67342754--67343036	36	7.6	36	70	16	193	37	14	11	36	1.82
67342754--67342904	80	1.9	80	81	8	182	37	15	11	35	1.84
67343204--67343396	45	4.3	45	94	1	318	40	20	19	19	1.91
67344169--67344208	6	6.8	6	83	16	57	35	17	0	47	1.48
67344181--67344262	21	3.8	21	71	18	53	43	18	0	37	1.50
67345502--67345553	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
67347656--67347737	29	2.8	29	94	0	137	28	14	31	25	1.95
67349729--67349786	27	2.2	26	81	9	71	32	0	44	22	1.53
67350346--67350396	25	2.0	25	96	0	93	37	13	11	37	1.82
67352068--67352363	152	1.9	153	94	0	522	29	23	9	37	1.86
67377453--67377550	49	2.0	49	83	0	124	38	17	24	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67377498--67377644	72	2.0	72	90	0	231	38	14	25	21	1.91
67380147--67380184	10	3.6	11	86	10	53	63	0	0	36	0.95
67381680--67381824	70	2.1	70	97	0	272	33	18	15	33	1.92
67384732--67384769	20	2.0	20	94	5	69	31	10	7	50	1.66
67389721--67389758	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
67395263--67395321	3	19.7	3	75	0	55	33	5	33	27	1.79
67395268--67395311	12	3.7	12	96	0	79	36	6	29	27	1.83
67395268--67395321	12	4.5	12	92	0	72	35	5	31	27	1.80
67397384--67397712	164	2.0	164	98	0	640	24	10	22	43	1.84
67399353--67399392	18	2.3	18	86	4	55	80	0	15	5	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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