Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  90  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29278456--29278527
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2.0
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10
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2.0
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44
2.4
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144
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0
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54
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159
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31
25
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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48
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1.9
19
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2
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31
2.3
31
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122
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26
1.63
29363793--29363861
15
4.5
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53
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14
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42
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2.1
19
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62
0
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1.9
18
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11
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2.3
23
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2.1
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30
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29394916--29394968
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2.6
21
79
11
56
32
1
5
60
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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1.9
177
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19
19
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0
22
0
77
0.78
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0
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0
22
0
77
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25
1.75
29440840--29441100
112
2.3
115
87
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375
47
16
12
23
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29440904--29441012
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1.77
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1.9
71
94
0
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46
14
15
23
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1.68
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12
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52
17
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1.64
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17
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12
10
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12
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1.64
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20
47
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29443276--29443341
10
6.4
10
84
6
78
31
0
4
63
1.14
29443276--29443341
21
3.2
20
82
6
78
31
0
4
63
1.14
29443276--29443341
31
2.1
31
81
10
73
31
0
4
63
1.14
29443457--29443487
9
3.4
9
90
0
53
29
9
9
51
1.66
29451286--29451332
3
15.7
3
100
0
94
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0
0
31
0.90
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18
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17
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4
55
73
7
0
19
1.07
29451493--29451532
4
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4
84
10
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72
7
0
20
1.08
29453513--29453552
21
1.9
21
90
10
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20
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17
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26
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1.76
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0
0
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0
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0
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30
1.10
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18
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17
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0
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26
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150
33
4
25
36
1.77
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30
1.9
30
92
0
98
18
29
31
20
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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29
1.94
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3
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0
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29481812--29481857
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2.2
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65
0
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21
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0
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1.24
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16
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1.16
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12
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0
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0
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0
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2.0
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0
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22
79
10
55
42
0
4
54
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29520919--29521012
36
2.6
35
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2
3
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1.28
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2.2
20
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32
2
2
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1.19
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27
2.6
27
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50
0
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1.10
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20
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38
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13
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50
0
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2.3
19
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51
72
2
0
25
0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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