Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  302  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
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3.2
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89815651--89815710
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0.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
C
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1
1
39
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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25
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3
5
70
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89918453--89918519
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0
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5
123
46
16
0
35
1.53
89933994--89934118
55
2.2
56
83
9
155
44
8
4
44
1.52
89942426--89942451
13
2.0
13
100
0
52
15
46
7
30
1.74
89948004--89948049
21
2.1
23
84
8
60
56
10
6
26
1.58
89959931--89959978
20
2.4
20
78
0
60
54
2
0
43
1.12
89962936--89962974
2
19.5
2
100
0
78
51
0
0
48
1.00
89966146--89966185
21
1.9
21
89
0
62
75
5
12
7
1.18
89971555--89971628
32
2.3
33
81
11
91
40
5
9
44
1.60
89974851--89974945
49
2.0
49
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2
147
51
12
9
26
1.70
89976101--89976157
27
2.1
27
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26
0
5
68
1.11
89977538--89977588
11
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11
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50
15
5
19
58
1.57
89981887--89981944
16
3.4
16
74
21
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8
29
0
62
1.25
89981873--89981944
35
2.1
35
100
0
144
11
29
0
59
1.31
89981873--89981928
19
3.1
19
71
23
66
12
28
0
58
1.34
89982040--89982074
17
2.1
17
94
0
61
25
20
25
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89989821--89989896
18
4.2
18
84
0
98
32
11
23
31
1.91
89991331--89991361
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
89991483--89991512
9
3.3
9
90
0
51
56
13
0
30
1.37
89991588--89991641
28
1.9
28
85
7
74
59
3
1
35
1.26
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2
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2
100
0
54
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0
0
48
1.00
90004176--90004245
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28
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4
0
44
1.21
90005169--90005213
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15
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1.49
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0
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3
0
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0.96
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3.0
9
100
0
54
22
11
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33
1.89
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7.0
46
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7
385
21
23
15
39
1.92
90020046--90020357
138
2.3
130
87
4
426
21
23
15
39
1.92
90020270--90020345
38
2.0
38
100
0
152
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26
18
34
1.96
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4.7
11
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63
3
0
32
1.12
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3
100
0
64
65
0
0
34
0.93
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2.0
21
82
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32
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1.84
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21
2.1
21
100
0
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4
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1.71
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2
49.0
2
81
0
70
48
13
1
36
1.49
90042371--90042468
10
10.0
10
82
4
92
48
14
1
35
1.50
90042374--90042463
8
11.8
8
81
9
80
50
14
0
35
1.43
90042374--90042448
30
2.5
30
93
0
123
50
16
0
33
1.45
90042457--90042503
18
2.6
18
89
0
67
19
0
29
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1.47
90042463--90042509
20
2.3
20
88
0
76
17
0
31
51
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90042485--90042575
44
2.1
44
93
0
155
28
3
19
48
1.65
90042572--90042608
10
3.7
10
92
0
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51
29
0
18
1.47
90042602--90042649
2
24.0
2
86
0
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45
2
4
47
1.33
90042568--90042646
10
7.9
10
85
0
50
48
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2
35
1.57
90042568--90042616
20
2.5
20
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0
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51
22
0
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1.49
90042613--90042664
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0
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0
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1.9
14
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0
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0
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23
1.94
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2.3
82
81
9
208
35
17
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25
1.95
90051351--90051406
29
1.9
29
88
0
85
35
32
8
23
1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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