Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  63  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22105825--22105903
6
13.0
6
75
12
72
16
3
1
78
0.96
22105825--22105923
49
2.0
49
82
7
121
18
4
1
76
0.99
22108789--22108821
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
22116196--22116330
35
3.7
37
80
10
170
31
11
23
34
1.90
22116751--22116803
13
4.1
13
77
0
52
49
3
11
35
1.57
22116751--22116801
26
2.0
26
92
0
84
49
3
11
35
1.58
22123792--22123840
25
2.0
25
84
4
64
63
8
0
28
1.23
22123804--22123849
25
1.9
23
86
8
65
63
8
0
28
1.24
22125684--22125725
21
2.0
21
90
0
66
30
28
28
11
1.92
22134001--22134053
18
2.8
18
83
8
54
67
0
9
22
1.19
22142846--22142996
53
2.8
53
89
4
214
25
16
27
29
1.97
22151452--22151495
13
3.3
13
77
3
52
34
0
4
61
1.16
22151451--22151520
30
2.5
28
82
13
74
37
0
5
57
1.23
22160256--22160281
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
22161609--22161654
22
2.2
22
84
7
60
56
6
0
36
1.25
22167105--22167144
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
22177485--22177573
44
2.0
44
100
0
178
38
8
6
46
1.62
22178969--22179002
14
2.4
15
85
14
54
55
0
0
44
0.99
22179047--22179097
25
2.0
25
81
7
59
62
0
1
35
1.06
22182363--22182408
21
2.2
20
84
3
56
28
8
19
43
1.80
22198877--22198956
26
3.1
27
78
16
89
56
1
1
41
1.15
22206473--22206557
21
4.0
21
76
4
62
37
25
20
16
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22206471--22206534
21
3.0
21
86
0
83
35
26
23
14
1.93
22206643--22206687
23
2.0
23
82
8
56
26
22
2
48
1.62
22213922--22213949
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
22220054--22220137
24
3.5
24
88
0
114
38
28
13
20
1.90
22223351--22223430
38
2.1
38
90
0
124
20
22
28
28
1.98
22223402--22223588
42
4.4
43
87
4
265
13
22
33
29
1.93
22223907--22224030
45
2.8
44
79
8
112
25
23
29
21
1.99
22226485--22226819
35
9.6
35
85
1
368
31
24
13
30
1.93
22226485--22226819
104
3.2
104
84
1
375
31
24
13
30
1.93
22226486--22226819
139
2.4
140
83
1
402
31
24
13
30
1.94
22229008--22229138
46
2.9
45
85
5
174
28
5
23
42
1.76
22253536--22253602
28
2.3
29
84
5
82
62
1
4
31
1.24
22261102--22261132
6
5.2
6
100
0
62
0
16
51
32
1.44
22283613--22283709
48
2.1
46
88
3
140
36
14
23
25
1.93
22287248--22287272
13
1.9
13
100
0
50
0
8
28
64
1.22
22292689--22292745
3
18.7
3
82
10
62
63
0
36
0
0.95
22293808--22293843
11
3.3
11
92
0
54
41
0
5
52
1.24
22295447--22295513
12
5.6
12
69
13
57
22
31
41
4
1.73
22308760--22308795
10
3.6
10
92
7
56
19
8
0
72
1.10
22315596--22315723
64
2.0
64
89
0
193
29
14
15
39
1.88
22315832--22316154
45
7.2
45
67
15
134
30
18
21
29
1.97
22315820--22316154
134
2.5
133
78
6
424
30
18
22
28
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22315901--22316408
254
2.0
254
94
0
899
31
18
21
28
1.97
22316266--22316439
45
3.9
45
74
12
126
34
18
20
25
1.96
22316214--22316410
90
2.2
88
77
8
193
30
19
20
28
1.97
22316155--22316632
134
3.6
133
80
6
513
31
19
21
27
1.97
22316937--22316972
17
2.1
17
100
0
72
30
47
0
22
1.52
22317507--22317544
20
1.9
19
89
5
58
39
0
0
60
0.97
22317516--22317549
17
2.1
17
94
5
61
38
0
0
61
0.96
22319510--22319597
43
2.0
43
100
0
176
50
6
4
38
1.50
22323368--22323410
13
3.2
13
86
3
50
18
0
4
76
0.95
22323364--22323397
9
3.8
9
85
14
52
17
0
2
79
0.86
22323459--22323499
11
3.8
11
78
15
50
34
0
2
63
1.08
22323439--22323714
36
7.8
34
71
18
158
43
2
1
52
1.25
22323462--22323506
22
2.1
21
88
8
65
37
0
2
60
1.09
22323451--22323484
11
2.8
12
86
13
52
38
0
0
61
0.96
22323566--22323594
14
2.1
14
100
0
58
51
0
0
48
1.00
