genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76910487--76910539	27	2.0	27	96	0	97	30	26	11	32	1.91
76910487--76910558	27	2.6	27	86	2	81	29	26	12	31	1.93
76920036--76920065	10	3.0	10	95	0	51	50	6	0	43	1.28
76923399--76923501	29	3.6	29	80	2	109	21	15	33	30	1.94
76931392--76931494	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
76939367--76939468	29	3.6	28	73	7	89	20	17	32	29	1.96
76941084--76941247	42	3.9	42	82	9	181	31	17	23	27	1.97
76950194--76950392	41	4.9	41	79	0	209	34	15	27	22	1.94
76950194--76950392	82	2.4	82	85	3	267	34	15	27	22	1.94
76953015--76953048	16	2.1	16	94	0	59	20	11	2	64	1.39
76955372--76955474	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
76963330--76963432	29	3.6	28	81	5	116	21	16	32	30	1.95
76966358--76966406	23	2.1	23	100	0	98	40	16	24	18	1.90
76967449--76967657	104	2.0	104	99	0	409	44	8	18	29	1.78
76968144--76968209	25	2.6	25	92	0	105	30	10	25	33	1.90
76968144--76968217	25	3.0	25	87	0	76	28	13	25	32	1.94
76970820--76970995	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
76970817--76970988	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
76977899--76978163	93	2.8	93	91	5	412	23	19	28	29	1.98
76977948--76978210	140	1.9	140	94	0	463	22	19	29	28	1.98
76977899--76978164	47	5.7	47	80	12	309	23	19	28	28	1.98
76983009--76983126	43	2.7	43	90	2	184	27	33	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76991853--76992016	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76991853--76992050	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
76994976--76995144	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
76997202--76997308	43	2.5	43	83	3	126	36	26	14	23	1.92
77009487--77009530	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
77011458--77011535	38	2.1	37	87	2	111	16	21	24	37	1.94
77011507--77011560	24	2.2	24	93	3	90	14	24	22	38	1.91
77011472--77011598	62	2.0	63	89	4	195	16	23	25	34	1.95
77011534--77011638	38	2.8	38	94	2	185	20	20	24	34	1.96
77011865--77011923	29	2.0	29	100	0	118	42	13	13	30	1.83
77016371--77016426	24	2.3	24	96	0	103	14	23	39	23	1.91
77016658--77016692	18	1.9	18	88	0	52	51	31	0	17	1.45
77018268--77018400	56	2.4	56	96	0	239	36	25	12	25	1.92
77020590--77020630	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
77029977--77030181	40	5.2	40	86	8	203	25	27	21	25	1.99
77030010--77030230	80	2.8	79	83	5	259	26	28	21	23	1.99
77030010--77030227	119	1.8	120	81	6	273	26	27	21	24	1.99
77035726--77035795	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
77035726--77035807	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
77037666--77037735	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
77037666--77037747	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
77045544--77045613	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77045544--77045625	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
77048321--77048385	29	2.2	29	97	0	121	26	27	16	29	1.97
77056207--77056279	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
77058888--77058999	40	2.8	39	72	10	102	30	24	23	22	1.99
77058968--77059058	40	2.3	40	83	7	105	24	25	27	23	2.00
77060573--77060740	40	4.2	40	81	0	185	25	21	26	26	1.99
77063204--77063241	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
77063218--77063242	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
77063307--77063374	9	7.6	9	71	12	50	27	7	20	44	1.78
77063307--77063374	18	3.8	17	74	16	57	27	7	20	44	1.78
77068296--77068323	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
77068356--77068407	27	2.0	26	84	3	68	32	21	26	19	1.97
77075721--77075780	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
77075819--77075870	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
77077904--77077941	20	1.9	20	94	0	67	36	18	10	34	1.85
77077908--77077953	11	4.5	11	78	13	53	32	19	13	34	1.90
