genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63080874--63080953	42	1.9	42	86	0	115	36	10	32	21	1.86
63082624--63082702	39	2.0	39	97	0	149	29	5	26	39	1.77
63088428--63088491	21	2.8	23	81	6	69	42	1	4	51	1.32
63088436--63088527	20	4.4	20	74	18	64	43	2	4	50	1.34
63088372--63088466	17	5.3	17	66	18	50	42	1	1	55	1.13
63088471--63088536	20	3.4	19	83	8	71	36	1	7	54	1.38
63088478--63088534	19	2.9	19	84	7	71	38	1	3	56	1.27
63089700--63089842	59	2.4	59	82	4	171	41	17	15	25	1.88
63090387--63090433	19	2.6	18	83	9	60	34	0	2	63	1.06
63090372--63090461	44	2.0	44	85	4	119	35	0	2	62	1.08
63090402--63090450	24	2.0	24	84	11	64	42	0	2	55	1.11
63090424--63090461	19	2.1	19	90	5	60	39	0	2	57	1.12
63090387--63090481	20	4.6	20	74	17	61	35	0	5	58	1.20
63090633--63090672	14	2.7	15	80	11	55	47	17	5	30	1.69
63094086--63094194	54	2.0	54	89	0	164	22	19	20	37	1.94
63095801--63095989	41	4.5	42	78	8	179	18	16	24	40	1.91
63095801--63095930	45	3.0	44	84	3	165	17	14	23	43	1.86
63096883--63097051	6	27.8	6	75	15	152	48	13	17	20	1.80
63096888--63097051	85	1.9	85	94	0	292	48	14	17	20	1.81
63097174--63097226	27	2.0	27	88	0	79	35	22	24	16	1.95
63097174--63097242	27	2.6	27	79	9	70	34	20	26	18	1.96
63097553--63097635	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63097835--63098029	27	7.2	26	81	4	147	26	18	18	36	1.94
63097833--63098029	54	3.6	54	86	5	263	25	18	18	36	1.94
63097836--63098029	81	2.4	81	83	1	237	26	19	18	36	1.94
63098034--63098540	27	18.8	27	84	5	632	40	9	22	27	1.85
63098535--63098593	27	2.2	27	84	3	75	30	13	18	37	1.90
63106053--63106129	36	2.1	37	97	2	147	20	32	19	27	1.97
63106232--63106354	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
63109455--63109552	40	2.4	40	81	9	110	24	23	25	26	2.00
63110035--63110286	29	8.7	29	95	1	425	24	33	17	24	1.96
63112299--63112376	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
63112479--63112601	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
63117283--63117472	41	4.5	42	82	11	201	18	17	24	38	1.92
63117279--63117414	45	3.1	45	85	9	174	19	15	23	41	1.89
63119197--63119228	15	2.1	15	94	0	55	25	21	15	37	1.93
63119193--63119236	22	2.0	21	83	12	54	29	20	13	36	1.91
63123658--63123757	40	2.4	41	80	11	114	29	19	25	27	1.98
63134443--63134478	3	12.0	3	87	0	54	63	5	0	30	1.17
63138046--63138229	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63138086--63138274	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63145350--63145533	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63145390--63145578	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63152049--63152110	32	1.9	32	90	0	97	24	29	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63152092--63152238	40	3.7	39	79	8	163	23	27	23	25	2.00
63155304--63155447	49	2.9	49	85	4	200	27	27	20	25	1.99
63158977--63159106	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
63158993--63159144	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
63158993--63159142	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
63166977--63167106	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
63166993--63167144	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
63166993--63167142	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
63171339--63171379	18	2.4	17	87	4	55	2	26	0	70	0.99
63176524--63176601	29	2.7	29	85	0	84	23	33	16	26	1.96
63183812--63183889	29	2.7	29	85	0	84	23	33	16	26	1.96
63201495--63201551	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
63201493--63201555	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
63201604--63201769	24	7.0	24	91	6	250	28	22	21	26	1.99
63201604--63201769	46	3.5	48	90	6	250	28	22	21	26	1.99
63209591--63209647	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