22323606--22323652
21
2.2
22
84
3
60
46
2
2
48
1.25
22323799--22323848
26
2.0
26
84
4
66
56
4
2
38
1.30
22323838--22323886
7
6.6
7
82
13
62
53
0
2
44
1.12
22323815--22323893
31
2.5
32
91
4
133
56
0
3
39
1.17
22323875--22323998
36
3.6
33
79
13
135
57
2
1
38
1.22
22323934--22323975
21
2.0
20
90
4
66
61
2
0
35
1.09
22324040--22324073
9
3.8
9
85
14
52
79
2
0
17
0.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22324026--22324069
13
3.3
13
83
3
52
75
4
0
20
0.98
22326008--22326067
31
2.0
30
90
3
93
40
10
0
50
1.36
22332481--22332516
18
2.1
17
89
5
54
36
5
0
58
1.22
22343128--22343178
10
5.6
9
77
9
50
62
0
0
37
0.95
22343129--22343236
19
5.6
19
69
17
71
58
0
1
38
1.15
22343103--22343201
40
2.4
42
80
11
100
60
1
2
36
1.15
22343192--22343256
20
3.3
19
77
12
60
60
1
1
36
1.16
22343148--22343253
21
5.4
19
72
18
67
60
0
1
36
1.14
22343405--22343453
19
2.6
19
75
12
55
48
16
0
34
1.46
22343763--22343912
9
15.7
9
70
15
72
35
2
3
59
1.25
22343876--22343959
9
9.2
9
69
21
50
34
2
1
61
1.16
22343924--22343958
11
3.2
11
87
0
52
28
2
0
68
1.04
22343919--22343958
22
1.9
22
90
10
66
35
2
0
62
1.09
22351793--22351895
51
2.0
51
100
0
206
43
23
3
29
1.71
22352429--22352456
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
22352709--22352756
24
2.0
24
83
0
60
39
22
25
12
1.89
22352812--22352861
26
2.0
26
88
4
75
42
20
20
18
1.90
22355916--22355961
18
2.5
19
75
13
51
58
6
0
34
1.24
22356175--22356209
10
3.5
10
88
0
52
37
22
25
14
1.92
22356172--22356219
20
2.4
20
75
0
60
31
18
29
20
1.97
22357836--22357921
24
3.6
24
79
0
109
10
25
1
62
1.34
22357865--22357910
18
2.6
18
85
0
65
13
28
0
58
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22357913--22357997
42
2.0
41
88
0
107
15
23
4
56
1.58
22360445--22360479
10
3.5
10
88
0
52
37
22
25
14
1.92
22360442--22360489
20
2.4
20
75
0
60
31
18
29
20
1.97
22365883--22365934
23
2.3
23
93
3
88
50
11
0
38
1.39
22369832--22369873
20
2.0
22
86
9
61
45
0
0
54
0.99
22369886--22369916
15
2.0
16
93
6
55
58
0
3
38
1.15
22369939--22370010
15
4.7
15
74
17
67
51
1
1
45
1.18
22373449--22373480
5
6.6
5
96
3
57
84
0
0
15
0.63
22379219--22379249
16
1.9
16
93
0
53
41
0
3
54
1.16
22379329--22379359
12
2.6
12
94
0
53
74
0
25
0
0.82
22384725--22384784
30
2.0
30
100
0
120
30
33
13
23
1.93
22386771--22386809
17
2.3
17
95
0
69
51
23
7
17
1.71
22389835--22389962
64
2.0
64
95
0
229
16
29
10
43
1.80
22390663--22390693
11
2.7
12
90
10
55
29
0
6
64
1.18
22391490--22391515
12
2.2
12
100
0
52
19
15
26
38
1.91
22392965--22393032
32
2.1
32
81
10
77
23
4
16
55
1.58
22393028--22393100
32
2.5
27
76
19
83
26
4
19
50
1.65
22393041--22393101
32
1.9
32
93
0
104
27
4
18
49
1.68
22394096--22394140
22
2.0
22
95
0
81
28
4
20
46
1.69
22394060--22394203
68
2.1
68
87
2
200
29
6
18
45
1.76
22394557--22394615
14
4.2
14
85
6
75
38
15
6
38
1.74
22394557--22394623
29
2.3
29
85
7
84
38
13
5
41
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22395266--22395305
21
1.9
21
89
0
62
30
10
2
57
1.45
22397561--22397644
42
2.0
42
92
0
141
30
17
4
46
1.69
22401376--22401453
36
2.3
35
80
10
90
44
0
2
52
1.14
22403593--22403617
6
4.2
6
100
0
50
0
64
0
36
0.94
22406674--22406743
35
2.0
35
97
0
131
50
11
2
35
1.53
22406689--22406746
19
3.2
19
68
22
61
51
10
1
36
1.46
22409705--22409781
37
2.1
37
95
0
136
29
22
16
31
1.96
22410980--22411025
22
2.0
24
83
8
60
32
4
15
47
1.65
22416550--22416599
2
25.5
2
95
4
93
52
0
0
48
1.00
22423048--22423089
5
8.2
5
85
15
59
0
2
19
78
0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335