77085114--77085183	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
77085114--77085195	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
77093027--77093096	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
77093027--77093108	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
77097971--77098016	11	4.5	11	78	13	53	32	19	13	34	1.90
77101538--77101686	40	3.7	39	84	0	163	35	15	28	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77103967--77104148	40	4.6	40	85	5	226	24	20	27	27	1.99
77103967--77104171	80	2.6	80	83	6	240	25	20	26	27	1.99
77103970--77104171	40	5.1	40	82	7	207	26	19	26	27	1.99
77109330--77109459	50	2.6	49	90	1	188	30	28	17	23	1.97
77109330--77109511	99	1.8	98	82	4	231	29	27	18	25	1.98
77110435--77110467	11	3.0	11	100	0	66	63	0	0	36	0.95
77114213--77114392	50	3.6	49	81	5	173	30	27	18	23	1.98
77114220--77114403	101	1.8	99	83	2	242	29	27	18	23	1.98
77120448--77120563	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
77120461--77120563	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
77120460--77120593	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
77127971--77128086	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
77127984--77128086	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
77127983--77128116	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
77130196--77130234	20	2.0	20	85	5	53	58	5	7	28	1.47
77130509--77130550	19	2.3	18	91	4	66	57	4	2	35	1.33
77130595--77130619	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
77130933--77130997	21	2.9	22	81	9	78	58	3	0	38	1.14
77131054--77131095	15	2.6	16	77	11	50	64	2	9	23	1.35
77131620--77131651	11	2.6	13	90	9	50	3	3	9	84	0.84
77132735--77133029	86	3.4	85	82	8	294	36	20	15	27	1.92
77132964--77133125	75	2.2	75	92	5	274	32	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77133036--77133302	89	3.0	86	83	9	324	37	19	15	28	1.92
77133248--77133467	73	3.0	73	91	4	340	34	20	17	27	1.96
77134354--77134812	27	17.0	27	86	2	591	28	22	9	39	1.85
77134822--77135014	54	3.6	54	84	4	255	35	18	19	26	1.95
77134822--77135017	27	7.3	27	85	0	230	35	18	19	26	1.95
77135216--77135295	27	3.0	26	88	3	97	20	22	21	36	1.95
77135386--77135444	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
77135609--77135682	27	2.8	27	83	6	80	18	24	20	36	1.95
77135800--77135979	6	29.8	6	74	15	149	21	17	13	47	1.81
77135800--77135979	30	6.2	29	80	13	183	21	17	13	47	1.81
77144752--77144968	42	5.3	42	75	14	222	33	25	18	22	1.97
77144744--77144968	74	2.8	80	80	11	239	33	24	18	23	1.97
77144825--77144968	44	3.3	44	81	5	188	34	23	18	23	1.97
77145849--77145886	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
77145973--77146062	41	2.2	41	86	2	119	33	23	23	20	1.97
77145988--77146107	41	2.9	41	91	0	177	33	25	22	19	1.97
77146093--77146267	41	4.3	41	90	0	260	21	20	30	28	1.98
77146587--77146636	18	2.7	18	84	9	66	46	4	2	48	1.32
77147059--77147090	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
77147062--77147129	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
77148593--77148648	28	2.0	29	82	10	71	3	5	21	69	1.24
77151299--77152653	371	3.6	371	98	0	2611	36	14	10	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77157407--77157434	13	2.2	13	100	0	56	35	0	17	46	1.49
77157474--77184165	372	71.8	372	99	0	53237	36	14	9	40	1.79
77184256--77184322	23	2.8	24	86	10	102	28	19	7	44	1.77
77184498--77184553	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
77184658--77184994	9	36.6	9	74	11	166	46	12	1	39	1.49
77184658--77184994	18	18.3	18	72	10	193	46	12	1	39	1.49
77184845--77184929	42	2.0	40	88	6	125	44	12	1	41	1.50
77184799--77185018	60	3.8	59	71	16	174	46	12	1	39	1.50
77184686--77185018	113	2.9	112	91	3	501	46	12	1	39	1.49
77190179--77190207	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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