63209589--63209659	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
63209600--63209654	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
63209589--63209669	40	2.0	40	88	4	119	37	12	19	30	1.89
63209703--63209845	24	6.0	24	90	4	202	28	23	21	26	1.99
63209703--63209824	47	2.6	47	93	2	201	29	22	20	27	1.99
63211511--63211732	40	5.6	39	85	4	241	26	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63211511--63211732	79	2.8	80	83	8	281	26	21	26	25	2.00
63211511--63211768	79	3.3	79	79	9	215	26	21	26	25	1.99
63213173--63213340	40	4.2	40	82	1	176	24	26	22	26	2.00
63219335--63219488	38	4.0	38	87	3	202	29	24	22	23	1.99
63219335--63219488	75	2.0	78	86	6	217	29	24	22	23	1.99
63227491--63227672	40	4.6	40	90	4	269	25	28	20	24	1.99
63227475--63227681	80	2.6	80	86	3	301	26	28	21	23	1.99
63235547--63235713	79	2.1	80	85	4	223	26	28	20	23	1.99
63235547--63235713	40	4.2	40	84	3	205	26	28	20	23	1.99
63237664--63237734	27	2.6	27	84	10	83	35	22	25	16	1.95
63237687--63237744	28	2.1	28	83	6	73	37	20	25	15	1.92
63238071--63238110	17	2.4	17	95	0	71	12	40	30	17	1.86
63244734--63244758	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
63246431--63246645	27	8.0	27	85	1	261	34	20	20	24	1.96
63247272--63247323	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
63249529--63249761	27	8.6	27	86	0	268	37	19	17	25	1.93
63249541--63249789	27	9.2	27	84	3	234	38	20	16	24	1.93
63249541--63249789	81	3.1	79	79	5	259	38	20	16	24	1.93
63255966--63256000	14	2.5	14	85	0	52	31	17	5	45	1.71
63258789--63258857	36	1.9	36	90	0	111	15	17	28	37	1.91
63281072--63281282	40	5.3	40	84	3	248	27	26	21	25	1.99
63289334--63289527	40	4.8	40	90	0	244	27	25	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63292310--63292373	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
63292564--63292706	24	6.0	24	88	4	191	27	21	21	29	1.99
63292564--63292705	47	3.0	48	88	5	189	27	21	21	28	1.99
63292563--63292706	71	2.0	72	86	4	202	27	21	21	29	1.99
63292756--63292816	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
63292859--63292906	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63294143--63294542	27	14.8	27	86	2	464	40	8	23	27	1.84
63294537--63294743	27	7.7	27	80	3	161	30	8	20	40	1.81
63294495--63294733	81	3.0	79	75	7	205	33	9	20	37	1.84
63294592--63294743	27	5.7	27	87	2	191	30	7	19	42	1.79
63294620--63294760	27	5.3	25	82	7	111	31	7	18	42	1.77
63297549--63297612	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
63297804--63297944	24	6.0	24	88	7	191	26	21	21	29	1.99
63297804--63297943	47	3.0	48	88	7	189	27	22	22	28	1.99
63297994--63298054	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
63299316--63299401	27	3.2	27	71	0	73	27	6	26	38	1.82
63299380--63299779	27	14.8	27	85	2	516	39	8	24	27	1.85
63299829--63299980	27	5.7	27	88	2	200	30	7	20	41	1.79
63299774--63299980	27	7.7	26	83	4	189	30	8	21	40	1.82
63308369--63308602	48	4.9	48	92	1	344	35	7	27	29	1.84
63308746--63308845	37	2.7	37	95	0	173	24	20	33	23	1.97
63313221--63313281	31	2.0	31	86	0	86	24	26	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63313489--63313548	25	2.4	24	86	8	93	26	23	18	31	1.97
63313597--63313643	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
63320909--63320971	24	2.6	25	87	5	85	33	30	15	20	1.94
63327017--63327046	15	2.0	15	100	0	60	13	13	33	40	1.83
63331776--63331951	46	3.8	46	79	12	216	20	20	28	30	1.98
63331773--63331944	93	1.8	93	96	0	317	20	20	29	29	1.98
63336057--63336169	42	2.7	42	78	12	124	26	14	24	34	1.94
63346908--63346936	6	4.8	6	100	0	58	68	0	13	17	1.20
63352181--63352285	49	2.2	46	86	6	140	35	2	54	7	1.44
63353731--63353766	17	2.1	17	100	0	72	33	13	36	16	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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